TABI公司 swMATH ID: 18194 软件作者: 耿伟华;罗伯特·克拉斯尼 描述: 用于溶剂化生物分子静电的树形加速边界积分Poisson-Boltzmann解算器。我们提出了一个树加速边界积分(TABI)求解器,用于求解由线性泊松-玻尔兹曼方程描述的溶剂化生物分子的静电。该方法对分子表面上的静电势及其法向导数采用了条件良好的边界积分公式。曲面采用三角剖分,积分方程采用质心配置法离散。线性系统通过GMRES迭代求解,矩阵-向量乘积由笛卡尔树码实现,该树码将成本从\(O(N^2)\)降低到\(0(Nlog N)\),其中\(N)是三角剖分中的面数。TABI求解器用于计算两种情况下的静电溶剂化能,即Kirkwood球体和溶剂化蛋白质。我们给出了误差、CPU时间和内存使用情况,并比较了泊松-玻尔兹曼方程和泊松方程的结果。我们表明,树码近似误差可以小于离散化误差,并且我们比较了两种树码版本,一种是均匀簇,另一种是适应分子表面的非均匀簇。对于蛋白质测试案例,我们将TABI结果与使用基于网格的APBS代码获得的结果进行了比较,并且我们还提供了使用多达八个处理器的并行TABI模拟。我们发现,TABI求解器表现出良好的串行和并行性能,并结合了相对简单的实现、高效的内存使用和几何适应性。 主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021999113002404 关键词: 静电学;溶剂化生物分子;泊松-玻耳兹曼方程;边界积分方程;树码 相关软件: 塔比卜;APBS公司;MIBPB公司;产品开发B2PQR;查姆;TMSmesh公司;PBEQ解决方案;PyGBe公司;AFMPB公司;阿普斯梅姆;CUDA公司;FEniCS公司;hlib公司;pvfmm公司;缩放FMM;算法967;ASKIT公司;PAFMPB公司;VCMM公司;UHBD公司 引用于: 35文件 全部的 前5名66位作者引用 9 耿伟华 5 赵珊 4 陈,段 4 罗伯特·克拉斯尼 4 王磊 3 陈家辉 3 谢德轩 2 罗伦娜·巴巴。 2 Christopher D.H.库珀。 2 甘泽成 2 卢、本佐 2 斯维特拉娜·特卢波娃 2 张波 1 阿格多,大卫 1 Jaydeep P.巴丹。 1 乔治·博列斯克 1 贝伦格·布拉马斯 1 蔡伟 1 程英达 1 程宇辉 1 瓦尼·切鲁武 1 安德鲁·克里斯利布。 1 爱德华多·科罗纳 1 杰克逊·德彪尔 1 邓伟山 1 傅靖 1 迈克尔·格雷布 1 郭伟 1 穆罕默德·哈桑 1 迈克尔·霍尔斯特。 1 胡京珍 1 黄景芳 1 费罗什·雅各布 1 姜毅 1 Kekenes-Huskey,Peter M。 1 瑞安·科尔 1 阿鲁姆·李 1 李、焦 1 廖涛 1 弗兰克·V·马可林。 1 西尔维奥·马约洛 1 J.Andrew McCammon 1 安德鲁·麦库洛赫(Andrew D.McCulloch)。 1 阿努什卡·米查洛娃 1 德雷克·尼杰尔斯基 1 本杰明·W·翁。 1 彭波 1 尼科斯·皮特西亚尼斯(Nikos P.Pitsianis)。 1 任奎 1 本杰明·斯坦姆 1 托马斯·劳伦斯·斯特林 1 孙晓白 1 约翰内斯·托什 1 童一英 1 蔡衍锡Richard 1 维拉帕内尼、什拉文·库马尔 1 王梦伦 1 魏国伟 1 谢,杨 1 徐,金 1 徐振丽 1 英金勇 1 于泽云 1 张永杰杰西卡 1 赵润东 1 钟一民 全部的 前5名13连载 11 计算物理杂志 5 基于分子的数学生物学 4 计算机物理通信 4 计算物理中的通信 2 应用数学与力学进展 2 计算和数学生物物理 1 数学生物学通报 1 计算与应用数学杂志 1 科学计算杂志 1 计算数学进展 1 数学科学中的传播 1 欧洲应用和工业数学系列(ESAIM):数学建模和数值分析 1 科学中国。数学 全部的 前5名在14个字段中引用 22 数值分析(65-XX) 17 生物学和其他自然科学(92-XX) 16 光学、电磁理论(78-XX) 6 偏微分方程(35-XX) 4 流体力学(76-XX) 2 计算机科学(68至XX) 1 总体主题;集合(00-XX) 1 组合数学(05-XX) 1 势能理论(31日至XX日) 1 积分方程(45-XX) 1 微分几何(53至XX) 1 代数拓扑(55-XX) 1 可变形固体力学(74-XX) 1 量子理论(81-XX) 按年份列出的引文