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p空间细胞

swMATH ID: 15003
软件作者: 宫崎Atsushi Miyauchi、岩本Kazunari Iwamoto、Satya Nanda Vel Arjunan、高桥光一
描述: pSpatiocyte:颗粒反应扩散系统的并行随机方法。计算系统生物学为细胞生物学提供了丰富的见解。早期,重点是分子物种之间的反应网络。空间分布主要是在过去十年内才开始考虑的。然而,由于计算工作量极高,计算仅限于小型系统。迄今为止,在具有分子分辨率的典型尺寸的细胞中的应用还远未实现。在本文中,我们提出了一种新的粒子反应扩散系统的并行随机方法。创建名为pSpatiocyte的程序时,考虑到在拥挤的细胞内环境中运行的生物细胞中的反应网络是主要的模拟目标。pSpatiocyte采用基于六边形封闭格的独特离散化和并行化算法,以便高效执行,特别是在大型分布式内存并行计算机上。对于两级并行化,我们引入了用于进程级的孤立子域和三级锁步通信,以及用于线程级的体素锁技术。我们在RIKEN的K计算机上进行了一系列并行运行。对于占用率相对较低的精细晶格,pSpatiocyte的加速比为7686倍,从强缩放角度来看,其663552个核相对于64个核而言,表现为74
主页: http://arxiv.org/abs/1605.03726
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