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研究描述

这项研究评估了人类胰岛的基因表达及其调节,胰岛是与糖尿病遗传风险因素研究相关的组织。我们从已故捐赠者那里获得了胰岛,并从全基因组SNP芯片、本体RNA-Seq、微小RNA(miRNA)-Seq、全基因组序列、DNA甲基化(甲基)-Seq、使用基因表达帽分析(CAGE)-Seq的转录起始谱、单细胞RNA-Seq和单核ATAC-Seq生成数据。这些数据包括两名胰岛受试者的ATAC-seq、31名其他受试者RNA-seq、全基因组芯片基因型和33名phs001188.v1受试者输入的基因型。为了进行基因分型,培养了500-1000个胰岛当量(IEQ),如在Gershengorn(Science,2004,PMID:15564314); 从胰岛培养物中分离出的基因组DNA。对于RNA分析,每个胰岛来源的2500-5000个IEQ用于大块或单细胞RNA分离。通过三唑提取分离信使RNA,并使用Illumina TruSeq定向mRNA-seq文库协议生成12-plex文库。NIH壁内测序中心(NISC)使用配对读码对HiSeq2000/HiSeq2500测序器进行了大量RNA测序。从68个样本的总RNA中制备miRNA文库,汇集并测序Illumina HiSeq2500上50bp的单端读码。CAGE文库是在日本DNAFORM使用nAnT-iCAGE协议从总RNA样本中制备的。CAGE文库在NIH壁内测序中心(NISC)HiSeq2000测序仪上测序。在NHGRI Genomics Core工厂对Illumina Omni2.5M阵列进行基因分型。使用HRC.r1.1.2016参考面板输入基因型。为了评估胰岛开放染色质区域,我们在NISC使用配对读取对HiSeq2000测序器进行了批量ATAC-seq。使用单细胞联合索引(sci-)ATAC-seq协议制备了单核ATAC-seq库,并使用配对读取在Illumina NextSeq上进行了测序。scRNA-seq文库是使用10X基因组学平台生成的,并在国家关节炎和肌肉骨骼及皮肤病研究所(NIAMS)基因组技术核心的Illumina HiSeq3000上测序。

通过全基因组关联研究发现,超过90%的与T2D相关的基因座发生在非编码区,这表明对疾病易感性有很强的调节作用。因此,迫切需要了解T2D相关组织中的全谱遗传变异和调节元件的使用。为此,本研究包含全基因组序列和全基因组亚硫酸氢盐序列,和/或Illumina甲基化EPIC阵列数据,对多个个体不同组织的个体遗传变异和DNA甲基化进行了全面调查。此外,我们对单细胞RNA(两名受试者)和单细胞核(一名受试人)进行了测序,以表征胰岛的基因表达和染色质可及性。

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公共可用数据(公共ftp)
研究纳入/排除标准

已故捐赠者的胰岛样本来自综合胰岛分布计划(IIDP)、国家疾病研究交换(NDRI)和ProdoLabs。

分子数据
类型来源站台寡核苷酸/SNP的数量SNP批Id注释
全基因组基因分型 Illumina公司 Infinium Omni2.5珠片 不适用 不适用 胰岛样本
估算基因分型 单倍型参考联盟 HRC.r1.1.2016(GRCh37/hg19) 不适用 不适用 使用Eagle v2.3预阶段,使用Minimac3估算
RNA测序 Illumina公司 HiSeq 2000型 不适用 不适用 胰岛样本:Poly-A精选-配对端
批量ATAC排序 Illumina公司 HiSeq 2500型 不适用 不适用 胰岛样本:通过高通量测序(ATAC测序)检测转氨酶可及染色质以评估开放染色质区域
甲基化 Illumina公司 Infinium甲基化EPIC 不适用 不适用 胰岛样本
miRNA测序 Illumina公司 TruSeq小RNA样品制备试剂盒 不适用 不适用 胰岛样本;Illumina HiSeq 2500测序
CAGE排序 DNAFORM公司 nAnT-iCAGE公司 不适用 不适用 胰岛样本
scRNA测序 10倍基因组学 铬单电池3'v2 不适用 不适用 胰岛样本;Illumina HiSeq 3000测序
snATAC测序 Illumina公司 NextSeq下一序列550 不适用 不适用 胰岛样本:单细胞联合索引ATAC-seq
全基因组测序 Illumina公司 高序列X 不适用 不适用 胰岛样本
WGBS排序 Illumina公司 HiSeq 2500 V4 1T 不适用 不适用 胰岛样本
选定出版物
与研究相关的疾病/特征(MeSH术语)
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研究归因
  • 主要研究人员
    • 迈克尔·博恩克(Michael Boehnke)。密歇根大学,美国密歇根州安娜堡。
    • 弗朗西斯·柯林斯。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • 凯伦·莫尔克。美国北卡罗来纳大学教堂山分校。
    • 迈克尔·斯蒂泽尔。杰克逊基因组医学实验室,美国康涅狄格州法明顿。
    • 斯蒂芬·帕克。密歇根大学,美国密歇根州安娜堡。
    • 迈克·鄂尔多斯。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所(NHGRI)。
  • 联合投资者
    • 阿鲁什·瓦什尼。密歇根大学,美国密歇根州安娜堡。
    • 劳拉·斯科特。密歇根大学,美国密歇根州安娜堡。
    • 希瑟·斯特林厄姆。密歇根大学,美国密歇根州安娜堡。
    • 洛丽·邦尼卡斯尔。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所(NHGRI)。
    • Narisu Narisu。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所(NHGRI)。
  • 排序中心
    • NIH校内测序中心(NISC)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所(NHGRI)。
  • 资金来源
    • Z1AHG0000024。美国马里兰州罗克维尔NIH壁内测序中心。
    • Z1BHG000196。NHGRI美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院院内。
    • 5R00DK092251。美国马里兰州罗克维尔NIH壁内测序中心。
    • R00DK099240(给迈克尔·斯蒂泽尔)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • R01DK093757(给史蒂夫·帕克)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • U01DK105561(致Karen Mohlke)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • R01DK072193(致Karen Mohlke)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • U01DK062370(致Karen Mohlke)。美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院。
    • 美国糖尿病协会阻止糖尿病途径拨款1-14-INI-07(致Michael Boehnke)。美国糖尿病协会,美国弗吉尼亚州亚历山大市。