美国国立生物技术信息中心五倍子注释版本104

这个参考序列基因组记录五倍子由注释NCBI真核生物基因组注释管道这是一个自动管道，用于注释草图和成品基因组装配上的基因、转录物和蛋白质。本报告显示注释产品、管道中使用的输入数据和中间对齐结果。

注释产品可在序列数据库和FTP站点。

本报告提供：

注释发布信息：名称发布、重要日期、软件版本
程序集：注释的简要说明组件
基因和特征统计：计数和注释特征的特征
注释蛋白质与一组高质量蛋白质的比对：点击一组高质量蛋白质的注释蛋白质的数量
基因组序列的屏蔽：多少基因组被掩盖了
转录和蛋白质比对：数字和从公共数据库检索并用于基因的证据类型预测
当前和以前的相似性装配：当前程序集和以前程序集的相似性
当前和以前的注释：注释中改变的基因比例

有关注释过程的更多信息，请访问NCBI真核生物基因组注释管道页面.

注释发布信息

该注释应称为NCBI五倍子注释版本104

注释版本ID:104
Entrez查询转录本和蛋白质的日期：2018年4月13日
向公共数据库提交注释的日期：2018年5月17日
软件版本：8

程序集

此注释运行中包含以下程序集：

程序集名称	加入大会	提交人	组装日期	参考/替代	程序集内容
GRCg6a类	GCF_ 000002315.5	基因组参考联盟	03-27-2018	参考	35条组装染色体；未放置的脚手架

基因和特征统计

下面为每个部件提供了注释特征的数量和长度。

功能计数

功能	GRCg6a类
基因和假基因	24,373
蛋白质编码	17,477
非编码	6,534
转录假基因	22
非转录假基因	240
具有变异的基因	10,544
免疫球蛋白/T细胞受体基因片段	99
其他	1
mRNA	49661人
完全支持	48584个
初始>5%	513
部分	564
带填充间隙	16
已知RefSeq（NM_）	6,401
型号RefSeq（XM_）	43,260
非编码RNA	13,087
完全支持	12,105
初始>5%	0
部分	2
带填充间隙	0
已知RefSeq（NR_）	771
型号RefSeq（XR_）	11,700
伪抄本	28
完全支持	26
初始>5%	0
部分	0
带填充间隙	0
已知RefSeq（NR_）	5
型号RefSeq（XR_）	23
信用违约互换	49,772
完全支持	48,584
初始>5%	654
部分	369
有重大修正	673
已知RefSeq（NP_）	6,413
模型RefSeq（XP_）	43,260

详细报告

以下计数不包括假基因。

特征长度

功能	计数	平均长度（bp）	中位长度（bp）	最小长度（bp）	最大长度（bp）
基因	24,012	27,398	9,392	48	1,036,019
所有成绩单	62,748	4,223	3,249	17	113,235
信使核糖核酸	49,661	4,295	3,405	189	42,722
其他_RNA	3,153	4,488	3,578	152	47,127
微小RNA	1,036	22	22	17	28
tRNA	296	74	73	65	135
lncRNA	8,233	4,548	2,809	92	113,235
snoRNA	191	107	92	62	321
snRNA	66	137	130	59	213
指南_RNA	13	193	141	129	324
rRNA	97	241	119	118	4437个
端粒酶_RNA	1	465	465	465	465
SRP核糖核酸	1	290	290	290	290
单埃克森抄本	1,010	2,351	1,473	92	22,664
编码转录本（NM_/XM_）	1,008	2,355	1,486	297	22,664
非编码转录本（NR_/XR_）	2	203	313	92	313
信用违约互换	49,674	2,186	1,566	96	32,925
外显子	249,401	439	141	1	109,030
编码成绩单（NM_/XM_）	223,647	364	138	1	41,733
非编码转录本（NR_/XR_）	43,403	745	158	2	109,030
简介	215,663	3,745	894	27	678,754
编码成绩单（NM_/XM_）	197,761	3,594	866	27	678,754
非编码转录本（NR_/XR_）	35,147	4,225	1042个	30	373,067

每个基因的转录本，每个转录本的外显子

	平均值	中值的	分钟	马克斯
每个基因的转录本数量	2.62	1	1	52
每个转录本的外显子数量	12.8	9	1	157

注释蛋白质与一组高质量蛋白质的比对

使用BLASTP对UniProtKB/Swiss-Prot策划的蛋白质进行最终的注释蛋白质集搜索，使用注释蛋白质作为查询，使用优质蛋白质作为目标。在17464个编码基因中，16383个基因的蛋白质的比对覆盖了50%以上的查询，11286个基因的比对覆盖95%以上的查询。

查询和目标覆盖范围的定义。查询覆盖率是对齐中包含的带注释的蛋白质长度的百分比。目标覆盖率是路线中包含的目标长度的百分比。

下面是一个累积图，显示了比对超过给定查询或目标覆盖阈值的基因数量。为了进行比较，在图中添加了NCBI真核生物注释管道注释的其他生物的相应统计数据。

查询：带注释的蛋白质
目标：UniProtKB/Swiss-Prot策划的蛋白质

基因组序列的屏蔽

在重复标记的基因组上进行转录和蛋白质比对。以下是基因组序列被掩盖的百分比窗口掩码和重复遮罩对于每个组件。重复遮罩结果仅用于具有综合重复文库的生物体可用。

对于这个注释运行，转录物和蛋白质与仅用WindowMasker掩蔽的基因组对齐。

程序集名称	加入大会	%使用重复遮罩进行遮罩	%用WindowMasker屏蔽
GRCg6a型	总金额000002315.5	12.52%	20.37%

转录和蛋白质比对

注释管道在很大程度上依赖于实验证据的对齐基因预测。以下是检索到的转录本和蛋白质集来自Entrez，通过拆分（Splign）或ProSplign公司并传递给格诺蒙，NCBI的基因预测软件。

