如何提交到dbSNP:
I.提交快速启动
4.1版;2015年12月11日
1.向dbSNP发送少量提交
小批量提交是指以每天1-10批或<100K数据的速度,每批提交1-1000个变化。
要向dbSNP发送少量提交,请执行以下步骤:
1.看看我们的列表可接受的和不可接受的数据类型看看你的数据能否被接受。
2.回顾我们的保留到发布的策略如果您需要提交后从公共视图中保存您的数据。
3.审查介绍和提交概述有关提交文件的一般信息以及每个文件中所需的数据类型的文档
提交。
4.执行dbSNP提交前流程
5格式化元数据(Meta)文件供您提交
6. 设置提交数据的格式
7.通过电子邮件向dbSNP发送您提交的小文件snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov.
8.向dbSNP发送单独的电子邮件snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov发送数据后,请确保在文本中包含Handle
电子邮件的。
2.向dbSNP发送大量提交
大规模提交是指每批提交1000个以上的变更,或每天提交10个以上的批次,或提交10万以上的数据。我们接受大额
仅以变量调用格式(VCF)提交给dbSNP。
要向dbSNP发送大量提交,请执行以下步骤:
1.看看我们的列表可接受的和不可接受的数据类型看看你的数据能否被接受。
2.发送主题为“dbSNP FTP账户请求”的电子邮件至:snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov与您的句柄信息。一旦我们建立了
帐户,我们将向您发送该帐户的密码。
3.审查我们的保留到发布的策略如果您需要提交后从公共视图中保存您的数据。
4.审查简介和提交概述有关提交文件的一般信息以及每个文件中所需的数据类型的文档
提交。
5.执行dbSNP提交前流程.
6. 格式化元数据(Meta)文件供您提交。
7. 设置提交数据的格式.
8.登录到我们为您创建的FTP帐户,并上传dbSNP VCF格式的提交。
9.发送电子邮件至snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov,让我们知道您已上传到FTP帐户。
请记住,除了VCF格式的变体文件外,dbSNP还要求VCF提交包括单独的元文件,其中包括出版物、方法、总体和分析。您可以单独提交图元文件,也可以将其合并为单个文本文件进行提交。请参见格式化元数据(Meta)文件了解更多信息。
3.提交数据后,我的数据会发生什么变化?
加入
一旦您通过电子邮件将数据发送到dbSNP或上传到预先安排的FTP上传,我们将开始处理您的提交。当我们完成处理并将ss编号分配给您的变体时,我们将发送一封电子邮件,其中包含附件,列出分配给您提交的变体的ss编号。如果我们在您的提交中发现基于提交者的错误,我们将通过电子邮件与您联系。我们不处理部分提交,因此,如果您提交的一个变体中存在基于提交者的错误,我们将要求您修复错误或删除包含错误的记录,然后才能处理提交。
提交的SNP(ss)编号分配
无论dbSNP中是否已经存在提交的变体实例,使用不同方法或样本的独立实验的每个变体提交都将获得一个分配的唯一编号,即“ss编号”。尽管这可能会创建一组冗余的提交变体,但这种冗余允许dbSNP跨独立实验、方法和人群聚合和验证变体。最终,dbSNP创建了一组非冗余的变体(reference variants,rs a.k.a.RefSNP),用于通过称为集群的过程进行注释和交换,dbSNP将相同的ss及其属性计算并聚合到一个集群中,然后分配一个唯一的rs号来表示ss号的集群。
RefSNP(rs)编号分配
我们仅在dbSNP构建集群过程中分配RefSNP(rs)编号,因此您提交的变体的rs编号将在您提交的下一个dbSNP生成过程中分配。由于我们不会发送电子邮件通知您提交的变体的rs编号分配,您可以在以下位置搜索dbSNP:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/advanced网站或位于的Batch Query Servicehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html使用我们发送的ss编号列表来查找分配给您的rs编号,或者您可以使用dbSNP的提交搜索之一来查找ss或rs编号。
我们不会在您提交后立即分配参考变量加入(rs);相反,我们在提交后的下一个dbSNP构建期间分配它们。我们不要向dbSNP提交者发送有关rs编号分配的通知电子邮件,因此请在以下位置使用dbSNP搜索功能https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/高级或位于的dbSNP Batch Query Servicehttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html使用您提交的ss编号列表查询数据库,以找到相应的rs编号。dbSNP提交搜索位置http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/SNP_tableList.cgi?type=提交者还提供了一种查找ss或rs编号的方法。
4.dbSNP将我的ss号或rs号发送给我需要多长时间?
SS和RS周转时间
假设您的提交没有问题,您的ss编号将在提交后大约两周内分配。提交的rs编号将在提交后的下一个dbSNP构建期间分配。如果您在节假日提交数据,或者我们发现您提交的数据有问题,您的提交可能会延迟。
如果您在某一日期之前需要ss编号进行发布,请联系我们,并告诉我们您提交时需要ss编号的大致日期,我们将尽力在指定日期之前处理您的SNP和ss编号。
SS和RS处理状态
dbSNP收到您的提交后,您将在24小时内收到一封确认提交的电子邮件。如果我们发现您的提交有问题,我们将通过电子邮件与您联系。当我们完成处理并将ss编号分配给您的变体时,我们将发送一封电子邮件,其中包含附件,列出分配给您提交的变体的ss编号。dbSNP不发送电子邮件,提供提交的变体编号分配。如果您对提交的处理状态有疑问,请联系dbSNP提交小组,网址为snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov。在电子邮件中包含您的提交句柄。
如果自提交以来已经两周了,但您还没有收到有关您的ss编号分配的电子邮件通知,请联系dbSNP提交组,网址为snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov。在电子邮件中包含您的提交句柄。
5.dbSNP的“发布前保留”策略是什么?
对于以dbSNP VCF或平面文件格式提交给dbSNP的非临床变体,dbSNP不会保存在特定日期或特定dbSNP构建中发布的数据。然而,如果您的手稿在审查过程中需要dbSNP登录号(ss号),我们可以保留提交的数据,直到出版物被接受,并且您已经通知我们dbSNP可以发布数据。一旦发出通知,dbSNP将在下一个构建发布周期中发布数据。
6.我如何在论文中引用dbSNP?
如何引用dbSNP作为NCBI资源?
Sherry ST、Ward MH、Kholodov M、Baker J、Phan L、Smigielski EM、Sirotkin K.dbSNP:NCBI遗传变异数据库。《核酸研究》,2001年1月1日;29(1):308-11.
如何将dbSNP数据库作为一个整体用于特定构建?
单核苷酸多态性数据库(dbSNP)。贝塞斯达(医学博士):国家生物技术信息中心,国家医学图书馆。(dbSNP构建ID:{构建ID})。可从以下位置获得:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP网站/
如何引用单个或一系列提交的SNP(ss)或参考SNP(rs)条目?
单核苷酸多态性数据库(dbSNP)。贝塞斯达(医学博士):国家生物技术信息中心,国家医学图书馆。dbSNP加入:{ss1或ss1–ss100},(dbSNP构建ID:{Build ID})。可从以下位置获得:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP网站/
联系dbSNP
如果在“How to Submit to dbSNP”系列文档的任何标题中都找不到提交问题的答案,请联系dbSNP提交,网址为snp-sub@ncbi.nlm.nih.gov,我们将尽力回答您的提交问题或帮助您解决困难的提交问题。
中的标题 如何提交到dbSNP 系列: