电子电话 swMATH ID: 7917 软件作者： M Tomita、K Hashimoto、K Takahashi、T S Shimizu、Y Matsuzaki、F Miyoshi、K Saito S Tanida、K Yugi、J C Venter；C A和记黄埔 描述： E-CELL：用于全细胞仿真的软件环境。动机：基因组测序项目和对完整基因集的进一步系统功能分析正在为广泛的模式生物产生前所未有的大量分子信息。这为我们提供了对细胞的详细描述，据此我们可以开始建立模型来模拟细胞内分子过程，以预测活细胞的动态行为。以前在生物化学和遗传模拟方面的工作已经分离出特征明确的通路以进行详细分析，但尚未建立融合基因调控、代谢和信号传递的细胞综合模型的方法。因此，我们有动机开发一个软件环境，用于构建基于基因集的集成模型，并运行模拟以在电子计算机上进行实验。结果：E-CELL是一个用于生物化学和遗传过程的建模和模拟环境。E-CELL系统允许用户定义蛋白质功能、蛋白质相互作用、蛋白质-DNA相互作用、基因表达调控和细胞代谢的其他特征，作为一组反应规则。E-CELL通过对这些反应规则中隐含描述的微分方程进行数值积分来模拟细胞行为。用户可以通过计算机显示器观察细胞中蛋白质、蛋白质复合物和其他化合物浓度的动态变化。使用该软件，我们构建了一个假设细胞模型，其中只有127个基因足以进行转录、翻译、能量生产和磷脂合成。大多数基因取自生殖支原体，这是已知染色体最小的有机体，其完整的580 kb基因组序列于1995年由TIGR测定。我们讨论了E-CELL系统在基因组工程方面的未来应用。可用性：E-CELL软件可根据要求提供。补充信息：可通过我们的网站获得带有动力学参数的已开发细胞模型的完整规则列表：http://e-cell.org/。 主页： 网址：http://www.e-cell.org/ 相关软件： GEPASI公司;KEGG公司;虚拟单元格;SCAMP公司;科帕西;麦克尔;MEG公司;REVEAL公司;sva公司;KLU公司;法托德;RegulonDB公司;GeneNetWeaver;SIRENE公司;矩阵eQTL;NOMAD公司;路径2模型;SOSlib公司;少女;BioPreDyn试验台 引用于： 18文件 更多出版物： http://www.e-cell.org/publications网站/ 全部的 前5名63位作者引用 三 伯恩哈德·帕尔森。 2 莫妮卡·海纳 2 伊纳州科赫 1 阿莱曼·梅萨（Aleman Meza），布讷赫斯（Boanerges） 1 蒂莫西·艾伦（Timothy E.Allen）。 1 菲利波·阿鲁菲·彭蒂尼 1 乔纳森·阿诺德 1 耶胡达·阿萨拉夫。 1 巴达奇诺，G。 1 米盖尔·安吉尔·伯纳尔 1 周国成 1 马库斯·科弗特（Markus W.Covert）。 1 M.戴维科娃。 1 德方佐，V。 1 毛里西奥·德尔·拉佐。 1 丁永生 1 弗朗西斯，Z。 1 W.弗里德兰。 1 斯里达尔·哈里哈拉普特兰 1 拉尔夫·霍菲斯特 1 维安·胡恩·图恩 1 伊兰·伊弗根 1 塞巴斯蒂安·因塞蒂 1 艾万琴科。 1 伊万琴科，V。 1 Jonker，天主教M。 1 Wisam N.卡德里。 1 卡拉米特罗斯，M。 1 Zoe Katsimitsoulia 1 乌苏拉·克林穆勒 1 本杰明·科梅尔 1 穆勒，T.G。 1 尼米内姆，P。 1 彼得·奥尔托列娃。 1 杰森·A·帕平。 1 瓦莱里奥·帕里西 1 罗恩·耶尔·品特 1 波波瓦·齐格曼（Louchka Popova-Zeugmann） 1 普莱斯，内森·D。 1 钱，洪 1 詹妮弗·里德。 1 任立红 1 O·桑德拉。 1 吉多·桑吉内蒂 1 加布里埃尔·桑廷 1 海因茨-伯恩德Schüttler 1 丹尼斯·沙沙（Dennis E.Shasha）。 1 沈义珍 1 杰基·斯诺普。 1 Štěpán，VojtĠch 1 斯瓦梅耶，I。 1 Thiab R.塔哈。 1 威廉·泰勒。 1 詹斯·蒂默 1 Toivonen，Hannu T.T。 1 简·特雷尔 1 王，詹森·曾莉 1 伊丽莎白·L·威茨克。 1 汉斯·维斯特霍夫。 1 莎朗·威贝克（Sharon J.Wiback）。 1 Wouter C.A.Wijngaards。 1 于一海 1 穆罕默德·贾维德·扎基 全部的 前5名12篇连载文章中引用 5 理论生物学杂志 2 计算生物学和化学 1 计算机与数学及其应用 1 计算物理杂志 1 国际应用科学与工程分叉与混沌杂志 1 数学化学杂志 1 计算机基础理论 1 自然计算 1 数学科学中的传播 1 亚洲控制杂志 1 分子生物学方法 1 高级信息和知识处理 全部的 前5名10个领域引用 18 生物学和其他自然科学（92-XX） 5 计算机科学（68至XX） 2 数值分析（65-XX） 1 数学逻辑和基础（03-XX） 1 动力系统和遍历理论（37-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 统计力学，物质结构（82-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 1 信息与通信理论、电路（94-XX） 按年份列出的引文