摘要

phyloXML公司(例子)是一个XML描述系统发生树(或网络)的语言以及相关数据。PhyloXML提供了常用特性的元素,如分类信息、基因名称和标识符,分支长度,支持值,基因复制和物种形成事件。使用这些标准化元素允许各种应用程序和数据库之间的互操作性。此外,这两个原因XML本身的可扩展性和phyloXML提供的<property>元素、可扩展性以及确保特定领域的应用程序。phyloXML的结构描述如下XML架构定义(XSD)语言。

引用

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XML架构定义位置

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2下载示例phyloXML文件:
»apaf.xml文件(Apaf-1基因家族树使用域架构)或
»bcl_2.xml文件(Bcl-2基因家族树基因复制、支持值和分类数据)
三。点击文件“forester.jar”启动Archeopteryx;并使用“File”|“Read tree from File…”加载(例如,“bcl_2.xml”或“apaf.xml”。

理论基础

进化树是广泛的生物学研究的中心。在许多这些研究中,树节点和分支需要与各种属性关联(或注释)。例如,在与组织关系,树节点与分类名称相关联,而树枝有长度和通常支持价值观。用于比较基因组学或系统基因组学的基因树通常用分类信息,基因组相关数据,如基因名称和功能注释,以及事件,如基因复制、物种形成或外显子重组,与进化树相关的信息相结合本身。目前用于这些树的进化能力有限不同数据类型的注释。

一个定义良好的XML格式在通用和可扩展的方式,并允许互操作性,包括专用的以及通用软件。

特色亮点

示例

phyloXML支持和应用

phyloXML谷歌集团

这个小组的目的是(i)告知关于phyloXML的发展和(ii)提供讨论有关phyloXML的想法的平台。

phyloXML谷歌集团

致谢

phyloXML格式的许多想法都是由phyloXML谷歌集团.Ethalinda Cannon为ATV/archeopteryx和phyloXML的开发做出了贡献。phyloXML及其实现的其他进展是由于2008年生物竞赛面向生活的开放式图书馆(与网络服务相结合)。这个phyloXML格式的BioPerl实现作为谷歌代码之夏2008年计划并由国家进化综合中心.这个红宝石生物赛顿作为这个谷歌代码之夏2009年计划并由国家进化综合中心.

参考文献

Han M.V.和Zmasek C.M.(2009年)
phyloXML:用于进化生物学和比较的XML基因组学”
BMC生物信息学,10:356
[公共医疗][BMC生物信息学][PDF格式][谷歌学者]

联络

克里斯蒂安·兹马塞克|phyloxml-at-gmail-dot-com

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