根据其他可用证据，长454读（平均长度高于250 nt）可作为传统证据，并在成绩单对齐截面或对齐RNA-Seq读取并报告在RNA-Seq号路线第节。

成绩单对齐

来源	从中检索的序列数Entrez公司	Splign对齐的序列数（%）	传递给的序列数（%）格诺蒙	平均%身份	平均%覆盖率
同类已知RefSeq（NM_/NR_）	7,248	7,222 (99.64%)	7,131 (98.39%)	99.27%	99.50%
同类 Genbank公司	30,711	30,062 (97.89%)	27,455 (89.40%)	99.36%	98.78%
同类美国东部时间	826,307	735,482 (89.01%)	656,032 (79.39%)	98.70%	98.72%
同类长SRA	1,087,445	888,271 (81.68%)	568,879 (52.31%)	98.33%	99.47%

RefSeq转录本比对质量报告

已知的参考序列转录本（NM_和NR_材料）是一组高质量的转录本由维护参考序列这组成绩单的对齐统计信息，例如百分比和根本没有对齐的序列数，最佳对齐百分比多个支架和未覆盖整个CDS的百分比排列是指示性的基因组质量的差异，如下所示。

	GRCg6a类主要组件
从Entrez检索的序列数	7,248
未对齐的序列数（%）	26 (0.36%)
具有多个最佳比对（分裂基因）的序列数（%）	17 (0.24%)
CDS覆盖的序列数（%）< 95%	50 (0.78%)

