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子研究
电话000854.v3.p8 : 癌症非编码调控突变的全基因组分析

研究描述

癌症基因组图谱（TCGA）是一项全面而协调的工作，旨在通过应用基因组分析技术，包括大规模基因组测序，加速我们对癌症分子基础的理解。TCGA是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）的联合努力，这两个研究所都是美国卫生与公众服务部国家卫生研究院的一部分。

TCGA项目按癌症类型或亚型组织。点击在这里以获取TCGA中选定的最新癌症类型列表。

TCGA数据（如基因表达、拷贝数变化和临床信息）可通过基因组数据共享（GDC）.

TCGA项目的数据分为两层：开放访问和受控访问.

  • 开放存取数据层包含无法归因于单个研究参与者的数据。开放存取数据层不需要用户认证。开放存取层中的数据可在TCGA数据门户中获得。
  • 受控访问数据层包含个体独有的个体级基因型数据。访问受控访问数据层中的数据需要用户通过以下方式进行认证dbGaP授权访问.
  • 受控访问数据类型包括以下内容：
    • 个体生殖系变异数据（SNP.cel文件）
    • 主要序列数据（.bam文件），可从GDC获得
    • 临床自由文本字段
    • 外显子阵列文件（仅适用于胶质母细胞瘤和卵巢项目）

注意：TCGA努力在开放访问层中发布大多数数据。个别基因型或序列文件是显著的例外。常见的请求文件，如体细胞突变描述或临床数据是开放存取的。

请转到此页面：https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications网站/获取与TCGA肿瘤特异性出版物相关的所有数据。

TCGA研究用于以下dbGaP子研究。要查看在这些子研究中收集的基因型和其他分子数据，请单击下面的子研究或位于此顶级研究页面phs000178 TCGA研究右侧的“子研究”框中的以下子研究。

  • 电话000854癌症非编码调控突变的全基因组分析

授权访问
公共可用数据（公共ftp）
研究纳入/排除标准

由于所执行工作的严格性和全面性，TCGA采用了一套严格的标准来纳入研究。肿瘤样本和匹配的生殖系DNA来源由生物标本核心资源是一个集中的站点，它审查样本数据并处理所有样本，以确保一致的病理学评估和生成分子分析物（DNA和RNA）。

TCGA的重点是收集后快速冷冻的未经治疗的原发肿瘤。所有肿瘤必须具有来自同一患者的匹配正常样本。在许多情况下，匹配的正常人是患者的血液样本。

一旦进入BCR，所有样品都要接受质量控制协议，然后才能被接受进入TCGA管道进行全面分析。病理学家对每个样本进行审查，以确认诊断结果，并确认样本符合纳入标准。具体而言，TCGA要求样本中至少含有60%的肿瘤细胞核，且坏死组织少于20%。一旦样本通过病理学审查，就要分离核酸并进行基因分型，以便每个肿瘤样本与正确的正常组织正确关联。建立这一中心资源的一个重要目标是确保从组织样品中提取的分子分析物（即DNA和RNA）具有一致性和高质量。接下来，这些分析物经过分子质量控制过程，然后分发到TCGA癌症基因组特征中心和基因组测序中心用于基因组分析。

TCGA中的所有样品都是严格按照以下要求收集和使用的政策和指南用于保护人类受试者、知情同意和IRB审查协议。

分子数据
类型来源站台寡核苷酸/SNP的数量SNP批Id注释
全基因组基因分型 昂飞 传真_6.0 934940 52074
全基因组测序 Illumina公司 基因组分析仪IIX 不适用 不适用
全基因组测序 Illumina公司 HiSeq 2000型 不适用 不适用 指数化，76bp，成对运行
全外显子序列测定 应用生物系统 SOLiD公司 不适用 不适用
全外显子序列测定 罗氏公司 454 GS FLX钛合金 不适用 不适用
RNA测序 Illumina公司 HiSeq 2000型 不适用 不适用 指数化，76bp，成对运行
RNA测序 Illumina公司 基因组分析仪IIX 不适用 不适用
研究历史

有关该计划的更新历史记录，请参阅：http://cancergenome.nih.gov/abouttcga/overview/history.

选定出版物
与研究相关的疾病/特征（MeSH术语）
相关资源链接
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请参见研究条款引用本研究数据
研究归因
  • 癌症基因组图谱研究网络
    • 美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所和国家人类基因组研究所。