对GEO的编程访问
介绍
可以使用一套程序称为Entrez编程实用程序（E-Utils）。
E-Utils是一组服务器端程序，为搜索、检索和链接提供稳定的界面Entrez系统的函数，使用固定的URL语法。E-Utils旨在从计算机程序中调用可以处理它们的输出。输出以XML格式提供。
GEO数据存储在两个单独的数据库中：
需要牢记的三个关键概念是：
- E-Utils只能检索存储在Entrez系统中的数据。对于GEO数据库，Entrez中只存储元数据。要检索完整的GEO记录、完整的数据表或原始数据文件，需要第二步，即构建FTP URL（请参阅FTP目录结构表）并下载数据。
- 每个Entrez记录都使用唯一的整数ID（UID）进行标识。UID用于数据输入和输出。搜索历史参数（query_key和WebEnv）也可用于识别以前的搜索结果。
- 您可以使用字段限定符来优化初始搜索，字段限定符可以根据数据类型筛选结果，发布日期范围等等。
典型工作流可能包含以下步骤：
- 使用Entrez GEO DataSet中的限定符字段微调搜索
- 构建适当的电子搜索脚本/程序中的查询
- 运行查询，根据需要以UID或历史参数（query_key和WebEnv）的形式检索结果
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运行电子摘要或eFetch（电子取回）和/或电子链接根据您检索最终元数据或访问的需要。
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如果您需要下载完整记录或补充文件，使用登录信息构造FTP URL并下载数据。
有关更多信息，请查看完整的E-Utils文档或NCBI短期课程使用Entrez编程实用程序构建自定义数据管道.
示例
对于大多数应用程序来说，地理数据集是构建搜索的更有用和更明智的地方。这里的所有示例都将演示GEO数据集的搜索和检索。
在每个示例中，请注意query_key和WebEnv参数仅用于演示目的。这些参数在历史服务器中存储有限的时间；执行eSearch以生成新的query_key和WebEnv参数。
在db=gds中构造并执行eSearch以检索序列ID，使用：
使用eSearch中的query_key和WebEnv参数执行eSummary：
- https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/esummary.fcgi？db=gds&version=2.0&query_key=X&WebEnv=ENTER_WebEnv_PARAMETER_HERE（电子邮箱）
这将检索所有系列记录的摘要文档。
在db=gds中构造并执行eSearch，以检索相关的Series和DataSet记录，使用：
使用eSearch中的query_key和WebEnv参数执行eFetch：
- https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/efetch.fcgi？db=gds&query_key=X&WebEnv=ENTER_WebEnv_PARAMETER_HERE
这将生成一个文档摘要文本文件，列出所有酿酒酵母实验在过去3个月内发布的（本例中为2007年1月至2007年3月）。
在查找与特定阵列相关的数据时，通常最安全的方法是使用该平台的GEO登录号，而不是其名称。HG-U133A的官方版本具有登录号GPL96，由手动搜索.
使用以下命令在db=gds中构造并执行eSearch查询，以查找所有包含与GPL96相关的Samples和CEL文件的Series记录：
使用eSearch中的query_key和WebEnv参数执行eSummary：
- https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/esummary.fcgi？db=gds&query_key=X&WebEnv=ENTER_WebEnv_PARAMETER_HERE
这将返回包含HG-U133A CEL文件的所有系列记录的摘要文档。
从eSummary文档中提取系列登录号。然后，您可以使用此系列登录列表构造URL以获取原始数据文件，例如：
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE5nnn/GSE5290/suppl/GSE5260_RAW.tar
在db=gds中构造并执行eSearch以检索相关记录，使用：
使用eSearch中的query_key和WebEnv参数执行到PubMed的eLink：
- https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/elink.fcgi？dbfrom=gds&db=pubmed&query_key=X&WebEnv=ENTER_WebEnv_PARAMETER_HERE
这列出了与GEO大鼠实验相关的所有PubMed ID。
更多详细信息
| 电子搜索 |
使用与给定数据库中的查询匹配的唯一标识符（UID）列表响应文本查询，以及查询的术语翻译 |
| 电子摘要 |
用相应的文档摘要响应UID列表 |
| eFetch（电子取回） |
用相应的数据记录响应UID列表 |
| 电子公告 |
接受UID列表，将集合存储在历史服务器上，并使用相应的查询键和Web环境进行响应 |
| 电子链接 |
使用相关ID列表响应给定数据库中的UID列表在同一数据库中或在另一个Entrez数据库中的链接ID列表中 |
| 电子信息 |
提供给定数据库每个字段中索引的记录数，数据库的上次更新日期，以及从数据库到其他Entrez数据库的可用链接 |
所有GEO数据均可从FTP站点下载。目录结构按类型组织，GEO加入范围、GEO加入编号和格式。范围子目录名称是通过替换加入语的最后三位数字加上字母“nnn”。例如，
- GSM575：
- /样品/GSMnnn/GSM575/
- GSM1234：
- /样品/GSM1nnn/GSM1234/
- GSM12345：
- /样品/GSM12nnn/GSM12345/
有关更多信息，请参阅自述文件.
