Sali Lab标志 安德烈·萨利实验室 QB3类

综合结构生物学

我们的目标是开发和应用集成计算方法大分子结构和动力学的测定程序集,进而通知这些程序的功能和演变系统以及如何调节它们。总体目标是有助于建立细胞的预测时空模型。这一目标是通过正式整合实验来实现的,物理和统计推断,跨越所有相关规模和时间尺度。我们的计算方法在中实现开源集成建模站台包(IMP)和生成的模型被存放在中PDB-开发数据库。这项研究加强了这一发现所有细胞过程的基本原理,这反过来也促进了药物的发现。

新闻

定量生物学研究所的博士后职位:
加州大学旧金山分校定量生物学研究所(QBI)正在招募六名计算结构生物学领域的博士后研究员。请参阅这些职位的描述了解更多信息。

PDB为综合结构创建档案:
wwPDB创建了一个新的存档,PDB-开发,用于存储通过使用集成方法获得的结构模型。它包含了一系列快速增长的用软件生产的此类模型包括我们自己的进口包裹。

祝贺丹尼尔:
丹尼尔·萨尔茨伯格获得了礼来研究奖!

祝贺SJ:
《核孔复合体的整体结构和功能解剖》一文已发表在《自然》杂志上!

祝贺Sara:
“通过综合途径映射预测酶途径”一文已发表在eLife!

祝贺Sara:
萨拉·卡尔霍恩(Sara Calhoun)获得了梅尔·琼斯(Mel Jones)研究生优秀研究奖!

祝贺阿德里安:
阿德里安·斯特库拉(Adrian Stecula)是AFPE 10月前药物科学奖的获得者!

祝贺伊兰:
Ilan Chemmama获得了为期3年的NSF奖学金!

祝贺凯特:
Kate Stafford获得了为期3年的NRSA奖学金!

祝贺阿德里安:
Adrian是药理学/毒理学PhRMA奖学金的获得者!

祝贺杰里米·霍斯特:他最近的出版物被结构生物学知识库.

公告:
关于的研讨会理论模型存档、验证和PDBx/mmCIF数据交换格式。
2013年10月21日和22日
新泽西州罗格斯大学。
http://www.proteinmodelportal.org/workshop-2013

祝贺娜塔莉亚:
Natalia是2013-2014年优秀奖学金的获得者,这是一项大学科学家成就奖(ARCS)奖学金!

祝贺SJ:
论文“主要脚手架组件的结构、动力学、演变和功能”P.Sampathkumar等人在《结构!我们也祝贺加州大学旧金山分校的格雷厄姆·约翰逊(Graham Johnson)的出色封面形象!

祝贺哈维:
我们祝愿他在Cypher Genomics担任生物信息学分析员时一切顺利!

祝贺Avner:
我们祝愿他在西奈山医院担任助理教授的新职位上一切顺利!

祝贺杰里米和彼得:
杰里米获得了法兰克·M·戈扬物理化学卓越奖,彼得获得了2012年药学研究院奖!

祝贺克伦:
K.Lasker等人的论文“用综合方法测定26S蛋白酶体全复合物的分子结构”已被PNAS接受发表!

祝贺里卡多获得瑞士国家科学基金会奖学金!!

祝贺Avner:
A.Schlessinger、E.Geier、H.Fan、J.Irwin、B.Shoichet、K.Giacomini、A.Sali发表的论文“与去甲肾上腺素转运体相互作用的处方药的基于结构的发现,NET”已被PNAS接受发表!

祝贺彼得获得霍华德·休斯医学院博士前奖学金!!

祝贺Charles获得NSF研究生奖学金!!

选定出版物

  • S.Otsuka、J.O.B.Tempkin、W.Zhang、A.Z.Politi、A.Rybina、M.J.Hossain、M.Kueblbeck、A.Callegari、B.Koch、N.R.Morero、A.Sali、J.Ellenberg。“核孔组装的定量图揭示了两种不同的机制”自然613575-58120023年。公共医学 PDF格式
  • B.Raveh,L.Sun,K.L.White,T.Sanyal,J.Tempkin,D.Zheng,K.B.Pilla,J.Singla,C.Wang,J.Zha,A.Li,N.A.Graham,C.Kesselman,R.C.Stevens,A.Sali。“复杂生物系统的贝叶斯元建模跨越不同的表示”《美国科学院院刊》118,e21045591182021。公共医学 PDF格式
  • S.J.Kim、J.Fernandez-Martinez、I.Nudelman、Y.Shi、W.Zhang、B.Raveh、T.Herricks、B.D.Slaugter、J.Hogan、P.Upla、I.E.Chemmama、R.Pellarin、I.Echeverria、M.Shivaraju、A.S.Chaudhury、J.Wang、R.Williams、J.R.Unruh、C.H.Greenberg、E.Y.Jacobs、Z.Yu、M.J.de la Cruz、R.Mironska、D.L.Stokes、J.D.Aitchison、M.F.Jarrold、J.L.Gerton、,S.J.Ludtke、C.W.Akey、B.T.Chait、A.Sali、M.P.Route。“核孔复合体的整体结构和功能解剖”自然555, 475-482, 2018.公共医学 ...
  • A.萨利。“从整体结构生物学到细胞生物学”生物化学杂志100743, 2021.公共医学 PDF格式

画廊

通过NPC运输 核糖体 单元建模 蛋白质结构示例 蛋白质与蛋白质对接 比较模型对接 NPC定位密度图,侧视图 NPC定位密度图,俯视图 测定蛋白质和大分子组装体的结构 鞭毛马达 建模的目标 建模思维 使用所有空间信息 高分子组装体的结构测定 通过满足空间约束来表征结构 IMP构建块 比较蛋白质结构建模 蛋白质结构原理 模型精度决定效用 Modeller流程图 分子马达模型 比较模型中的错误与分辨率 EM图中的蛋白质结构建模 酿酒酵母核糖体 NPC结构的已知信息是什么? 蛋白质定位概率和体积 核孔复合体中456个蛋白质的构型 鼻咽癌中的蛋白质配置?使用所有信息 组装NPC结构 NPC交通侧视图 蛋白质结构符合EM图 NPC的模块架构 NPC的点模型 所有NPC蛋白的定位 NPC架构 约束与优化相结合的子单元装配 膜蛋白 全国人大代表大会
安德烈·萨利,博士,教授,生物工程与治疗科学系;药物化学系;药学学院,加州大学旧金山分校, UCSF MC 2552,Mission Bay、Byers Hall、,第四街1700号503B室,加利福尼亚州旧金山,邮编:94143,电话:+1(415)514-4227,传真+1(415)514-4231,4234,,网状物https://saillab.org

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