NHLBI TOPMed：动脉粥样硬化风险的基因研究（GeneSTAR）

本研究是NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine（TOPMed）的一部分全基因组测序程序。TOPMed是更广泛的精准医学倡议, 旨在提供针对个人的疾病治疗独特的基因和环境。TOPMed将通过整合全基因组测序（WGS）和其他组学（例如代谢谱，蛋白质和RNA表达模式）数据，包括分子、行为、成像、环境、，和临床数据。在此过程中，该计划旨在揭示增加或减少的因素确定疾病的亚型，并制定更具针对性和个性化的治疗。现在有两个来自WGS的基因型调用集，冻结5b（GRCh38）和冻结8（GRCh28），样本集基本重叠。关于如何识别其他TOPMed WGS材料进行交叉研究分析的信息，以及TOPMed数据采集、数据处理和质量控制方法的说明，随附文件中提供，"TOPMed全基因组测序项目-冻结5b，第1和第2阶段" 和“TOPMed全基因组测序项目-Freeze 8，Phases 1-4". 请检查每个方法文件顶部的研究列表，以确定是否它适用于本研究附件。

GeneSTAR始于1982年，当时是约翰·霍普金斯兄弟姐妹和家庭心脏研究，这是一项前瞻性纵向家庭研究，最初在60岁以下有记录的早发冠心病患者的健康成年兄弟姐妹中进行。从2003年开始，兄弟姐妹、他们的后代和后代的共同父母参与了为期2周的81毫克/天阿司匹林试验，并使用全血和富含血小板的血浆中的多种激动剂评估了体外血小板功能。在基线和连续进行了广泛的额外心血管测试和风险评估。在进入研究后的5至30年内，进行随访以确定心血管疾病、中风、外周动脉疾病、糖尿病、癌症和相关的共病。几个额外的表型和干预亚型研究的目标是发现和扩大对动脉粥样硬化性血管疾病及其伴随的并发症的机制的了解。

• 学习网站链接：
  • GeneSTAR公司
• 研究设计：
  • 前瞻性纵向队列
• 研究类型：
  • 纵向队列
  • 家庭
• dbGaP估计值祖先使用格拉夫·波普
• 同意受试者总数：1787
• 受试者样本遥测报告（SSTR）

包含：参与GeneSTAR的人员符合条件（通过阿司匹林前和后血小板测试，检查两周内每天服用81毫克阿司匹灵对血小板功能的影响）。所有受试者都是：1）SIB研究中确定的兄弟姐妹的后代，>21岁，2）约翰·霍普金斯兄弟姐妹研究中确定的兄弟姐妹，或3）任何后代的配偶或共同父母。所有这些受试者都接受了GWAS，以入选TOPMed。

排除：对于母体研究，这些包括以下内容：1）任何冠心病或血管血栓事件的存在，2）任何出血性疾病或过去的任何出血性事件（中风、胃肠道出血），3）使用任何抗凝血剂或抗血小板药物（即华法林、潘生丁、氯吡格雷），4）慢性或急性非甾体抗炎药，包括不能停用的COX-2抑制剂，5）近期活动性胃肠道疾病，6）目前胃肠道疾病的药物治疗，7）治疗试验期间的妊娠或妊娠风险，8）近期月经过多，9）已知的阿司匹林不耐受或过敏副作用，10）严重的医疗疾病，包括自身免疫性疾病、肾或肝衰竭、癌症或HIV-AIDS，11）慢性或急性使用糖皮质激素治疗或任何可能干扰测量结果的药物，12）严重的精神疾病，以及，13）无法独立决定参与。

GeneSTAR始于约翰·霍普金斯兄弟姐妹和家庭心脏研究，这是一项前瞻性的家庭研究，对60岁以下早发冠心病（CAD）患者的健康兄弟姐妹进行研究。随后，兄弟姐妹、他们的后代和后代的共同父母参加了为期2周的81毫克/天的阿司匹林治疗试验。使用不同剂量的各种激动剂和其他血小板测定方法，体外测定血小板功能。定期对传统和非传统心血管危险因素进行广泛的基线和间隔筛查，并对心血管疾病、中风、外周动脉疾病、糖尿病、癌症和相关的并发症进行随访。

GeneSTAR研究GWAS分析基于之前NIH赞助的研究：PROGENI（基因-环境相互作用程序），该研究检查了阿司匹林对血小板功能的影响，以及印章（现有流行病学数据库中的SNP基因分型和多表型分型）。在STAMPEED研究期间，我们对来自GeneSTAR的受试者（代表500个有早发冠心病家族史的2代家庭，60%为白人，40%为非裔美国人，N=3232）进行了高密度100万SNP基因组扫描。我们确定了与定量血小板表型相关的基因组位点，并根据其生物学意义确定了基因组位点与血小板表型之间的关联（主要表型是胶原蛋白、二磷酸腺苷（ADP）、花生四烯酸（AA）、，和肾上腺素（Epi），加上尿中前列腺素代谢物11-脱氢血栓素B2的水平，结果可通过电话000375我们比较了基因组位点和三种常见的血小板基线表型（胶原蛋白、肾上腺素和ADP诱导的富含血小板血浆聚集）之间的关联峰值，以及在弗莱明翰心脏研究中发现的这些相同表型的关联(电话：000007). 我们还利用公开可用的数据库确定了100万SNP基因组扫描中任何显著的基因型-表型关联是否可以定位到任何特定基因或感兴趣的潜在基因，并进一步检查了以前与特定血小板表型相关的候选基因是否位于基因组区域根据SNP基因组扫描确定感兴趣的。

TOPMed的初步研究为286名参与者提供了WGS血小板聚集数据。TOPMed现在有1786名参与者，通过更大的样本量和更高的功效，利用家族设计来减少I型错误，可以采用综合方法优先考虑含有决定血小板超聚集的罕见变异的基因，通过GeneSTAR NextGen研究利用可用RNAseq和蛋白质组数据的能力(电话001074)以及调用结构变量的增强功能。

• 初级表型:血小板聚集
• 血液生理现象
• 心血管生理现象

• 珍珠1

• 公共医学
• 生物样品
• 网格

• 主要研究人员
  • 科学博士Rasika A.Mathias。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Lewis C.Becker，医学博士。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Diane M.Becker，理学博士，公共卫生硕士。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
• 联合投资者
  • Nauder Faraday，医学博士，公共卫生硕士。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Rita Kalyani，医学博士，MHS。约翰斯·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Brian G.Kral，医学博士，公共卫生硕士。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • 医学博士保罗·奈奎斯特。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Dhananjay Vaidya，博士，MBBS。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
  • Lisa R.Yanek，公共卫生硕士。约翰·霍普金斯大学医学院，美国马里兰州巴尔的摩。
• 资金来源
  • R01HL112064。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
  • R01HL118356。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
  • U01HL107446。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
  • R01HL11006。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
  • R01HL099747。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
  • R01HL092165。美国国立卫生研究院，马里兰州贝塞斯达。
  • r01ns0625059。美国国立卫生研究院，马里兰州贝塞斯达。