提交HTG序列
基于FTP的HTG提交系统已退役
HTG提交系统创建于20多年前，用于快速处理为人类基因组项目测序的BAC克隆。随着测序技术多年来的进步，对存放和更新基于BAC的序列的专用管道的需求显著下降。此外，也不再需要对提交的HTG进行中心跟踪，因为自基于克隆的基因组测序工作完成以来，两组对同一克隆进行测序的可能性大幅下降。此外，NCBI还有其他提交系统，可以方便地沉积所有类型的基因组序列数据。不幸的是，我们不再能够维护旧的基于FTP的HTG提交系统，该系统已经退役。
您仍然可以向GenBank提交基于BAC的类似HTG的提交，但您应通过标准GenBank的提交路径提交fasta提交BankIt（在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub网站/)或通过电子邮件将ASN文件发送至gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。类似地，最初提交给旧HTG提交系统的记录更新现在将通过标准GenBank更新路径进行更新，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/update网站/.
HTG部门包含由高通量测序中心使用传统的基于克隆的Sanger测序.
使用非克隆全基因组鸟枪测序法测序的基因组草案不适用于HTG，应作为WGS提交如所述www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/wgs.html.
创建HTG记录有两种方法：
- BankIt银行https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub网站/我们的通用序列提交工具将接受HTG提交，只需进行一些简单的修改。您应该将单个BAC中的所有contig序列组装成单个序列。如果序列包含间隙，则通过在序列中插入一系列Ns来标记这些间隙。您还需要告诉我们序列是第一阶段还是第二阶段。第3阶段序列应完整，不包含任何间隙。阶段1不需要基因和编码区域注释，阶段2可选。对于阶段3，我们通常需要一些注释。
- 如果估计间隙长度，插入等效nnn数；
- 如果间隙长度未知，请插入100个nnn的字符串来表示间隙；
- 注释一个misc_feature，并包括一个适当的注释，告诉我们Ns代表什么，例如
- /注=“BAC克隆AGCD的第1阶段HTG和100 Ns的运行是未知长度的间隙”
- /注=“Ns表示估计长度的间隙，##碱基对”
- tbl2asn工具tbl2asn是一个命令行程序，用于读取FASTA序列文件（或具有Phrap序列质量值的Ace Contig文件）、提交模板文件（用于获取联系人和引文信息）和一系列命令行参数（用于获取其他信息）。tbl2asn然后生成ASN.1文件以供提交。tbl2asn可以合并到脚本中，以方便方便地处理记录。一旦你通过tbl2asn创建了你的asn.1文件，你就可以通过电子邮件发送给我们gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
