学习、分析、学习、发现

介绍屏幕截图

基因组工作台为研究人员提供了一套完整的研究和分析遗传数据的集成工具。用户可以探索和比较来自多个来源的数据,包括NCBI数据库或用户自己的私有数据。

基因组工作台中的数据分析由一套先进的行业标准对齐工具支持,包括BLAST、CulSTAL、KALIGN、MAAFT等。学习和发现是一路完成的。当研究者研究和分析基因组工作台的结果时,他或她以新颖的方式看待数据,从而导致新的理解和发现。

用户被邀请利用这些工具所包含的灵活性来创建系统发育树、对齐、表格视图等数据,以图形方式显示出版物和演示文稿中的数据分析。

NCBI基因组工作台中可用的图形视图、集成工具和数据格式:

图形视图 集成工具

对齐视图

  • 准直跨距图
  • 对齐摘要视图
  • 交叉对齐视图
  • 点阵视图
  • 多窗格交叉对齐视图
  • 多重对齐视图
  • 树视图

序列视图

  • 特征表视图
  • 图形顺序视图

通用视图

  • 通用表视图
  • 顺序文本视图
  • 文本视图

对齐创建工具

  • 爆炸
  • 清理对齐
  • 序列常用分类树
  • 创造基因模型
  • 针梳法
  • 发现DNA序列之间的重叠
  • 群组对齐
  • 合并对齐
  • Genomic Aligner(NG准直器)
  • 凸出
  • 拼接(拼接对齐)

编辑工具

  • 基本/扩展清理
  • 合并项目工具
  • 用Windows掩码搜索/查找重复序列

多序列比对仪

  • 迷走欧米茄
  • CulsSTW2
  • 卡兰格
  • 马夫特
  • 肌肉

树木建造工具

  • 系统进化树构建器
数据格式
NCBI ASN1、AGP、BAM、床、CSRA、FASTA、GFF、GVF、纽伊克、Nexus、重复掩蔽、表、文本对齐、VCF、摆动、5列特征
序列编辑软件包
基因组工作台提供一个序列编辑软件包这允许用户创建、编辑、验证和提交基因组序列提交给GenBank。包包括一个弹出式选项卡向导,该向导通过提交创建提交的数据输入步骤和编辑和报告工具来指导提交者,该工具可用于现有提交。从WaqtChink开始介绍基因组提交向导视频教程.

GealWorkbench是美国版权法条款下的免费开源软件。该软件/数据库可免费供公众使用。国家医学图书馆和美国政府没有对其使用或复制施加任何限制。

完整的源代码,构建指令和脚本位于:HTTPS://FTP NCBI.NLM.NIH.GOV/TooBox/GbTime/

NCBI基因组工作台使用第三方工具和图书馆。

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最后更新:2019-0912T14:57:19Z