CALF（压缩签名格式）

弗莱德

phred软件读取DNA测序跟踪文件，调用碱基，并为每个被调用的碱基分配一个质量值。

质量值是一个对数转换错误概率，具体来说

Q=-10对数₁₀（P_电子)

其中Q和P_电子分别是特定的质量值和错误概率基本调用。

已对分层质量值的准确性和区分能力进行了彻底测试在正确和错误的棒球之间。

Phred可以使用质量值执行序列修剪。

Phred可以很好地处理跟踪文件来自以下制造商的测序仪：Amersham Biosciences，应用生物系统、贝克曼仪器和LI-COR生命科学。请参阅phred文档以获取特定的兼容性信息。

Phred在大多数计算机上运行操作系统，包括Apple Mac OS X、*BSD、Hewlett-Packard HP-UX、HP-CompaqTru64、IBM AIX、Linux、Microsoft Windows、Silicon Graphics IRIX和SUN Solaris。

我们将phred作为“C”源代码分发：为了运行它，您需要一个“C”编译器。

请参阅涉猎文件了解更多信息。

Phred质量值和ABI 3700数据

参考文献：

尤因B，格林P：基本呼叫使用phred的自动测序仪跟踪。二、。错误概率.基因组研究8:186-194（1998）。

尤因B、希利尔L、温德尔M、格林P：使用phred对自动定序器跟踪进行基本调用。一、准确度评估. 基因组研究8:175-185（1998）。

Phrap/交叉匹配/沼泽

phrap是一个组装鸟枪DNA序列数据的程序。除其他功能外，它还允许使用它使用了用户提供的和内部计算数据质量信息，以提高重复出现时的装配精度，它将contig序列构建为最高质量读取片段的马赛克，而不是共识，它提供广泛的装配信息以帮助解决装配问题，并处理大型数据集。请参阅phrap/cross_match/swat文档和phrap文档了解更多信息。

cross_match是一个通用工具，用于使用“带状”比较任意两个DNA序列集swat的版本。例如，它可以用于比较一组读取与一组矢量序列并生成矢量屏蔽版本的读取，一组cDNA序列到一组cosmids，contig由两个替代装配程序（例如，phrap和xbap）相互找到的序列，或短语连接到最终编辑的cosmid序列。它比BLAST慢但更灵敏。请参阅phrap/cross_match/swat文档和phrap文档了解更多信息。

swat是一个用于搜索一个或多个DNA或蛋白质查询序列或查询配置文件的程序序列数据库，使用Smith-Waterman或Needleman-Wunch的高效实现具有线性（仿射）间隙惩罚的算法。对于每一场比赛，统计数据的经验测量计算从观察到的分数分布得出的显著性。请参阅phrap/cross_match/swat文档和swat文档了解更多信息。

phrap/cross_match/swat在大多数计算机上运行操作系统，包括Apple Mac OS X、*BSD、Hewlett-Packard HP-UX、HP-CompaqTru64、IBM AIX、Linux、Microsoft Windows、Silicon Graphics IRIX和SUN Solaris。

我们将phrap/cross_match/swat作为“C”源代码分发：为了运行它们，您需要一个“C”编译器。

连续/自动完成

Consed/Autofish是用于查看、编辑和完成序列的工具用phrap创建的程序集。修整功能包括允许用户选择引物和模板，建议额外的测序执行的反应，并有助于检查组件的准确性使用摘要和正向/反向对信息。

请参阅consed页面了解更多信息。

参考文献：

大卫·戈登。“查看和使用Consed编辑汇编序列“，在当前协议生物信息学，答：。D.Baxevanis和D.B.Davison，编辑，纽约：JohnWiley&Co.，2004年11月11日-11.2.43日。

Gordon D、Desmarais C、Green P：自动化使用Autofinish完成《基因组研究》11:614-625（2001）。

Gordon D、Abajian C、Green P：Consed：用于序列整理的图形工具。基因组研究8:195-202（1998）。