1AHN公司

大肠杆菌黄酮,2.6安分辨率


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.60 Å
  • R值工作:0.190 
  • 观察到的R值:0.190 

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文学类

酶激活所需的黄曲霉毒素:来自大肠杆菌的氧化黄曲霉素的结构,分辨率为1.8 A。

D.M.胡佛。路德维希,M.L。

(1997)蛋白质科学6: 2525-2537

  • 内政部:https://doi.org/10.1002/pro.5560061205
  • 相关结构的主要引文:
    1AG9公司,1AHN公司

  • PubMed摘要:

    在大肠杆菌中,黄曲霉毒素是丙酮酸甲酸-赖氨酸酶、厌氧核糖核苷酸还原酶和B12依赖性蛋氨酸合成酶的还原激活的生理电子供体。作为黄曲霉毒素与蛋氨酸合成酶相互作用研究的基础,测定了大肠杆菌氧化重组黄曲霉素的正交型和三角型晶体结构。正交形(空间群P2(1)2(1)1(1),a=126.4,b=41.10,c=69.15 a,每个不对称单元有两个分子)最初通过分子替换以3.0 a的分辨率进行求解,使用来自Synerchoccus PCC 7942(Anacystis nidulans)黄曲霉毒素结构的坐标。在140 K下收集分辨率达到1.8-A的数据,并将结构细化为Rwork 0.196和Rfree 0.250(对于I>0的反射)。最终的模型每个不对称单元包含3224个非氢原子,包括62个黄素单核苷酸(FMN)原子、354个水分子、四个钙离子、四个钠离子、两个氯离子和两个双三缓冲分子。使用正交结构的坐标,通过分子替换求解三角形形式的蛋白质结构(空间群P312,a=78.83,c=52.07A),并使用10.0到2.6A的所有数据进行细化(R=0.191;Rfree=0.249)。序列Tyr 58-Tyr 59位于FMN附近的一个弯道上,迄今为止仅在大肠杆菌和流感嗜血杆菌的黄曲霉毒素中发现,它可能在黄曲霉素与其激活反应伙伴的相互作用中起重要作用。该弯曲中的酪氨酸残基受分子间接触的影响,在两种晶型中采用不同的取向。与来自聚球藻PCC 7942和阿那贝纳PCC 7120的黄曲霉毒素的结构比较表明,其他残基也可能对蛋氨酸合成酶的识别至关重要。


  • 组织附属关系

    密歇根大学生物化学系,美国安娜堡48109。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
黄曲霉毒素175大肠杆菌突变: 0 
基因名称:FLDA公司
UniProt公司
寻找蛋白质第61949页 (大肠杆菌(K12菌株))
探索第61949页 
转到UniProtKB:第61949页
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团第61949页
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体2独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
FMN(飞行管理号码)
FMN查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]黄素单核苷酸
C类17H(H)21N个4O(运行)9P(P)
FVTCRASFADXXNN-SCRDCRAPSA-N
加利福尼亚州
CA查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]钙离子

BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据与验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.60 Å
  • R值工作:0.190 
  • 观察到的R值:0.190 
  • 空间组:第3页第12页
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=78.83α = 90
b=78.83β = 90
c=52.07γ = 120
软件包:
软件名称目的
X-PLOR公司模型建筑
X-PLOR公司精炼
SDMS系统数据缩减
软件开发管理系统数据缩放
X-PLOR公司阶段划分

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  • 版本1.0:1997-12-10
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2008-03-24
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  • 版本1.2:2011-07-13
    更改:版本格式符合性
  • 版本1.3:2011-11-16
    更改:原子模型
  • 版本1.4:2024-02-07
    更改:数据收集、数据库引用、派生计算、其他