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自然。作者手稿;2017年4月20日PMC提供。
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自然。2016年10月20日;538(7625): 336–343.
数字对象标识:10.1038/自然19840

预计违约概率7

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  1. 系统发育树混合/商业银行集群。使用MUSCLE对核苷酸序列进行比对,并使用带有1000个自举序列的ML方法生成系统发育图(MEGA6)。不同颜色的圆圈表示X·莱维斯L基因(品红色),X·莱维斯S基因(蓝色),以及十、热带基因(绿色)。该表显示了商业银行本研究中提出的和以前使用的基因名称(同义词)。
  2. FISH分析显示XLA3S特异性缺失节点5基因簇。一个单元节点5基因区域,包括外显子、内含子和基因间区域被用作FISH的探针(用Hoechst复染)。箭头表示杂交信号节点5s.比例尺指示5 um。
  3. 比较节点5基因簇。基因组测序显示节点5.e1.L~.e5.L(粉红色)和节点6.L是群集的。放大节点5XLA3L中的基因和XLA3S中该簇的丢失得到了确认。假基因(节点5p1.L~第4.L页节点5p1.S)以黑色表示。这个节点5的群集X.热带不包含任何假基因。
  4. X·莱维斯L染色体有四个完整的拷贝节点3(节点3.e1.L~.e4.L),而基因簇从X·莱维斯S染色体。A截断节点3基因(节点3p1.L)可能是假基因,高度退化的假基因(节点3p2.L和节点3p3.L)也存在于L染色体上。
  5. 喜欢节点3,vg1版本虽然有假基因,但从S染色体上丢失了(vg1页。S公司).vg1版本X·莱维斯L染色体(vg1.e1.L版~.电子3.L)与…相比十、热带Vg1蛋白中的氨基酸变化(Ser20到Pro20)已被证明会导致功能差异(补充说明13.9).vg1版本德里埃与哺乳动物同源gdf1.
  6. 在不同时期(半对数尺度),每1个预期4DTV(四倍退化颠倒)复制并保留到当前时期的所有基因的分数。图中还显示了线性拟合,这与恒定出生率和死亡率模型一致(两个拟合数据集中都省略了第一个历元X·莱维斯). 请参见补充说明11以进行更详细的讨论。
  7. 相同,但分别适用于“短基因”(CDS<600 bp)和“长基因”(CDMS>1200 bp)。新副本的丢失率似乎相似。如果在第一次100%失活突变发生时,新复制的基因的额外拷贝丢失了,我们预计平均丢失的基因会更长。

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