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人类代谢组数据库(HMDB)药物数据库:

SMPDB(小分子路径数据库)是一个交互式、可视化的包含30000多条小分子途径的数据库只有人类。大多数这些途径在任何其他路径数据库。SMPDB专门用于支持代谢组学中的途径阐明和途径发现,转录组学、蛋白质组学和系统生物学。它能够做到这一点,在部分,通过提供精细详细、完全可搜索、超链接人类代谢途径、代谢疾病途径图,代谢物信号途径和药物作用途径。所有SMPDB途径包括有关器官、亚细胞的信息隔室、蛋白质复合物辅因子、蛋白质复合物位置、代谢产物位置,化学结构和蛋白质复合体四级结构。每个小的分子超链接到HMDB公司药物数据库和每个蛋白质复合物或酶复合体超链接到UniProt公司.所有SMPDB途径均附有详细说明和参考,提供路径、条件或过程的概述在每个图表中进行了描述。数据库浏览方便,支持全文、序列和化学结构搜索。用户可以查询SMPDB包含代谢物名称、药物名称、基因/蛋白质复合物名称列表,SwissProt ID、GenBank ID、Affymetrix ID或Agilent微阵列ID。这些查询将生成匹配路径的列表,并突出显示在每个路径图上匹配分子。基因、代谢物和蛋白质复合物浓度数据也可以通过SMPDB的映射进行可视化接口。SMPDB的所有图像、图像图、描述和表格可下载的.

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SMPDB由支持大卫·韦斯特,以下部门计算机科学&生物科学,阿尔伯塔大学出于商业目的使用和重新分发全部或部分数据需要获得作者的明确许可,并明确承认源材料(SMPDB)和原始出版物(见下文)。我们要求下载数据库重要部分的用户在任何最终出版物中引用SMPDB论文。

  1. Wishart DS、Frolkis A、Knox C等人。SMPDB:小分子通路数据库。 核酸研究。2010年1月;38(数据库问题):D480-7。
  2. Jewison T、Su Y、Disfany FM等人。SMPDB 2.0:小分子路径数据库的重大改进 核酸研究。2014年1月;42(数据库问题):D478-84。