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PMC全文:
自然。
作者手稿;
2017年4月20日PMC提供。
以最终编辑形式发布为:
自然。
2016年10月20日;
538(7625): 336–343.
数字对象标识:
10.1038/自然19840
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预计违约概率7
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串联复制
系统发育树
混合
/
商业银行
集群。
使用MUSCLE对核苷酸序列进行比对,并使用带有1000个自举序列的ML方法生成系统发育图(MEGA6)。
不同颜色的圆圈表示
X·莱维斯
L基因(品红色),
X·莱维斯
S基因(蓝色),以及
十、热带
基因(绿色)。
该表显示了
商业银行
本研究中提出的和以前使用的基因名称(同义词)。
FISH分析显示XLA3S特异性缺失
节点5
基因簇。
一个单元
节点5
基因区域,包括外显子、内含子和基因间区域被用作FISH的探针(用Hoechst复染)。
箭头表示杂交信号
节点5
s.比例尺指示5 um。
比较
节点5
基因簇。
基因组测序显示
节点5.e1.L
~
.e5.L
(粉红色)和
节点6.L
是群集的。
放大
节点5
XLA3L中的基因和XLA3S中该簇的丢失得到了确认。
假基因(
节点5p1.L
~
第4.L页
和
节点5p1.S
)以黑色表示。
这个
节点5
的群集
X.热带
不包含任何假基因。
X·莱维斯
L染色体有四个完整的拷贝
节点3
(
节点3.e1.L~.e4.L
),而基因簇从
X·莱维斯
S染色体。
A截断
节点3
基因(
节点3p1.L
)可能是假基因,高度退化的假基因(
节点3p2.L和节点3p3.L
)也存在于L染色体上。
喜欢
节点3
,
vg1版本
虽然有假基因,但从S染色体上丢失了(
vg1页。
S公司
).
vg1版本
在
X·莱维斯
L染色体(
vg1.e1.L版
~.
电子3.L
)与…相比
十、热带
Vg1蛋白中的氨基酸变化(Ser20到Pro20)已被证明会导致功能差异(
补充说明13.9
).
vg1版本
和
德里埃
与哺乳动物同源
gdf1
.
在不同时期(半对数尺度),每1个预期4DTV(四倍退化颠倒)复制并保留到当前时期的所有基因的分数。
图中还显示了线性拟合,这与恒定出生率和死亡率模型一致(两个拟合数据集中都省略了第一个历元
X·莱维斯
).
请参见
补充说明11
以进行更详细的讨论。
相同,但分别适用于“短基因”(CDS<600 bp)和“长基因”(CDMS>1200 bp)。
新副本的丢失率似乎相似。
如果在第一次100%失活突变发生时,新复制的基因的额外拷贝丢失了,我们预计平均丢失的基因会更长。
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