细胞内细菌和病毒可能诱导或干扰自噬体发育的拟议阶段。所列病毒和细菌诱导形成双膜结合的隔间,这些隔间带有自噬途径的标记。这些结构的双膜结合形态的持续存在表明,如果它们类似于自噬体,则其成熟为自溶体的过程被阻止。在军团菌膜显示溶酶体相关膜蛋白1(LAMP1)获得延迟,而脊髓灰质炎病毒诱导的膜含有LAMP1;因此,军团菌和脊髓灰质炎病毒被提出以不同的步骤阻断自噬成熟。内质网;LC3,微管相关蛋白轻链3;PE,磷脂酰乙醇胺。