Identification of a polymorphic, neuron-specific chromatin remodeling complex

doi:10.1101/gad.992102

.2002年10月1日；16(19):2509-17.

doi:10.1101/gad.992102。

一种多态性、神经元特异性染色质重塑复合物的鉴定

伊万·奥拉夫¹, 王伟东, 宇通雪, 郭安安（Ann Kuo）, 杰拉尔德·R·克拉布特里

附属公司

PMID： 12368262
预防性维修识别码：项目经理187451
内政部： 10.1101/gad.992102

一种多态性、神经元特异性染色质重塑复合物的鉴定

伊万·奥拉夫等。基因开发. 2002.

.2002年10月1日；16(19):2509-17.

doi:10.1101/gad.992102。

作者

伊万·奥拉夫¹, 王伟东, 宇通雪, 郭安安（Ann Kuo）, 杰拉尔德·R·克拉布特里

附属

¹美国加州斯坦福大学霍华德·休斯医学院发育生物学系，邮编94305。

PMID： 12368262
预防性维修识别码：项目经理187451
内政部： 10.1101/gad.992102

摘要

多种染色质重塑复合物被认为有助于序列特异性转录因子。迄今为止所描述的复合物普遍表达，表明它们具有一般转录功能。我们发现脊椎动物神经元有一种特殊的染色质重塑复合物bBAF，它特别含有肌动蛋白相关蛋白BAF53b，该蛋白在小鼠胚胎第12.5天左右（E12.5）在有丝分裂后神经元中首次表达。BAF53b被组合组装成具有普遍存在的亚基的多态性复合物，包括两种ATP酶BRG1和BRM。我们推测，bBAF复合物创造了染色质可及性的神经元特异性模式，从而赋予神经元中普遍存在的序列特异性转录因子新的调控特征。

PubMed免责声明

数字

图1
人类BAF53蛋白及其同源物的蛋白质序列比对*果蝇属*和*秀丽线虫*人类（Hu）BAF53蛋白在*果蝇属*（Dm）和inC.优雅（Ce）。使用CLUSTAL方法进行蛋白质序列比对。保存的氨基酸残基用黑色包装。

图2
BAF53b是脑特异性染色质重塑复合物的一个亚单位。(A类)BAF53b mRNA的表达仅限于神经系统。BAF53b的表达模式(顶部)和BAF53a(底部)采用核糖核酸酶保护试验对不同成年小鼠组织进行检测。箭头，两个RNA的保护片段。请注意，BAF53b凝胶所有通道中微弱的上带是未消化的探针。(B类)BAF53b蛋白仅在小鼠脑细胞核提取物中表达，并与BAF-ATP酶亚基BRG1相互免疫沉淀。BAF53b的蛋白质印迹(顶部)和BRG1(底部)使用抗BAF53b或抗BRG1抗体。（车道1–3)纯化前的核提取物（10μg）。使用上显示的抗体进行免疫沉淀顶部每个面板的在车道上4–7. (C类)bBAF复合体是独一无二的。(顶部)银染SDS-PAGE凝胶（7.5%）显示来自小鼠脑核提取物的免疫纯化染色质重塑复合物1)或HeLa小区（车道3)使用抗BRG1抗体。（车道4)用12CA5抗体对大脑提取物进行免疫净化控制。分子量标记（MW，车道2)显示在右侧。BAF亚单位显示在左边星号表示非特异性蛋白质。IgG是免疫球蛋白重链。(底部)BAF53b和BAF53a是BAF染色质重塑复合物的互斥亚单位。用所示抗体对BAF复合物进行免疫纯化后，用BAF53b-和BAF53a-特异性抗体进行印迹分析。（车道3)使用12CA5抗体控制免疫沉淀。（车道*4,5*)输入核提取物[HeLa（He）；Brain（Br）；10μg]。(D类)bBAF具有ATP依赖性的单核小体破坏活性。如上文所述，对附着在珠子上的bBAF复合物进行免疫纯化，并在缺乏的情况下在单核小体上进行分析（lane7)或存在（车道8)1 mM ATP。作为对照，使用了Jurkat细胞的BAF复合物（车道*5,6*). 在没有染色质重塑复合物（lanes）的情况下未观察到断裂*3,4*). 箭头显示ATP依赖的单核小体破坏（参见lanes5–8和*3,4*). 车道1和2分别显示裸DNA和单核小体的对照。

