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.2004年4月16日;117(2):185-98.
doi:10.1016/s0092-8674(04)00304-6。

从序列预测基因表达

附属机构

从序列预测基因表达

迈克尔A啤酒等。 单元格. .

摘要

我们描述了一种系统的全基因组方法,用于学习基因表达背后的复杂组合代码。我们的概率方法确定了局部DNA序列元素以及决定其在转录调控中上下文相关作用的位置和组合约束。利用基因上游800 bp的微阵列表达数据和序列,推断出的调控规则正确预测了酿酒酵母中73%基因的表达模式。应用于秀丽隐杆线虫可识别预测性调控元件和组合规则,它们控制转录因子、组蛋白和种系特异性基因的阶段性时间表达。成功的预测需要使用and、OR和NOT逻辑的多样而复杂的规则,并且对基序强度、方向和相对位置有很大的限制。该系统生成了大量用于集中实验验证的机械假设,并建立了从基因组序列了解细胞行为的预测动力学框架。

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