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.2009年7月；19(7):1316-23.
doi:10.1101/gr.080531.108。 Epub 2009年6月4日。

共识编码序列（CCDS）项目：确定人类和小鼠基因组的共同蛋白编码基因集

金·德·普鲁特 1, 詹妮弗·哈罗, 瑞秋·A·哈特, 克雷格·沃林, 马克·迪坎, 唐娜·马格洛特, 史蒂夫·塞尔, 凯瑟琳·法雷尔, 简·E·洛夫兰, 芭芭拉·J·鲁夫, 伊丽莎白·哈特, 玛丽·马尔特·苏纳, 梅丽莎·兰杜姆, 布朗文·阿肯, 莎拉·艾琳, 罗伯特·贝尔奇, 朱利奥·费尔南德斯·班特, 约书亚·L·樱桃, 瓦尔·科尔文, 迈克尔·迪库奇奥, 马诺利斯·凯利斯, 珍妮弗·李, 迈克尔·F·林, 迈克尔·舒斯特, 安德鲁·什凯达, 克拉拉·阿米德, 加思·布朗, Oksana Dukhanina公司, 亚当·弗兰基什, 詹妮弗·哈特, 邦妮·L·麦达克, 乔纳森·穆奇, 迈克尔·墨菲, 特伦斯·墨菲, 吉娜·拉詹, 巴努·拉吉普特, 莉莲·D·里迪克, 凯瑟琳·斯诺, 查尔斯·斯图尔特, 韦伯, 珍妮特·韦伯, 劳伦斯·威尔明, 吴文宇（Wenyu Wu）, 伊万·伯尼, 大卫·豪斯勒, 蒂姆·哈伯德, 詹姆斯·奥斯特尔, 德宾, 大使利普曼
附属机构

共识编码序列（CCDS）项目：确定人类和小鼠基因组的共同蛋白编码基因集

金·D·普鲁特等。 基因组研究. 2009年7月.

勘误表in

  • 基因组研究，2009年8月；19(8):1506

摘要

有效利用人类和小鼠基因组需要可靠地鉴定基因及其产物。尽管多种公共资源提供注释，但使用不同的方法可以得到相似但不完全相同的基因、转录物和蛋白质表示。协作一致性编码序列（CCDS）项目使用稳定标识符（CCDS ID）跟踪参考小鼠和人类基因组上的相同蛋白质注释，并确保它们在NCBI、Ensembl和UCSC基因组浏览器上的一致表示。重要的是，该项目协调手动审查站点之间不一致的蛋白质注释，以及新证据表明需要修订的注释，以逐步聚合人类和小鼠参考基因组的完整蛋白质编码集，同时保持高标准的可靠性和生物准确性。迄今为止，该项目已从17052个人类和16893个小鼠基因中鉴定出20159个人类和17707个小鼠一致编码区。三种评估方法表明，CCDS集合中的条目很可能代表真实的蛋白质，比CCDS中未包含的贡献组的注释更可能代表真实蛋白质。因此，CCDS数据库集中了识别支持良好、同源的蛋白质编码区的功能。

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数字

图1。
图1。
在任何同源基因簇中发现的小鼠CCDS蛋白与同样含有人类CCDS蛋白的簇中发现的小鼠CCDS蛋白的百分比（分别为前两条）。对于后一类，根据人类和小鼠同源蛋白质的蛋白质长度差异对结果进行进一步分类。
图2。
图2。
人类和小鼠基因的百分比，以及一个或多个相同蛋白质的相关CCDS ID(C类)，类似(B类)，或唯一(A类)当与SWISS-PROT记录和从记录注释中提取的SWISS-POT亚型进行比较时（参见方法）。(D类)高质量匹配的总数。
图3。
图3。
人类RFC分数的累积分布(A类)和鼠标(B类). 这些图将CCDS基因座的RFC分数与不含CCDS蛋白的RefSeq和Ensemble基因座的分数以及人类的对照数据集进行了比较。由于对照组被设计为具有与已知基因相似的比对覆盖率，其他比对覆盖率较低的基因集中的位点得分将低于对照组。
图4。
图4。
MXI1蛋白质的详细CCDS ID报告页面。CCDS报告页面提供了三个信息表，后面是注释CDS的核苷酸和蛋白质序列。第一个表总结了指定CCDS ID的状态。彩色图标提供指向相关资源、历史报告（橙色H图标）或使用不同类型标识符重新查询CCDS数据库的链接。（红色G图标通过GeneID重新查询CCDS数据库，以返回基因的所有可用CCDS ID。）为管理记录的子集提供了公共注释，以解释更新或撤销的性质和/或原因。序列标识符表报告作为CCDS ID成员跟踪的序列。第一列（原始）中的复选标记标识注释基因组上表示并包含在分析的输入数据集中的序列标识符，第二列（当前）中的选中标记识别那些被认为是当前成员的成员（参见补充图2）。染色体位置表报告CDS每个外显子的基因组坐标，并带有链接以查看不同浏览器中的注释——紫色图标（N）NCBI；（U） UCSC；（E） 合奏；和（V）织女星。CDS的核苷酸序列，使用报告的外显子从基因组序列衍生而来。
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