RNA-Seq比对

以下RNA-Seq从序列片段归档也用于基因预测：

按样本隐藏对齐统计信息（SAME、SAMN、SAMD、DRS）

样本Id	出版物	曲目名称	读取次数	对齐读取百分比	与内含子对齐的读取百分比	内含子数量
全部	不适用	所有对齐样品的集合	10,561,448,555	75%	28%	275572个
2013年2月57日	不适用	肺（Gallus Gallus，20岁，男性，SAMEA2201357）	103,753,542	75%	27%	162,405
萨摩亚2201358	不适用	脂肪（五倍子，20个月，雌性，SAMEA220138）	111,099,350	74%	28%	149,909
萨摩亚2201359	不适用	前胃（胆囊，20，男性，SAMEA220139）	125,666,896	86%	48%	119,560
萨摩亚2201360	不适用	睾丸（五倍子，20，雄性，SAMEA2201360）	92,797,792	23%	12%	122,301
萨摩亚2201361	不适用	顶神经（胆囊，20，女性，SAMEA220131）	68,536,766	77%	21%	173,760
萨摩亚2201362	不适用	肺（五倍子，20，雌性，SAMEA2201362）	91,106,534	73%	27%	157,920
萨摩亚2201363	不适用	大脑（五倍子，20，男性，SAMEA2201363）	64,980,686	83%	21%	182,964
萨摩亚2201364	不适用	卵巢（五倍子，20，雌性，SAMEA2201364）	94,822,624	60%	32%	157,889
萨摩亚2201365	不适用	脾脏（Gallus Gallus，20岁，女性，SAMEA2201365）	137033022年	53%	15%	141339个
萨摩亚2201366	不适用	小脑（五倍子，20，雌性，SAMEA2201366）	154,970,424	82%	19%	192,256
萨摩亚2201367	不适用	大脑（胆囊，20个月，雌性，SAMEA2201367）	68,118,426	84%	21%	184,536
萨摩亚2201368	不适用	下丘脑（五倍子，20，雄性，SAMEA2201368）	191,561,330	80%	20%	202,172
萨摩亚2201369	不适用	胸肌（五倍子，20，雌性，SAMEA2201369）	166,054,690	77%	42%	129,278
萨摩亚2201370	不适用	肝脏（胆囊，20，男性，SAMEA2201370）	99,484,360	70%	32%	140,368
萨摩亚2201371	不适用	前胃（胆囊，20，女性，SAMEA2201371）	150,450,630	86%	49%	133,257
萨摩亚2201372	不适用	肾脏（五倍子，20，男性，SAMEA2201372）	149,027,648	35%	30%	150,171
萨摩亚2201373	不适用	胸肌（五倍子，20，男性，SAMEA22011373）	140,649,200	73%	39%	127,274
2013年2月27日	不适用	脂肪（Gallus Gallus，20岁，男性，SAMEA2201374）	118393902个	69%	28%	149,810
萨摩亚2201375	不适用	肾上腺（胆囊，20个月，男性，SAMEA2201375）	280,799,132	71%	21%	222,893
萨摩亚2201376	不适用	肾脏（胆囊，20个月，雌性，SAMEA2201376）	311,462,148	72%	29%	200,205
萨摩亚2201377	不适用	下丘脑（五倍子，20，雌性，SAMEA2201377）	188,549,958	79%	19%	198,357
萨摩亚2201378	不适用	肝脏（五倍子，20，雌性，SAMEA2201378）	110,458,976	70%	25%	133,168
萨摩亚2201379	不适用	心脏（五倍子，20个月，雌性，SAMEA2201379）	127,645,672	63%	32%	156,868
萨摩亚2201380	不适用	脾脏（五倍子，20，雄性，SAMEA2201380）	130,304,446	62%	21%	152,299
萨摩亚2201381	不适用	小脑（五倍子，20，雄性，SAMEA2201381）	152,499,716	78%	20%	197,811
萨摩亚2201382	不适用	心脏（五倍子，20，男性，SAMEA2201382）	120,312,206	69%	31%	2014年
2013年2月23日	不适用	顶叶神经（Gallus Gallus，20岁，男性，SAMEA2201383）	226,320,328	77%	20%	212,607
萨摩亚2812691	不适用	嗜异性，脂多糖（Gallus Gallus，SAMEA2812691）	31,262,328	87%	27%	129,427
萨摩亚2812692	不适用	巨噬细胞，LPS（五倍子，SAMEA2812692）	28,221,016	81%	28%	120,483
萨摩亚2812693	不适用	树突状细胞，LPS（五倍子，SAMEA2812693）	27,087,284	83%	25%	124,865
萨摩亚2812694	不适用	巨噬细胞，对照（五倍子，SAMEA2812694）	34,097,602	80%	28%	131,198
萨摩亚2812695	不适用	嗜异性，对照（五倍子，SAMEA2812695）	37,317,268	86%	27%	135,136
萨摩亚2812696	不适用	树突状细胞，对照（五倍子，SAMEA2812696）	33,666,450	88%	28%	133,205
萨摩亚3109050	不适用	骨髓巨噬细胞（五倍子，SAMEA3109050）	75,174,726	85%	28%	154,197
萨摩亚3109051	不适用	胚胎细胞（五倍子，SAMEA3109051）	149,656,536	85%	25%	208,291
萨摩亚3109052	不适用	骨髓巨噬细胞，（Gallus Gallus，SAMEA3109052）	129134996年	77%	26%	163408个
萨摩亚3109053	不适用	DF-1细胞（五倍子，SAMEA3109053）	94,156,104	85%	31%	151,660
SAMN00000795号	15592404,2329578,7515499,9023104,20622855,28135246	五倍子；红色丛林鸟RJF#256（五倍子，雌性，SAMN00000795）	913,399	80%	17%	44,234
SAMN02738215号	25152353	再生早期生长体轮廓羽毛上皮（复制品1）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738215）	189,244,660	86%	14%	136,410
SAMN02738216号	25152353	再生早期生长体轮廓羽毛上皮（复制品2）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738216）	120,570,422	84%	20%	153,477
SAMN02738217号	25152353	再生早期生长体轮廓羽毛上皮（复制品3）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738217）	106,499,126	85%	22%	161,665
SAMN02738218号	25152353	再生晚期生长体轮廓羽毛上皮（复制品1）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738218）	146,181,954	88%	24%	172,924
SAMN02738219	25152353	再生晚期生长体轮廓羽毛上皮（复制品2）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738219）	148,599,532	88%	20%	166,974
