1AKV

D95A半醌黄素脱氧核糖核酸突变体


实验数据快照

  • 方法X射线衍射
  • 分辨率2℃
  • 无r值:零点二五零
  • R值工作:零点二一零

这是条目的第1.2版。见完成历史.

文学

天门冬氨酸盐95对寻常型脱硫弧菌氧化还原电位的调节作用的晶体学研究

麦卡锡,A.A.沃尔什,M.A.Verma,C.S.奥康奈尔,D.P.莱因霍尔德,M.Yalloway,G.N.达西,D.希金斯,T.M.Voordouw,G.Mayhew,S.G.

(2002)生物化学四十一:10950-10962

  • 相关结构的初步引文:

  • PubMed摘要:
  • 天冬氨酸95的侧链由寻常型脱硫弧菌提供的最接近的负电荷N(1)的结合FMN中的蛋白质。用定点诱变取代丙氨酸、天冬酰胺或谷氨酸。

    天冬氨酸95的侧链由寻常型脱硫弧菌提供的最接近的负电荷N(1)的结合FMN中的蛋白质。用定点突变代替丙氨酸、天冬酰胺或谷氨酸,以评估这种电荷对FMN辅因子半醌/对苯二酚氧化还原电位(E(1))的影响。D95A突变使E(1)氧化还原电位正向移动16 mV,而氧化/半醌中点氧化还原电位(E(2))发生负迁移23 mV。该突变体的氧化和半醌型的晶体结构与野生型蛋白质的相应状态相似。与野生型蛋白相反,在对苯二酚形式的D95A突变体中发生结构的进一步变化。侧链的Y98翻转成能量更有利的边到面相互作用与结合的FMN。分析D95A突变体的结构变化,考虑到在FMN结合位点的静电相互作用,表明Pi-PI静电斥力对FnM-辅因子的非常低的E(1)氧化还原电位只有轻微的贡献,当结合到AfFLADdodoxin时。D95与谷氨酸的替代仅引起FMN辅因子的21电子氧化还原电位的轻微扰动。D95E突变体的结构揭示了60环(残基60-64)远离氧化结构中黄素的大运动。将这种突变体还原为对苯二酚引起60环的构象回复到野生型蛋白质结构中。D95E突变体的晶体结构意味着在位置95的侧链上的羧酸盐和Y98的酚环之间的静电斥力阻止Y98侧链的旋转到D95A突变体中发生的更有利的有利构象。用天冬酰胺代替D95对E(2)无影响,但E(1)变化为45 mV。D95N突变体未能结晶。在所有三种氧化还原态中,蛋白质FMn络合物的K(D)值与野生型配合物的K(D)值不同。分子模拟表明,蛋白质的构象能随氧化还原状态而变化,与K(D)中观察到的变化定性一致,并允许FMN与蛋白质周围基团之间的静电相互作用被量化。


    相关引证:
    • Desulfovibrio Vulgaris黄素黄素结合部位的X射线晶体学研究
      麦卡锡,A.
      (1997)爱尔兰国立大学毕业论文——————


    组织从属关系

    爱尔兰国立大学化学系,爱尔兰Galway。




大分子

找到相似的蛋白质:序列γ结构

实体ID:1
分子序列长度有机体详情
黄素氧还蛋白
一百四十七Desulfovibrio vulgaris(应变Hildenborough /ATCC 29579/DSM 644/NCIMB 8303)突变(S):1
寻找蛋白质P0323 (Desulfovibrio vulgaris(应变Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303))
去UnPurkkb:P0323
小分子
配体2独特
身份证件名称/公式/密钥二维图三维交互
SO4
SO4查询

下载SDF文件
下载CCD文件
硫酸根离子
oS
QuiWorkQuoCuDou-UHFFAYYSA-L
 配体相互作用
FMN
FMN查询

下载SDF文件
下载CCD文件
黄素单核苷酸
核黄素单磷酸
C十七H二十一No
FVTCRASFADXXNN-SCRDCRAPSA-N
 配体相互作用
外配体注释
身份证件结合亲和度(序列同一性%)
FMNKd:0.0026纳米 宾丁莫德
实验数据与验证

实验数据

  • 方法X射线衍射
  • 分辨率2℃
  • 无r值:零点二五零
  • R值工作:零点二一零
  • 空间组:P 4
单元电池
长度(())角度(°)
A=52.610α=90
B=52.610β=90
C=138.340γ=90
软件包:
软件名称目的
普洛斯克精化
登佐数据约简
爱茉莉相位调整
标尺数据缩放


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沉积数据

修订历史 

  • 版本1:1998—12—02
    类型:初始释放
  • 版本1.1:2008—03-03
    类型:版本格式符合性
  • 版本1.2:2011-07-13
    类型:版本格式符合性