美国国家科学院院刊。1992年11月15日；89(22): 10915–10919.
蛋白质块的氨基酸替代矩阵。
霍华德·休斯医学院，弗雷德·哈钦森癌症研究中心，西雅图，WA 98104。
摘要
蛋白质序列比对的方法通常通过使用替换矩阵来测量相似性，该矩阵具有一种氨基酸与另一种氨基酸之间所有可能交换的分数。最广泛使用的矩阵是基于进化速率的Dayhoff模型。使用另一种方法，我们从约2000个具有500多组相关蛋白质特征的对齐序列片段中导出了替换矩阵。这导致了使用每个组的查询在对齐和搜索方面的显著改进。
全文
全文可用作原始打印版本的扫描副本。获取完整文章（1.0M），或单击下面的页面图像逐页浏览。PubMed链接也可用于选定的引用.
选定的引用
这些参考文献在PubMed中。这可能不是本文的完整参考文献列表。
- McLachlan AD。相关氨基酸序列比较试验。细胞色素c和细胞色素c 551。分子生物学杂志。1971年10月28日；61(2):409–424.[公共医学][谷歌学者]
- 冯DF，约翰逊MS，杜立德RF。氨基酸序列比对：常用方法的比较。分子进化杂志。1984年；21(2):112–125.[公共医学][谷歌学者]
- 莫哈纳·拉奥JK。基于残基特征物理参数的氨基酸残基交换新评分矩阵。国际胃蛋白酶研究杂志。1987年2月；29(2):276–281.[公共医学][谷歌学者]
- Risler JL，Delorme MO，Delacroix H，Henaut A.结构相关蛋白质中的氨基酸替换。一种模式识别方法。确定一个新的有效的评分矩阵。分子生物学杂志。1988年12月20日；204(4):1019–1029.[公共医学][谷歌学者]
- Smith RF，Smith TF。从相关蛋白质序列集自动生成一级序列模式。美国国家科学院院刊。1990年1月；87(1):118–122. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- George DG、Barker WC、Hunt LT。突变数据矩阵及其应用。方法酶制剂。1990;183:333–351.[公共医学][谷歌学者]
- Altschul SF公司。信息论视角下的氨基酸替代矩阵。分子生物学杂志。1991年6月5日；219(3):555–565. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Henikoff S、Henikoft JG。用于数据库搜索的蛋白质块的自动组装。核酸研究。1991年12月11日；19(23):6565–6572. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Altschul SF、Gish W、Miller W、Myers EW、Lipman DJ。基本本地对齐搜索工具。分子生物学杂志。1990年10月5日；215(3):403–410.[公共医学][谷歌学者]
- Henikoff S、Wallace JC、Brown JP。用核苷酸序列数据库寻找蛋白质相似性。方法酶制剂。1990;183:111–132.[公共医学][谷歌学者]
- Bairoch A.PROSITE：蛋白质位点和模式词典。核酸研究。1991年4月25日；19（补充）：2241–2245。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Bairoch A，Boeckmann B。SWISS-PROT蛋白质序列数据库。核酸研究。1991年4月25日；19（补充）：2247–2249。 [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Smith HO，Annau TM，Chandrasegaran S.在功能相关蛋白质组中发现序列基序。美国国家科学院院刊。1990年1月；87(2):826–830. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Corpet F.具有层次聚类的多序列比对。核酸研究。1988年11月25日；16(22):10881–10890. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- 皮尔逊WR。与FASTP和FASTA进行快速、敏感的序列比较。方法酶制剂。1990;183:63–98.[公共医学][谷歌学者]
- 皮尔逊WR。搜索蛋白质序列库：Smith-Waterman和FASTA算法的敏感性和选择性比较。基因组学。1991年11月；11（3） ：635–650。[公共医学][谷歌学者]
- Smith TF，Waterman MS。常见分子子序列的识别。分子生物学杂志。1981年3月25日；147(1):195–197.[公共医学][谷歌学者]
- Lipman DJ、Altschul SF、Kececioglu JD。用于多序列比对的工具。美国国家科学院院刊。1989年6月；86(12):4412–4415. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者]
- Greer J.哺乳动物丝氨酸蛋白酶的比较建模。分子生物学杂志。1981年12月25日；153(4):1027–1042.[公共医学][谷歌学者]
- 杜立德RF。在序列数据库中搜索。方法酶制剂。1990;183:99–110.[公共医学][谷歌学者]
- Attwood TK、Eliopoulos EE、Findlay JB。显示低序列同源性的蛋白质家族的多序列比对：一种使用G蛋白相关受体数据库模式匹配鉴别器的方法学方法。基因。1991年2月15日；98(2):153–159.[公共医学][谷歌学者]
- Gonnet GH，Cohen MA，Benner SA。整个蛋白质序列数据库的穷尽匹配。科学。1992年6月5日；256(5062):1443–1445.[公共医学][谷歌学者]
- Jones DT、Taylor WR、Thornton JM。从蛋白质序列快速生成突变数据矩阵。计算应用生物科学。1992年6月；8(3):275–282.[公共医学][谷歌学者]
文章来自美国国家科学院院刊由以下人员提供美国国家科学院