图3
bBAF是一种不同于BAF和PBAF的组合组装染色质重塑复合物(A类)对来自脑（Br）和Hela细胞（He）的BAF复合物进行免疫沉淀，并用不同BAF亚单位的抗体进行印迹。大脑（Br，lane1)和HeLa衍生的BAF复合物（He、lane2). （车道3)使用12CA5抗体控制免疫净化。（车道*4,5*)输入核提取物（10μg）。(B类)含有bBAF复合物的BAF53b也与BRM ATP酶亚基结合。使用抗-BAF53b抗体从HeLa细胞或小鼠脑核提取物中免疫沉淀BAF复合物。抗hBRM抗体的Western blot（dil 1:1000）表明，BRM ATP酶与BAF53b共同免疫沉淀在大脑中2)但不是来自HeLa核提取物（lane1). 车道3是使用12CA5抗体的对照免疫沉淀。瞬时转染BRG1（lane）的BRG1/BRM缺陷细胞系C33A的整个RIPA细胞提取物（15μg）4)或hBrm（车道5)表达载体显示了抗BRM抗体的特异性。（车道6)输入用于免疫沉淀的小鼠脑细胞核提取物（10μg）。(C类)BAF180不是bBAF的亚单位。使用抗BRG1抗体从小鼠脑或HeLa核提取物中免疫沉淀BAF复合物，并使用特定抗体分析BAF180的存在。BAF180存在于HeLa（BAF）衍生的复合体中，但不存在于脑（bBAF）衍生的复合体中（泳道*1,2*)尽管两种输入核提取物（10μg）都含有180 kD蛋白质（通道*4,5*). 请注意，大脑p180以不同的流动性运行，目前还不能确定从大脑中看到的条带是否代表真正的p180或交叉反应蛋白。（车道3)使用正常兔血清（NRS）控制免疫沉淀。

图4
BAF53b在小鼠发育过程中的表达。(A类)BAF53b的蛋白质印迹(顶部)，BAF53a型(*中间的*)和BRG1(底部)不同发育阶段（lanes）小鼠胚胎全细胞RIPA提取物（15μg）中的表达1–4). 车道5和6分别显示成年小鼠大脑和HeLa细胞的对照核提取物（10μg）。(B类)BAF53b在E12.5小鼠胚胎的内胚层衍生组织中不表达。BAF53b的蛋白质印迹(顶部)和BRG1(底部)肝、胃和脑RIPA提取物中的表达（30μg；lanes1–3). （车道4)成年小鼠大脑中的对照核提取物（10μg）。(C类–*H（H）*)BAF53b在神经系统中表达。使用BAF53b的特异反义探针进行整体原位杂交。Sense探针（数据未显示）显示出最小染色。(*C、 D类*)E9.5和E10.5胚胎的侧视图。(E类–*H（H）*)E12.5胚胎显示横向(E类)，正面(F类)，背面(*G公司*)和背外侧(*H（H）*)视图。来自神经嵴的背根神经节在*H（H）*.

图5
BAF53b在有丝分裂后神经元中表达，但在胶质细胞中不表达。(*A、 B类*)BAF53b在神经元细胞核中表达，但在胶质细胞中不表达。将P0大鼠海马神经元和胶质细胞混合培养10 d，免疫荧光检测BAF53b。(A类)如图所示，神经元与神经特异性标记物TUJ1（红色）和BAF53b（绿色）抗体共培养。(B类)如图所示，与星形胶质细胞特异性标记物GFAP（红色）和BAF53b（绿色）抗体共存。注意，空核表示未检测到BAF53b染色。(C类–*G公司*)BAF53b在有丝分裂后神经元中表达。使用BAF53b（黑标记细胞）抗体和增殖标记物Ki-67对石蜡包埋胚胎切片进行双重免疫组化(*C、 E类*–*G公司*)或BrdU(D类，红色标记的单元格）。(C类)E12.5胚胎头部的矢状切面。BAF53b在神经系统的有丝分裂后细胞中表达。(D类)子宫内BrdU标记E12.5胚胎颈脊髓横切面。(E类)E12.5胚胎脊髓的矢状切面。(F类)E15.5胚胎嗅球的矢状切面。(*G公司*)P0小鼠视网膜矢状切面。电话，端脑；死亡，间脑；Met，后脑；Mye，髓鞘；PF，脑桥弯曲；脊髓；VZ，心室区；ManL，地幔层；嗅球B；SVZ，室下区；GCL，颗粒细胞层；MCL，二尖瓣细胞层；视网膜；ONL，外神经母细胞层；GCL，神经节细胞层。

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