样本02738220	25152353	再生后期生长的身体轮廓羽毛上皮（复制品3）（Gallus Gallus，2岁，雄性，SAMN02738220）	106,842,912	88%	20%	165,199
SAMN02738221号	25152353	再生早期生长的翅膀飞行羽毛上皮（复制品1）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738221）	143,622,554	87%	25%	179,448
SAMN02738222	25152353	再生早期生长的翅膀飞行羽毛上皮（复制品2）（Gallus Gallus，2岁，雄性，SAMN02738222）	145,335,050	87%	25%	174,085
SAMN02738223号	25152353	再生早期生长的翅膀飞行羽毛上皮（复制品3）（Gallus Gallus，2岁，雄性，SAMN02738223）	118,280,422	87%	25%	175,022
SAMN02738224	25152353	再生中长翼飞行羽毛上皮（复制品1）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738224）	156,832,008	88%	18%	177,503
SAMN02738225号	25152353	再生中长翼飞行羽毛上皮（复制品2）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738225）	150,783,768	87%	18%	174,143
SAMN02738226号	25152353	再生中长翼飞行羽毛（复制品3）（Gallus Gallus，2岁，雄性，SAMN02738226）	152,273,494	87%	18%	171,364
SAMN02738227号	25152353	再生晚生翼飞行羽毛上皮（复制品1）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738227）	142016780年	87%	22%	168950个
样本02738228	25152353	再生晚生翼飞行羽毛上皮（复制品2）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738228）	113,006,108	87%	20%	157,338
SAMN02738229	25152353	再生晚生翼飞行羽毛上皮（复制品3）（五倍子，2岁，雄性，SAMN02738229）	146,813,926	87%	21%	170,016
SAMN02979340标准	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979340）	4,239,440	53%	31%	92,736
SAMN02979341号	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979341）	4,117,852	55%	35%	94,533
SAMN02979342号	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979342）	4,175,736	53%	34%	94,057
SAMN02979343号	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979343）	3,974,614	51%	32%	90,026
SAMN02979344号	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979344）	3,952,612	53%	33%	92,598
SAMN02979345号	不适用	胚胎成纤维细胞系（五倍子，SAMN02979345）	3,664,098	54%	31%	88,321
SAMN03354467号	不适用	基底乳头24治疗（Gallus Gallus，SAMN03354467）	44663652个	70%	21%	159,874
SAMN03354468号	不适用	基底乳头0对照（五倍子，SAMN03354468）	54,154,882	68%	23%	173,193
SAMN03354469号	不适用	治疗基底乳头48（胆囊，SAMN03354469）	45,006,550	66%	25%	165,713
SAMN03354470号	不适用	治疗基底乳头72（胆囊，SAMN03354470）	51,109,090	73%	27%	171,276
SAMN03354471号	不适用	基底乳头72对照（五倍子，SAMN03354471）	71,913,524	67%	26%	184,349
SAMN03354472号	不适用	基底乳头120治疗（五倍子，SAMN03354472）	35,448,058	67%	24%	160,552
SAMN03354473号	不适用	基底乳头48对照（五倍子，SAMN03354473）	69,894,218	65%	28%	180,942
SAMN03354474号	不适用	基底乳头24对照（五倍子，SAMN03354474）	53,485,878	61%	27%	164,996
SAMN03354475号	不适用	治疗基底乳头0（五倍子，SAMN03354475）	52,833,620	70%	24%	165,674
SAMN03354476号	不适用	基底乳头96对照（五倍子，SAMN03354476）	50238144个	66%	26%	172632年
萨摩亚03354477	不适用	基底乳头72治疗bs2（五倍子，SAMN03354477）	45,121,238	69%	26%	168,638
SAMN03354478号	不适用	基底乳头48对照bs2（五倍子，SAMN03354478）	39,952,866	64%	28%	167,609
SAMN03354479号	不适用	基底乳头168治疗bs2（五倍子，SAMN03354479）	35,716,804	68%	29%	164,053
SAMN03354480号	不适用	基底乳头120治疗bs2（五倍子，SAMN03354480）	41,247,648	67%	27%	168,181
SAMN03354481号	不适用	治疗基底乳头144（胆囊，SAMN03354481）	32,677,698	64%	27%	154,861
SAMN03354482号	不适用	基底乳头120对照（五倍子，SAMN03354482）	35,397,996	66%	27%	163,648
SAMN03354483号	不适用	治疗基底乳头96（胆囊，SAMN03354483）	36,707,242	69%	28%	164,713
SAMN03354484号	不适用	基底乳头144治疗bs2（五倍子，SAMN03354484）	37,656,128	58%	27%	160,395
SAMN03354485号	不适用	基底乳头144对照bs2（五倍子，SAMN03354485）	35,668,880	63%	27%	163951个
萨摩亚03354486	不适用	基底乳头168对照bs2（Gallus Gallus，SAMN03354486）	32,928,054	65%	28%	161,388
SAMN03354487号	不适用	基底乳头0处理bs2（五倍子，SAMN03354487）	36,897,880	72%	24%	157,724
SAMN03354488号	不适用	基底乳头24治疗bs2（五倍子，SAMN03354488）	33,899,682	71%	27%	158,099
SAMN03354489号	不适用	基底乳头168对照（五倍子，SAMN03354489）	31,626,138	66%	27%	160,781
SAMN03354490号	不适用	基底乳头144对照（五倍子，SAMN03354490）	36,718,842	66%	26%	162,960
