DAISY: a new software tool to test global identifiability of biological and physiological systems

doi:10.1016/j.cmpb.2007.07.002

.2007年10月；88(1):52-61.

doi:10.1016/j.cmpb.2007.002。 Epub 2007年8月20日。

DAISY：测试生物和生理系统全局可识别性的新软件工具

朱塞皮娜·贝鲁¹, 玛丽亚·皮亚·萨科马尼, 斯蒂芬妮娅·奥多利, 列昂蒂娜·德安吉

附属公司

PMID： 17707944
预防性维修识别码：项目经理288537
内政部： 10.1016/j.cmpb.2007.07.002

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朱塞皮娜·贝鲁等。生物识别计算方法程序. 2007年10月.

.2007年10月；88(1):52-61.

doi:10.1016/j.cpb.2007.07.002。 Epub 2007年8月20日。

作者

朱塞皮娜·贝鲁¹, 玛丽亚·皮亚·萨科马尼, 斯蒂芬妮娅·奥多利, 列昂蒂娜·德安吉

附属

¹意大利卡利亚里大学数学系。

PMID： 17707944
预防性维修识别码：项目经理288537
内政部： 10.1016/j.cmpb.2007.07.002

摘要

先验全局可识别性是生物和生理模型的一种结构属性。它被认为是良好估计的先决条件，因为它涉及在理想条件下（无噪声观测和无误差模型结构）从测量的输入输出数据中唯一恢复未知模型参数的可能性。当然，在投入资源、时间和精力进行实际的生物医学实验之前，确定是否可以从观测数据中唯一地恢复参数是至关重要的。许多有趣的生物模型都是非线性的，但非线性系统的可辨识性分析却是一个困难的数学问题。文献中提出了不同的方法来测试非线性模型的可识别性，但据我们所知，迄今为止还没有提出用于自动检查非线性模型可识别性的软件工具。本文描述了一个实现微分代数算法的软件工具，用于对多项式或有理方程描述的（线性和）非线性动态模型进行参数可识别性分析。我们的目标是为生物研究人员提供一个完全自动化的软件，需要最少的数学建模知识，并且不需要深入了解数学工具。DAISY（微分代数用于SYstems的可识别性）软件在生物建模研究中可能有用，特别是在生理学和临床医学中，因为在这些领域的研究实验特别昂贵和/或难以执行。本文给出了软件工具DAISY的实际使用示例。DAISY可在网站上找到网址：http://www.dei.unipd.it/~pia/。

PubMed免责声明

数字

**图例图1**
一个具有Michaelis-Menten动力学的非线性二室模型。还显示了输入-输出实验配置（大箭头表示输入，虚线以项目符号结尾表示输出）。

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参考文献

1. Audoly S，D’AngiåL，Saccomani MP，Cobelli C.线性区室模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程1998；第45:36–47卷。-公共医学
1. Audoly S，Bellu G，D'AngióL，Saccomani MP，Cobelli C.生物系统非线性模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程2001；第48卷（第1期）：55-65。-公共医学
1. Buchberger B.代数方程组可解性的算法判据。Aequationes数学。1988;第4卷（第3期）：45-50页。
1. 查普曼·MJ、戈弗雷·KR、查佩尔·MJ、埃文斯·ND。使用线性/非线性分裂的非线性系统的结构可识别性。国际期刊控制。2003;第76卷（第3期）：209–216。
1. Chappell MJ，Godfrey KR。非线性间歇反应器模型参数的结构可识别性。数学。Biosci公司。1992;第108:245–251卷。-公共医学

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[1] Audoly S，D’AngiåL，Saccomani MP，Cobelli C.线性区室模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程1998；第45:36–47卷。-公共医学

[2] Audoly S，D’AngiåL，Saccomani MP，Cobelli C.线性区室模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程1998；第45:36–47卷。-公共医学

[3] Audoly S，Bellu G，D'AngióL，Saccomani MP，Cobelli C.生物系统非线性模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程2001；第48卷（第1期）：55-65。-公共医学

[4] Audoly S，Bellu G，D'AngióL，Saccomani MP，Cobelli C.生物系统非线性模型的全局可识别性。IEEE传输。生物识别。工程2001；第48卷（第1期）：55-65。-公共医学

[5] Buchberger B.代数方程组可解性的算法判据。Aequationes数学。1988;第4卷（第3期）：45-50页。

[6] Buchberger B.代数方程组可解性的算法判据。Aequationes数学。1988;第4卷（第3期）：45-50页。

[7] 查普曼·MJ、戈弗雷·KR、查佩尔·MJ、埃文斯·ND。使用线性/非线性分裂的非线性系统的结构可识别性。国际期刊控制。2003;第76卷（第3期）：209–216。

[8] 查普曼·MJ、戈弗雷·KR、查佩尔·MJ、埃文斯·ND。使用线性/非线性分裂的非线性系统的结构可识别性。国际期刊控制。2003;第76卷（第3期）：209–216。

[9] Chappell MJ，Godfrey KR。非线性间歇反应器模型参数的结构可识别性。数学。Biosci公司。1992;第108:245–251卷。-公共医学

[10] Chappell MJ，Godfrey KR。非线性间歇反应器模型参数的结构可识别性。数学。Biosci公司。1992;第108:245–251卷。-公共医学

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