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异柠檬酸脱氢酶与异柠檬酸盐、NADP+和钙的络合物(闪蒸冷却)


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.90 Å
  • R值自由:0.215 
  • R值工作:0.191 
  • 观察到的R值:0.191年

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文学类

酶催化能力中的轨道转向:小的结构变化带来大的催化后果。

公元梅塞卡。B.L.斯托达德。科什兰德·Jr.,D.E。

(1997)科学277: 202-206

  • 内政部:https://doi.org/10.1126/science.277.5323.202
  • 相关结构的主要引文:
    第1页第2页,国际机场协会

  • PubMed摘要:

    为了评估精确的底物比对酶催化能力的贡献,对异柠檬酸脱氢酶(IDH)进行了微小的结构扰动。(i)烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸酯的腺苷部分改为次黄嘌呤(6-氨基改为6-羟基)后,以及(ii)用八个配位体的Ca2+取代六个配位配体的Mg2+,从而修改了IDH的反应轨迹。这两种变化都会使反应速度发生较大的变化(10(-3)到10(-5)),但底物的取向(距离和角度)只有微小的变化,这一点可以通过活性IDH络合物的低温晶体学捕获来揭示。结果表明,反应轨道的最佳取向所产生的轨道重叠对酶的催化能力起着重要的定量作用。


  • 组织附属关系

    美国加州大学伯克利分校斯坦利·霍尔分子与细胞生物学系,邮编94720。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|三维结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
异柠檬酸脱氢酶416大肠杆菌突变: 0 
欧盟委员会:1.1.1.42
UniProt公司
寻找蛋白质P08200号 (大肠杆菌(K12菌株))
探索P08200号 
转到UniProtKB:P08200号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P08200号
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体2独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
国家行动计划
NAP查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]NADP烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸盐
C类21H(H)28N个7O(运行)17P(P)
XJLXINKUBYWONI-NNYOXOHSSA-N公司
ICA公司
ICA查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]异柠檬酸钙复合物
C类6H(H)7氧化钙7
AHEGTOWQUJMCIO-YCWPWOODSA-N公司
绑定相关性批注
身份证件来源绑定相关性
国家行动计划 绑定MOAD: AI2公司 基:2700(nM),来自1次分析
实验数据与验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.90 Å
  • R值自由:0.215 
  • R值工作:0.191 
  • 观察到的R值:0.191 
  • 空间组:第4页212
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=102.3α = 90
b=102.3β = 90
c=150.5γ = 90
软件包:
软件名称目的
AMoRE公司阶段划分
X-PLOR公司精炼
DENZO公司数据缩减
电子秤组件数据缩放

结构验证

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存款数据

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:1997-10-15
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2008-03-24
    更改:版本格式符合性
  • 版本1.2:2011-07-13
    更改:派生计算,版本格式符合性
  • 版本1.3:2023-08-02
    更改:数据库引用、派生计算、优化描述