SAMN03354491号	不适用	基底乳头24对照bs2（五倍子，SAMN03354491）	36,146,676	69%	30%	164,932
SAMN03354492号	不适用	基底乳头48治疗bs2（五倍子，SAMN03354492）	36,693,854	69%	25%	161,243
SAMN03354493号	不适用	基底乳头168治疗（五倍子，SAMN03354493）	30,925,716	67%	25%	154,378
SAMN03354494号	不适用	基底乳头0对照bs2（五倍子，SAMN03354494）	35,855,366	68%	24%	164,407
SAMN03376183标准	不适用	十二指肠，低残留饲料摄入量（Gallus Gallus，61周龄，雌性，SAMN03376183）	80258102年	71%	26%	163058年
SAMN03376184标准	不适用	十二指肠，低残留摄入量（五倍子，61周龄，雌性，SAMN03376184）	86,305,796	68%	23%	153,301
SAMN03376185标准	不适用	十二指肠，低残留摄入量（五倍子，61周龄，雌性，SAMN03376185）	101,028,434	71%	24%	152,593
SAMN03376186标准	不适用	十二指肠，高残留摄入量（五倍子，61周龄，雌性，SAMN03376186）	81,602,282	60%	23%	151,649
SAMN03376187标准	不适用	十二指肠，高残留摄入量（五倍子，61周龄，雌性，SAMN03376187）	88,785,322	61%	24%	157,967
SAMN03376188标准	不适用	十二指肠，高残留摄入量（五倍子，61周龄，雌性，SAMN03376188）	75,829,126	77%	26%	165,526
SAMN03579563号	不适用	白色皮肤（五倍子，16周，雌性，SAMN03579563）	55,400,490	85%	28%	173,216
SAMN03579564号	不适用	黑色皮肤（五倍子，16周，雌性，SAMN03579564）	59,205,048	83%	27%	178,391
SAMN04013381号	26366565	隐性白岩，体重高（五倍子，7周，SAMN04013381）	56,670,724	79%	36%	160,928
萨摩亚04013382	26366565	隐性白岩，低体重（Gallus Gallus，7周，SAMN04013382）	47,368,088	79%	36%	160,898
SAMN04013383号	26366565	兴化鸡，高体重（五倍子，7周，SAMN04013383）	50,901,084	74%	37%	149,321
SAMN04013384号	26366565	兴化鸡，低体重（五倍子，7周，SAMN04013384）	90,471,262	73%	36%	161,855
SAMN05341171号	不适用	耳蜗（五倍子，Ph8-11d，雌雄混合，SAMN05341171）	151,314,258	83%	32%	209,449
SAMN06140852号	不适用	甲状腺（五倍子，39周，雌性，SAMN06140852）	175,648,792	81%	33%	202,393
SAMN06140853号	不适用	甲状腺（五倍子，39周，雌性，SAMN06140853）	153,389,158	81%	39%	211,581
SAMN06140854号	不适用	甲状腺（五倍子，39周，雌性，SAMN06140854）	162,146,116	83%	34%	198,546
SAMN06140855号	不适用	甲状腺（五倍子，39周，雌性，SAMN06140855）	158,528,308	82%	39%	1992年47
样本06143075	28301039	克隆18 rep2（五倍子，SAMN06143075）	48,534,572	72%	34%	124,128
SAMN06143076号	28301039	克隆18 rep1（五倍子，SAMN06143076）	72,387,134	71%	33%	126,075
SAMN06143077号	28301039	Bach2KO rep3（五倍子，SAMN06143077）	69,547,304	70%	34%	124,575
SAMN06143078号	28301039	Bach2KO rep2（五倍子，SAMN06143078）	69,487,136	67%	33%	122,287
SAMN06143079号	28301039	Bach2KO代表1（加卢斯，SAMN06143079）	60,446,870	58%	33%	110,649
SAMN06143080号	28301039	克隆18 rep3（Gallus Gallus，SAMN06143080）	31,315,162	71%	34%	117,655
SAMN08016552号	不适用	感染48小时-3（五倍子，SAMN08016552）	40,664,148	15%	42%	138,364
SAMN08016553号	不适用	感染48小时-2（五倍子，SAMN08016553）	47362010年	14%	45%	142888个
SAMN08016554号	不适用	感染48小时-1（五倍子，SAMN08016554）	49,530,088	17%	42%	147,517
SAMN08016555号	不适用	感染24小时-3（五倍子，SAMN08016555）	46,996,798	42%	43%	171,227
SAMN08016556号	不适用	感染24小时-2（五倍子，SAMN08016556）	53,546,936	39%	44%	171,521
SAMN08016557号	不适用	感染24小时-1（五倍子，SAMN08016557）	45,849,362	41%	43%	169,216
SAMN08016558号	不适用	感染12小时-3（五倍子，SAMN08016558）	38,018,334	74%	43%	179,565
SAMN08016559号	不适用	感染12小时-2（五倍子，SAMN08016559）	37,479,300	75%	43%	178,456
SAMN08016560号	不适用	感染12小时-1（五倍子，SAMN08016560）	38,934,814	73%	45%	177,659
SAMN08016663号	不适用	48小时模拟-3（Gallus Gallus，SAMN08016663）	48,413,434	82%	44%	177,265
SAMN08016664号	不适用	48小时模拟-2（Gallus Gallus，SAMN08016664）	4674.01万	83%	43%	177280人
SAMN08016665号	不适用	48小时模拟-1（Gallus Gallus，SAMN08016665）	44,523,570	82%	43%	176,662
SAMN08016666号	不适用	24小时模拟-3（Gallus Gallus，SAMN08016666）	48,588,828	83%	41%	178,915
SAMN08016667号	不适用	24小时模拟-2（Gallus Gallus，SAMN08016667）	49,375,266	82%	44%	179,233
SAMN08016668号	不适用	24小时模拟-1（Gallus Gallus，SAMN08016668）	49,023,726	82%	42%	178,757
SAMN08016669号	不适用	12小时模拟-3（Gallus Gallus，SAMN08016669）	35,866,470	83%	41%	176,923
SAMN08016670标准	不适用	12小时模拟-2（Gallus Gallus，SAMN08016670）	49,919,738	82%	42%	183,289
SAMN08016671号	不适用	12小时模拟-1（Gallus Gallus，SAMN08016671）	54,883,560	82%	42%	184,942

