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.2009年5月8日10:136。
doi:10.1186/1471-2105-136。

生命科学基础设施:UniProt网站的设计和实施

附属公司

生命科学基础设施:UniProt网站的设计和实施

埃里克·贾恩等。 BMC生物信息学. .

摘要

背景:UniProt联盟由瑞士生物信息研究所(SIB)、欧洲生物信息研究院(EBI)和乔治敦大学蛋白质信息资源(PIR)的小组于2002年成立,随后不久,该网站也成立了网址:http://www.uniprot.org被设置为UniProt资源的中心入口点。对此地址的请求被重定向到三个组织的网站之一。虽然这些网站共享了一组包含UniProt一般信息的静态页面,但它们用于搜索和查看数据的页面有所不同。为了向用户提供一致的视图并降低维护三个独立站点的成本,该联盟决定为UniProt开发一个通用网站。经过几年的紧张开发和一年的公开测试网址:http://www.uniprot.org域于2008年7月切换到本文描述的新开发站点。

描述:UniProt联盟是许多生命科学界蛋白质序列和注释数据的主要提供者。这个网址:http://www.uniprot.org网站是获取这些数据、文档和数据基本工具的主要访问点。这些工具包括全文和基于字段的文本搜索、相似性搜索、多序列比对、批量检索和数据库标识符映射。本文讨论了2008年7月发布的新网站的设计和实现,并展示了该网站如何改进不同经验级别用户的数据访问以及程序访问机器的数据访问。网址:http://www.uniprot.org/开放供学术和商业使用。该网站是使用开源工具和库构建的。非常欢迎反馈,应发送至help@uniprot.org。

结论:新的UniProt网站使访问和理解UniProt比以往任何时候都更容易。从中学到的两个主要教训是,为这样一个数据提供商网站正确地掌握基本知识有巨大的好处,但这并非微不足道,也很容易被低估,在整个开发过程中,没有什么可以替代使用经验数据来决定什么对用户有效,什么对用户无效。

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数字

图1
图1
主页位于.
图2
图2
UniProtKB搜索结果,按长度降序排序.
图3
图3
基本搜索表单.
图4
图4
简单查询的建议,.
图5
图5
使用查询生成器添加约束.
图6
图6
UniProtKB搜索结果的“自定义显示”选项.
图7
图7
使用分层集合浏览搜索结果.
图8
图8
使用购物车跨多个数据集选择项目.
图9
图9
UniProtKB条目视图中两个部分的一部分,如所示.
图10
图10
序列相似性搜索形式和结果.
图11
图11
多序列比对形式和结果.
图12
图12
将RefSeq标识符映射到UniProtKB.
图13
图13
批量检索一组UniProtKB条目.
图14
图14
当前用户最近运行的作业,如所示.

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引用人

工具书类

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