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.2009年1月;37(数据库问题):D412-6。
doi:10.1093/nar/gkn760。 Epub 2008年10月21日。

STRING 8——630种生物蛋白质及其功能相互作用的全球观点

附属公司

STRING 8——630种生物蛋白质及其功能相互作用的全球观点

拉尔斯·詹森等。 核酸研究. 2009年1月.

摘要

蛋白质之间的功能伙伴关系是复杂细胞表型的核心,由相互作用蛋白质形成的网络为研究人员提供了建模、数据简化和注释的关键支架。STRING是一个数据库和网络资源,专门用于蛋白质相互作用,包括物理和功能相互作用。它权衡并整合来自多种来源的信息,包括实验存储库、计算预测方法和公共文本集合,从而充当一个元数据库,将所有交互证据映射到一组通用的基因组和蛋白质上。STRING 8与之前版本相比最重要的新发展包括基于URL的编程接口,可用于从其他资源查询STRING,通过原核生物基因组邻域改进交互预测,以及包含蛋白质结构。STRING 8.0版涵盖了630个生物体中约250万个蛋白质,提供了目前可用的关于蛋白质相互作用的最全面的观点。字符串可以在http://string-db.org/。

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数字

图1。
图1。
STRING中的蛋白质关联网络。STRING的网络视图示例,以来自大肠杆菌插图显示了每个蛋白质可用的注释和选项,包括对其他数据库的引用。在网络中可以很容易地看到三个“功能模块”,形成紧密连接的集群。这些包括组氨酸生物合成、支链氨基酸生物合成和脂肪酸生物合成中的无强连接部分。线条颜色表示支持证据的类型;所有潜在证据都可以在网络上访问的专用查看器中进行检查。
图2。
图2。
基因组邻域的扩展定义。(A类)保守基因邻域的图解,包含与色氨酸生物合成和消耗相关的基因(从STRING屏幕截图中简化)。由线连接的基因是染色体上的直接邻居,而具有相似颜色的基因是跨各种生物体的直系同源基因。箭头标志着基因方向的转变,导致两个推定操纵子的头对头方向。(B类)不同取向的基因预测原核生物的功能连锁。每个点总结了一组具有相似基因间距离的基因对。这两个基因在同一KEGG通路中注释的这类对的比例被指出,这意味着功能上的伙伴关系。注意,不同的基因对略微向更大的基因间距离转移,可能是为了适应启动子和调控序列。
图3。
图3。
新的应用程序编程接口,以及它如何连接到Cytoscape。通过相应地构建URL,可以从STRING中检索到感兴趣的特定项目(见表)。除非知道STRING的内部标识符,否则建议使用“resolve”-请求进行初始调用,以将查询项映射到STRING网络中的节点。TSV,tab分隔值;JSON、JavaScript对象表示法;PSI-MI 2.5,蛋白质组学标准倡议分子相互作用(XML和制表符分隔格式)*以“List”结尾的请求接受多个输入项,但在其他方面是相同的(多个查询项必须用URL编码的“换行符”分隔)。

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引用人

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