HapMix公司 swMATH ID: 33847 软件作者： Alkes L.Price、Arti Tandon、Nick Patterson、Kathleen C.Barnes、Nicholas Rafaels、Ingo Ruczinski、Terri H.Beaty、Rasika Mathias、David Reich、Simon Myers 描述： HAPMIX 1.2版可以从这里下载。版本1.2的改进包括明确检查混合和参考群体等位基因频率之间的不一致，以及将本地祖先估计值插入SNP超集的脚本。HAPMIX是一种利用密集的遗传数据准确推断混合种群中不同大陆祖先染色体片段的应用程序。有关详细信息，请参阅HAPMIX论文（Price等人，2009年）：对已登记人群中不同祖先的染色体片段的敏感检测。识别不同祖先的染色体片段的祖先有着广泛的应用，从疾病图谱到了解历史。大多数方法需要使用未链接标记；但是，使用全基因组扫描阵列中的所有标记，原则上应该可以精确推断出即使是非常小的片段的祖先。我们描述了一种方法，HAPMIX，它使用一个显式的种群遗传模型来根据精细尺度的变异数据进行这种局部祖先推断。我们证明HAPMIX优于其他方法，并探索其在推断祖先、了解祖先种群和推断混合日期方面的实用性。通过将该方法应用于经历过近代和古代混合的人群，我们对该方法进行了实证验证：935名非裔美国人来自美国，29名莫扎比人来自北非。HAPMIX将在最近混合人群中绘制疾病基因图方面发挥特殊作用，因为它对当地血统的准确估计可以将混合信号和病例对照关联信号结合起来，从而能够比单独使用任一信号进行更有力的关联测试。 主页： https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/software网站/ 相关软件： 结构；灯；弗拉佩；军刀；ADMIXMAP公司；艾根斯特拉；外加剂；ipPCA公司；祖先地图；MALDsoft公司；PLINK公司；GemTools（宝石工具）；机器；脉冲；对 引用于： 5文件 全部的 前5名11位作者引用 1 西米娜·博卡（Simina M.Boca）。 1 Buzbas、Erkan Ozge 1 格雷厄姆·库普 1 约书亚·S·保罗。 1 乔纳森·普里查德。 1 诺亚·A·罗森博格。 1 宋云S。 1 马蒂亚斯·斯坦吕肯 1 保罗·威尔多 1 布鲁斯·韦尔。 1 郑秀文 连载1篇 5 理论种群生物学 在4个字段中引用 5 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文