埃维根 swMATH ID: 14331 软件作者： Liu Q1、Mackey AJ、Roos DS、Pereira FC 描述： Evigan：用于整合真核基因预测的基因证据的隐藏变量模型。动机：与基因注释相关的证据的多样性和可变质量不断增加，这就要求建立一个概率框架，自动整合这些证据以生成候选基因模型。结果：Evigan是一个用于真核生物基因组的自动基因注释程序，利用概率推理整合多个基因证据来源。概率模型是一个动态贝叶斯网络，其参数经过调整以使观测证据的概率最大化。然后通过最大似然解码得到一致的基因预测，得到n个最佳模型（每个模型都有概率）。Evigan能够适应各种证据类型，包括（但不限于）由不同基因发现者计算的基因模型、BLAST点击、EST匹配和剪接位点预测；学习的参数编码了证据源的相对质量。由于不需要单独的训练数据（除了个别基因发现者使用的训练集之外），Evigan对新测序的基因组特别有吸引力，因为那里几乎没有或根本没有可靠的手动管理注释。产生替代基因模型排名表的能力可能有助于识别替代剪接转录物。人类基因组ENCODE区域以及间日疟原虫和拟南芥基因组的实验应用表明，Evigan的性能优于用作证据的任何单个数据源。可用性：源代码位于http://www.seas.upenn.edu/strctlrn/evigan/evigan.html。 主页： http://www.seas.upenn.edu/~strctlrn/evigan/evigan.html 相关软件： 伦敦银行支持向量机；Matlab公司；冲浪；西雅娜；LIBLINEAR银行；阿拉伯；爆炸；4.5条；可再生能源；JBROWSE公司；ABySS公司；阿耳特弥斯；全国广播公司；元IDBA；塞格玛；MetaGeneAnnotator（元基因注释器）；MetaVelvet公司；InterProScan公司；阿波罗；GBrowse公司 引用于： 2文件 更多出版物： http://www.seas.upenn.edu/~strctlrn/bib/papers.html 5位作者引用 1 Axelson-Fisk，玛丽娜 1 赫宁克里斯蒂安森 1 有，克里斯蒂安·泰尔 1 奥利·托普·拉森 1 马蒂厄·佩蒂特 连载1篇 1 计算生物学 在5个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文