SPAGEDi公司 swMATH ID: 7534 软件作者： 奥利维尔·哈代；泽维尔·韦克曼斯 描述： SPAGeDi（遗传多样性的空间模式分析）是一个计算机软件包，主要用于利用任何倍性水平的基因型数据来表征绘制的个体和/或绘制的种群的空间遗传结构。它可以通过成对比较计算描述个体或群体之间的相关性或差异的各种统计数据，并以类似于空间自相关分析的方式分析这些值与地理距离（1°）的关系，2°）通过线性回归（这些回归的斜率可用于获得基因扩散距离参数的间接估计，如邻域大小）。SPAGeDi还可以在没有空间信息的情况下处理数据，提供遗传分化的全局估计值和/或个体或群体之间的成对统计矩阵。来自AFLP或RAPD等显性标记的数据也可以用于估计个体之间的成对亲属关系或关系系数（Hardy 2003 ME.pdf）。计算的统计数据包括Fst、Rst、Nst、Ds（Nei’s标准遗传距离）和（delta mu）2（Goldstein和Pollok 1997），用于人口层面的分析，以及用于个人层面的分析的成对亲属关系、亲缘关系和兄弟关系系数（各有不同的估计值）以及Rousset的个体间距离和基于等位基因大小的亲属相似性。轨迹上的Jackknife给出了近似的标准误差。位置、个体或基因的排列分别提供了空间结构、种群分化或近亲繁殖的特殊测试。一种新的等位基因大小排列测试还可以检查微卫星等位基因的大小是否携带有关遗传结构的相关信息（Hardy&al.2003 Genetics.pdf）。此外，可以按照Ritland（2000）的方法估计统计数据的实际方差，为基于标记的数量性状遗传力或Qst推断提供必要的度量。 主页： http://ebe.ulb.ac.be/ebe/SPAGeDi.html 相关软件： R（右）;spBayes公司;脓疱病;INLA公司;GMRF库;WinBUGS公司;拔管器;结构 引用于： 3文件 全部的 前5名7位作者引用 1 大卫·杰拉德 1 蒂姆·汉森 1 詹妮·伊利安（Janine B.Illian）。 1 李美娟 1 卡文·赖利 1 哈瓦德街 1 瑟比·西格伦·霍尔贝克 2篇连载文章中引用 2 生物计量学 1 应用统计学年鉴 在2个字段中引用 三 统计学（62-XX） 2 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文