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ASPicDB公司

swMATH ID: 17172
软件作者: 卡斯特里格南·T、德安托尼奥·M、安塞尔莫·卡拉比诺D、德奥诺里奥·德梅奥A、德埃尔奇亚AM、利奇乌利F、曼吉乌利M、米尔农F、帕韦西G、皮卡迪E、里瓦A、里兹R、博尼佐尼P、佩索尔G
描述: ASPicDB:用于替代剪接分析的数据库资源。动机:选择性剪接最近已成为人类和其他生物体中转录组和蛋白质组复杂性扩展的关键机制。尽管有几个专门用于替代剪接分析的在线资源可用,但它们可能受到与所采用的计算方法以及它们提供的注释范围相关的限制,从而妨碍了对可用数据的充分利用。此外,当前的资源提供了有限的查询和下载功能。结果:ASPicDB是一个数据库,旨在提供人类基因选择性剪接模式的可靠注释和预测剪接亚型的功能注释。基于基因相关转录物(通常是Unigene簇)与基因组序列的多重比对,通过ASPic算法的全基因组应用进行了拼接检测和全长转录建模,与基于独立和渐进对齐的方法相比,该策略大大提高了预测精度。增强的注释和序列查询和下载工具允许用户选择和提取与基因、转录本和内含子相关的特定数据集,这些数据集满足用户定义的标准的组合,对正在研究的基因集中选择性剪接的功能含义进行全面评估。ASPicDB每月定期更新一次,它还包括基于可用EST序列及其库源注释的正常和癌细胞组织特异性剪接模式的信息。可用性:www.caspur.it/ASPicDB
主页: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/10/1300.short
相关软件: ARB公司;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;生物城;Astex查看器;;战争;PatSearch(补丁搜索);NGS QC工具包;ExpEdit(ExpEdit)
引用于: 1文件

1位作者引用

1 埃内斯托·皮卡迪

按年份列出的引文