按运行显示路线统计信息（ERR、SRR、DRR）

运行	实验	项目	样品	读取次数	对齐读取百分比	与内含子对齐的读数百分比
错误348579	二x321396	ERP003988号	萨摩亚2201357	103,753,542	75%	27%
错误348564	ERX321397型	ERP003988号	萨摩亚2201358	111,099,350	74%	28%
错误348565	ERX321398型	ERP003988号	萨摩亚2201359	125,666,896	86%	48%
错误348580	ERX321399型	ERP003988号	萨摩亚2201360	92,797,792	23%	12%
错误348581	ERX321400型	ERP003988号	萨摩亚2201361	68,536,766	77%	21%
错误348582	ERX321401型	ERP003988号	萨摩亚2201362	91,106,534	73%	27%
错误348572	ERX321402型	ERP003988号	萨摩亚2201363	64,980,686	83%	21%
错误348571	二x321403	电话003988	萨摩亚2201364	94,822,624	60%	32%
错误348568	ERX321404型	ERP003988号	萨摩亚2201365	137,033,022	53%	15%
错误348584	ERX321405型	ERP003988号	萨摩亚2201366	154,970,424	82%	19%
错误348566	ERX321406型	ERP003988号	萨摩亚2201367	68,118,426	84%	21%
错误348575	ERX321407型	ERP003988号	萨摩亚2201368	191,561,330	80%	20%
错误348560	ERX321408型	ERP003988号	萨摩亚2201369	166,054,690	77%	42%
错误348586	ERX321409型	ERP003988号	萨摩亚2201370	99484360个	70%	32%
错误348562	ERX321410型	ERP003988号	萨摩亚2201371	150,450,630	86%	49%
错误348561	ERX321411型	ERP003988号	萨摩亚2201372	149,027,648	35%	30%
错误348578	ERX321412型	ERP003988号	萨摩亚2201373	140,649,200	73%	39%
错误348567	ERX321413型	ERP003988号	萨摩亚2201374	118,393,902	69%	28%
错误348576	ERX321414型	ERP003988号	萨摩亚2201375	280,799,132	71%	21%
错误348574	ERX321415型	ERP003988号	萨摩亚2201376	311,462,148	72%	29%
ERR348570（错误348570）	ERX321416型	ERP003988号	萨摩亚2201377	188,549,958	79%	19%
错误348573	二x321417	电话003988	萨摩亚2201378	110,458,976	70%	25%
错误348569	ERX321418型	ERP003988号	萨摩亚2201379	127,645,672	63%	32%
错误348585	ERX321419型	ERP003988号	萨摩亚2201380	130,304,446	62%	21%
错误348563	ERX321420型	ERP003988号	萨摩亚2201381	152,499,716	78%	20%
错误348583	ERX321421型	ERP003988号	萨摩亚2201382	120,312,206	69%	31%
错误348577	ERX321422型	ERP003988号	萨摩亚2201383	226,320,328	77%	20%
ERR652853（错误652853）	ERX609202型	ERP007205号	萨摩亚2812691	31,262,328	87%	27%
ERR652848（错误652848）	电话x609203	erp0007205	相同2812692	28,221,016	81%	28%
ERR652852（错误652852）	ERX609204型	ERP007205号	萨摩亚2812693	27,087,284	83%	25%
ERR652851（错误652851）	ERX609205型	ERP007205号	萨摩亚2812694	34,097,602	80%	28%
ERR652850（错误652850）	ERX609206型	ERP007205号	萨摩亚2812695	37,317,268	86%	27%
ERR652849（错误652849）	ERX609207型	ERP007205号	萨摩亚2812696	33,666,450	88%	28%
ERR664972（错误664972）	ERX620930型	ERP008593号	萨摩亚3109050	75,174,726	85%	28%
错误664974	ERX620931型	ERP008593号	萨摩亚3109051	149,656,536	85%	25%
ERR664975（错误664975）	ERX620932型	ERP008593号	萨摩亚3109052	129134996年	77%	26%
错误664973	ERX620933型	ERP008593号	萨摩亚3109053	94,156,104	85%	31%
斯里兰卡卢比000635	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	1,004	79%	14%
SRR000636号文件	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	277,663	79%	13%
SRR000638号	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	3,813	79%	11%
SRR000643号文件	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	268,445	79%	13%
SRR000644号文件	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	3,631	77%	10%
SRR000646号文件	SRX000119号	SRP000097号	SAMN00000795号	3,208	78%	12%
SRR000637号文件	srx00120编号	斯里兰卡卢比00097	萨摩亚00000795	174,785	82%	23%
SRR000639号文件	SRX000120型	SRP000097号	SAMN00000795号	5,621	82%	24%
SRR000640型	SRX000120型	SRP000097号	SAMN00000795号	1,508	83%	22%
SRR000641号机组	SRX000120型	SRP000097号	SAMN00000795号	166,361	82%	23%
SRR000642号文件	SRX000120型	SRP000097号	SAMN00000795号	2,996	83%	23%
斯里兰卡卢比000645	SRX000120型	SRP000097号	SAMN00000795号	4,364	82%	25%
1264528斯里兰卡卢比	SRX528281型	SRP041478号	SAMN02738215号	189,244,660	86%	14%
1265109斯里兰卡卢比	SRX528834型	SRP041478型	样本02738216	120570422个	84%	20%
SRR1265122号	SRX528843型	SRP041478号	SAMN02738217号	106,499,126	85%	22%
1265901斯里兰卡卢比	SRX529337型	SRP041478号	SAMN02738218号	146,181,954	88%	24%
1265914斯里兰卡卢比	SRX529339型	SRP041478号	SAMN02738219	148,599,532	88%	20%
1265943斯里兰卡卢比	SRX529353型	SRP041478号	SAMN02738220号	106,842,912	88%	20%
1265944斯里兰卡卢比	SRX529354型	SRP041478号	SAMN02738221号	143,622,554	87%	25%
1265945斯里兰卡卢比	SRX529355型	SRP041478号	SAMN02738222	145,335,050	87%	25%
1265946斯里兰卡卢比	SRX529356型	SRP041478号	SAMN02738223号	118,280,422	87%	25%
265950斯里兰卡卢比	SRX529360型	SRP041478型	SAMN02738224	156,832,008	88%	18%
1265951斯里兰卡卢比	SRX529361型	SRP041478号	SAMN02738225号	150,783,768	87%	18%
1265952斯里兰卡卢比	SRX529362型	SRP041478号	SAMN02738226号	152,273,494	87%	18%
1265947斯里兰卡卢比	SRX529357型	SRP041478号	SAMN02738227号	142,016,780	87%	22%
1265948斯里兰卡卢比	SRX529358型	SRP041478号	SAMN02738228号	113,006,108	87%	20%
1265949斯里兰卡卢比	SRX529359型	SRP041478号	SAMN02738229	146,813,926	87%	21%
SRR1539839号	SRX672734型	SRP045382号	SAMN02979340标准	4,239,440	53%	31%
1539840斯里兰卡卢比	SRX672735型	SRP045382型	样本02979341	4117852人	55%	35%
1539841斯里兰卡卢比	SRX672736型	SRP045382号	SAMN02979342号	4,175,736	53%	34%
1539842斯里兰卡卢比	SRX672737型	SRP045382号	SAMN02979343号	3,974,614	51%	32%
1539843斯里兰卡卢比	SRX672738型	SRP045382号	SAMN02979344号	3,952,612	53%	33%
1539844斯里兰卡卢比	SRX672739型	SRP045382号	SAMN02979345号	3,664,098	54%	31%
SRR1811311号文件	SRX883927型	SRP055179号	SAMN03354467号	44,663,652	70%	21%
SRR1811308号文件	SRX883924型	SRP055179号	SAMN03354468号	54,154,882	68%	23%
SRR1811312号文件	SRX883928型	SRP055179号	萨摩亚03354469	45006550	66%	25%
2011年11月14日	SRX883930型	SRP055179号	SAMN03354470号	51,109,090	73%	27%
SRR1811315号文件	SRX883931型	SRP055179号	SAMN03354471号	71,913,524	67%	26%
SRR1811316号文件	SRX883932型	SRP055179号	SAMN03354472号	35,448,058	67%	24%
SRR1811313号文件	SRX883929型	SRP055179号	SAMN03354473号	69,894,218	65%	28%
SRR1811309号文件	SRX883925型	SRP055179号	SAMN03354474号	53,485,878	61%	27%
SRR1811310号	SRX883926型	SRP055179号	SAMN03354475号	52,833,620	70%	24%
1811327斯里兰卡卢比	SRX883943型	SRP055179号	SAMN03354476号	50,238,144	66%	26%
SRR1811334号	SRX883950型	SRP055179型	萨摩亚03354477	45,121,238	69%	26%
1811325斯里兰卡卢比	SRX883941型	SRP055179号	SAMN03354478号	39,952,866	64%	28%
SRR1811330号	SRX883946型	SRP055179号	SAMN03354479号	35,716,804	68%	29%
SRR1811335号	SRX883951型	SRP055179号	SAMN03354480号	41,247,648	67%	27%
SRR1811318号文件	SRX883934型	SRP055179号	SAMN03354481号	32,677,698	64%	27%
SRR1811317号文件	SRX883933型	SRP055179号	SAMN03354482号	35,397,996	66%	27%
1811326斯里兰卡卢比	SRX883942型	SRP055179号	SAMN03354483号	36,707,242	69%	28%
SRR1811332号文件	SRX883948型	SRP055179号	SAMN03354484号	37656128人	58%	27%
2011年11月13日	SRX883949型	SRP055179号	SAMN03354485号	35,668,880	63%	27%
SRR1811331号文件	SRX883947型	SRP055179号	SAMN03354486号	32,928,054	65%	28%
