摩尔坐标系 swMATH编号： 35343 软件作者： 埃坦·亚菲（Eitan Yaffe）、丹·菲舍洛维奇（Dan Fishelovitch）、哈伊姆·沃尔夫森（Haim J.Wolfson）、丹·哈尔佩林（Dan Halperin）、鲁斯·努西诺夫（Ruth Nussinov） 描述： MolAxis：高效、准确地识别大分子中的通道。通道和空腔在大分子功能中发挥着重要作用，作为底物/产物、辅因子和药物结合、催化位点和配体/蛋白质的进入/退出途径。此外，由跨膜蛋白形成的通道作为转运蛋白和离子通道。MolAxis是一种新的灵敏、快速的工具，用于识别和分类大分子中各种大小和形状的通道和空腔。MolAxis构建了通道，这些通道代表了小分子通过通道的可能路线。分子的外中轴是具有多个最近原子的点的集合。它由二维表面补丁组成，可以看作是分子补体的骨架。我们在MolAxis中实现了一种新的算法，该算法使用最先进的计算几何技术来近似和扫描外中轴的有用子集，从而降低了问题的维数，从而使算法非常高效。MolAxis被设计用于识别连接埋藏腔和大分子外部的通道，并识别蛋白质中的跨膜通道。我们将MolAxis应用于酶腔和跨膜蛋白。我们进一步利用MolAxis监测人类细胞色素P450分子动力学轨迹上的通道尺寸。MolAxis以皮秒时间尺度间隔为快照构建了高质量的通道，证实了2e基板接入通道中的选通机制。我们将我们的结果与以前的工具在准确性、性能和找到所需路径的潜在理论保证方面进行了比较。MolAxis作为网络服务器和独立的易于使用的程序在线提供(http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MolAxis网站/). 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2693897网址/ 相关软件： 3D Alpha形状;球形代码;动力外壳;数学软件;CGAL公司 引用于： 1文件 2位作者引用 1 丹·哈尔佩林 1 埃坦·亚菲 连载1篇 1 离散和计算几何 在5个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 凸和离散几何（52至XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文