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.1999年3月;15(3):228-33.
doi:10.1093/bioinformatics/15.3.228。

一种新的蛋白质自动功能注释方法

附属公司

一种新的蛋白质自动功能注释方法

W弗莱什曼等。 生物信息学. 1999年3月.

摘要

动机:为了应对不断增加的序列数据量,需要可靠的自动注释工具。TrEMBL数据库与SWISS-PROT一起包含几乎所有公开可用的蛋白质序列,但与SWISS-PROT相比,只有有限的功能注释。为了改善这种情况,我们必须开发一种自动注释方法,使用SWISS-PROT的语言和语法生成高度可靠的功能预测。

结果:开发了一种算法,并成功用于未知蛋白质测试集的自动注释。预测信息包括描述、功能、催化活性、辅因子、途径、亚细胞位置、四元结构、与其他蛋白质的相似性、活性位点和关键词。该算法的覆盖率较低(10%),但具有较高的特异性和可靠性。

可利用性:结果可以通过匿名ftp从ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/sp_tr_nrdb获得。可根据作者的要求提供源代码。

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