1811322斯里兰卡卢比	SRX883938型	SRP055179号	SAMN03354487号	36,897,880	72%	24%
1811328斯里兰卡卢比	SRX883944型	SRP055179号	SAMN03354488号	33,899,682	71%	27%
SRR1811321号	SRX883937型	SRP055179号	SAMN03354489号	31,626,138	66%	27%
SRR1811319号文件	SRX883935型	SRP055179号	SAMN03354490号	36,718,842	66%	26%
1811329斯里兰卡卢比	SRX883945型	SRP055179号	SAMN03354491号	36,146,676	69%	30%
1811324斯里兰卡卢比	SRX883940型	SRP055179型	萨摩亚03354492	36,693,854	69%	25%
1811320斯里兰卡卢比	SRX883936型	SRP055179号	SAMN03354493号	30,925,716	67%	25%
SRR1811323号	SRX883939型	SRP055179号	SAMN03354494号	35,855,366	68%	24%
1821183斯里兰卡卢比	SRX892810型	SRP055561号机组	SAMN03376183标准	80,258,102	71%	26%
1821184斯里兰卡卢比	SRX892811型	SRP055561号机组	SAMN03376184标准	86,305,796	68%	23%
1821185斯里兰卡卢比	SRX892812型	SRP055561号机组	SAMN03376185标准	101,028,434	71%	24%
1821186斯里兰卡卢比	SRX892813型	SRP055561号机组	SAMN03376186标准	81,602,282	60%	23%
1821188斯里兰卡卢比	SRX892814型	SRP055561号机组	萨摩亚03376187	88785322个	61%	24%
1821187斯里兰卡卢比	SRX892815型	SRP055561号机组	SAMN03376188标准	75,829,126	77%	26%
SRR2005776号	SRX1015852型	SRP057874号文件	SAMN03579563号	55,400,490	85%	28%
SRR2005777号	SRX1015853型	SRP057874号文件	SAMN03579564号	59,205,048	83%	27%
SRR2185589号	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	82%	37%
SRR2185590号	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	79%	36%
SRR2185591号文件	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	78%	36%
SRR2185592号文件	SRX1165467型	SRP062880型	萨摩亚04013381	800万	78%	36%
SRR2185593号文件	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	78%	36%
SRR2185594号	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	78%	36%
SRR2185595号	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	8,000,000	81%	37%
SRR2185596号文件	SRX1165467型	SRP062880型	SAMN04013381号	670,724	36%	33%
SRR2185597号文件	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	8,000,000	80%	36%
SRR2185598号	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	8,000,000	79%	36%
185599斯里兰卡卢比	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	8,000,000	79%	36%
2185600斯里兰卡卢比	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	8,000,000	79%	36%
SRR2185601号文件	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	8,000,000	79%	37%
SRR2185602号文件	SRX1165468型	SRP062880型	SAMN04013382号	7,368,088	78%	36%
SRR2185603号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	76%	37%
SRR2185604号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	74%	37%
SRR2185605号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	73%	37%
斯里兰卡卢比218606	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	73%	37%
SRR2185607号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	73%	37%
SRR2185608号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	8,000,000	74%	37%
SRR2185609号文件	SRX1165469型	SRP062880型	SAMN04013383号	2,901,084	67%	37%
SRR2185610号	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	76%	36%
SRR2185611号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	71%	36%
SRR2185612号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	76%	36%
185613斯里兰卡卢比	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	2,471,262	57%	35%
SRR2185614号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	74%	36%
SRR2185615号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	75%	36%
SRR2185616号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	71%	36%
SRR2185617号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	76%	36%
SRR2185618号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	71%	36%
SRR2185619号文件	SRX1165470型	SRP062880型	萨摩亚04013384	800万	76%	36%
SRR2185620号	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	71%	36%
SRR2185621号文件	SRX1165470型	SRP062880型	SAMN04013384号	8,000,000	75%	36%
SRR3740205号	SRX1895295型	SRP077758号文件	SAMN05341171号	151,314,258	83%	32%
5112923斯里兰卡卢比	SRX2425114型	SRP095160型	SAMN06143075号	24,414,056	72%	34%
5112924斯里兰卡卢比	SRX2425114型	SRP095160型	SAMN06143075号	24,120,516	72%	34%
5112921斯里兰卡卢比	SRX2425113型	SRP095160型	SAMN06143076号	36,405,130	71%	33%
5112922斯里兰卡卢比	SRX2425113型	SRP095160型	样本06143076	35,982,004	71%	33%
5112931斯里兰卡卢比	SRX2425118型	SRP095160型	SAMN06143077号	34,999,248	70%	34%
5112932斯里兰卡卢比	SRX2425118型	SRP095160型	SAMN06143077号	34,548,056	70%	34%
5112929斯里兰卡卢比	SRX2425117型	SRP095160型	SAMN06143078号	34,973,782	67%	33%
5112930斯里兰卡卢比	SRX2425117型	SRP095160型	SAMN06143078号	34,513,354	67%	33%
5112927斯里兰卡卢比	SRX2425116型	SRP095160型	SAMN06143079号	30,405,640	58%	33%
5112928斯里兰卡卢比	SRX2425116型	SRP095160型	SAMN06143079号	30,041,230	58%	33%
5112925斯里兰卡卢比	SRX2425115型	SRP095160型	样本06143080	15754220个	71%	34%
5112926斯里兰卡卢比	SRX2425115型	SRP095160型	SAMN06143080号	15,560,942	71%	34%
5119411斯里兰卡卢比	SRX2434693型	SRP095297号	SAMN06140852号	175,648,792	81%	33%
5119412斯里兰卡卢比	SRX2434694型	SRP095297号	SAMN06140853号	153,389,158	81%	39%
5119410斯里兰卡卢比	SRX2434692型	SRP095297号	SAMN06140854号	162,146,116	83%	34%
5119413斯里兰卡卢比	SRX2434695型	SRP095297号	SAMN06140855号	158,528,308	82%	39%
SRR6284199号	SRX3386313型	SRP124864号文件	SAMN08016552号	40,664,148	15%	42%
SRR6284198号	SRX3386312型	SRP124864号文件	SAMN08016553号	47362010年	14%	45%
斯里兰卡卢比6284197	SRX3386311型	SRP124864号文件	SAMN08016554号	49,530,088	17%	42%
SRR6284196号	SRX3386310型	SRP124864号文件	SAMN08016555号	46,996,798	42%	43%
SRR6284195号	SRX3386309型	SRP124864号文件	SAMN08016556号	53,546,936	39%	44%
SRR6284194号	SRX3386308型	SRP124864号文件	SAMN08016557号	45,849,362	41%	43%
SRR6284193号	SRX3386307型	SRP124864号文件	SAMN08016558号	38,018,334	74%	43%
SRR6284192号	SRX3386306型	SRP124864号文件	SAMN08016559号	37,479,300	75%	43%
SRR6284191号	SRX3386305型	SRP124864号文件	SAMN08016560号	38,934,814	73%	45%
斯里兰卡卢比6284190	SRX3386304型	SRP124864型	SAMN08016663号	48,413,434	82%	44%
SRR6284189号	SRX3386303型	SRP124864号文件	SAMN08016664号	46,740,100	83%	43%
SRR6284188号	SRX3386302型	SRP124864号文件	SAMN08016665号	44,523,570	82%	43%
SRR6284187号	SRX3386301型	SRP124864号文件	SAMN08016666号	48,588,828	83%	41%
6284186斯里兰卡卢比	SRX3386300型	SRP124864号文件	SAMN08016667号	49,375,266	82%	44%
SRR6284185号	SRX3386299型	SRP124864号文件	SAMN08016668号	49,023,726	82%	42%
SRR6284184号	SRX3386298型	SRP124864号文件	SAMN08016669号	35866470个	83%	41%
斯里兰卡卢比6284183	SRX3386297型	SRP124864号文件	SAMN08016670标准	49,919,738	82%	42%
SRR6284182号	SRX3386296型	SRP124864号文件	SAMN08016671号	54,883,560	82%	42%

蛋白质比对

来源	从中检索的序列数Entrez公司	ProSplign对齐的序列数（%）	传递给的序列数（%）格诺蒙	平均%身份	平均%覆盖率
Aves公司 GenBank（基因银行）	5,328	5,189 (97.39%)	5,189 (97.39%)	70.71%	82.57%
Aves公司已知RefSeq（NP_）	1,465	1,429 (97.54%)	1,429 (97.54%)	78.02%	86.34%
同类 GenBank（基因银行）	8,945	8,708 (97.35%)	8,708 (97.35%)	77.72%	88.31%
同类已知RefSeq（NP_）	6,453	6,406 (99.27%)	6,406 (99.27%)	82.22%	87.31%
智人已知RefSeq（NP_）	50,086	44,396 (88.64%)	44,396 (88.64%)	66.94%	72.77%

当前与以前的部件装配路线装配

当程序集在两轮注释之间更改时，当前和之前的注释使用当前的基因组比对相互映射集合到前一个集合，以便可以保留基因标识符。的成功重新映射在很大程度上取决于两个程序集版本与各自的匹配程度其他。

以下是一个程序集对另一个程序集中的覆盖率和平均覆盖率路线的标识。“第一次通过”路线是相互的最佳命中率，而“总”路线还包括“第二次通过”或非互惠最佳路线。对于有关装配-装配对齐过程的更多信息，请访问NCBI基因组重新定位服务第页.

第一次通过	总计
GRCg6a（当前）覆盖率：97.77%	GRCg6a（当前）覆盖率：98.38%
Gallus_Gallus-5.0（之前）覆盖率：84.70%	Gallus_Gallus-5.0（之前）覆盖率：93.04%
同一性百分比：99.86%	身份百分比：99.57%

当前和以前的比较注释

为这个版本（104）生成的注释是与上一版本（103）中的注释相比在两个版本中注释的每个程序集。当前和先前基因和转录本的得分根据外显子序列的重叠和外显子边界的匹配计算特征。根据这些分数对当前和以前的特征进行分类，无论它们是相互最佳匹配和属性变化（基因生物型、完整性等）。如果在两个版本之间更新了部件，当前版本和之前的组装用于匹配当前和之前的基因和转录特征在映射区域中。

下表以百分比形式总结了每个装配的基因集的变化当前注释版本中的基因数量，并提供指向表格格式和基因组工作台项目.

	GRCg6a（当前）至Gallus_Gallus-5.0（先前）
相同	16%
次要更改	56%
主要变化	11%
新建	14%
已弃用	24%
其他	2%
下载报告	表格的,基因组工作台

工具书类

参考序列：Pruitt KD、Brown GR、Hiatt SM、Thibaud-Nissen F、，Astashyn A、Ermolaeva O、Farrell CM、Hart J、Landrum MJ、McGarvey KM、Murphy MR、，O'Leary NA、Pujar S、Rajput B、Rangwala SH、Riddick LD、Shkeda A、Sun H、TamezP、 Tully RE、Wallin C、Webb D、Weber J、Wu W、Dicuccio M、Kitts P、Maglott DR、，Murphy TD、Ostell JM、。核酸研究2014,42（数据库问题）：D756-63
重复遮罩：Smit AFA、Hubley R、Green P.RepeatMasker Open-3.0。1996–2004.http://www.repeatmasker.org
窗口掩码：Morgulis A、Gertz EM、Schäffer AA、AgarwalaR。生物信息学2006,2:134-41
拆分（Splign）：Kapustin Y、Souvorov A、，塔图索娃T，利普曼D。生物学指导2008,三:20

参考序列

综合参考序列