HTG常见问题
请将任何其他问题发送至htg-admin@ncbi.nlm.nih.gov,如果合适的话,我们会将其包括在内。
我的HTG提交应该是什么阶段?
如果HTG记录未完成,则应将其指定为阶段1或阶段2。阶段1表示包含间隙的未完成序列,其中工件的顺序和相对方向未知。第二阶段也是一个未完成的序列,但片段的顺序和方向是已知的,然而,这些片段之间的间隙长度可能未知。根据定义,只有一个工件的未完成序列是第2阶段。第三阶段提交的是一段连续的DNA成品质量。
不同的关键词是什么意思?
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HTGS_草稿
按草稿状态排序的克隆。平均而言,所有草案沉积的覆盖范围应至少为4倍(但也可以更大),且为第1阶段或第2阶段。
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HTGS_FULLTOP公司
一个HTGS_DRAFT克隆,其中完成了所有猎枪读取。此时,项目已准备好移交给完成者。在此阶段应进行沉积。请注意,精确覆盖范围因中心操作程序而异,但通常覆盖范围在6倍和10倍之间。这些项目几乎总是有序和定向的(第2阶段)。
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HTGS_刷新
在HTGS_FULLTOP阶段之后,克隆经历了两轮预处理(两次迭代计算确定低覆盖率/低质量区域,并添加定向测序读取,包括引物行走,覆盖这些区域,然后重新组装,以尝试提高连续性和质量)。
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HTGS_改进
HTGS_FULLTOP阶段之后,BAC的一个或多个区域达到成品质量时。
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HTGS_活动FIN
全速项目已移交给完成团队。通常,在达到HTGS_fulltop之后,这种情况会非常迅速地发生。
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HTGS_注册
通过包含BAC生成的读取和重叠的WGS读取,丰富了BAC程序集。
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HTGS_POOLED_MULITICLONE(HTGS_POOLED_多克隆)
该程序集包含来自多个BAC克隆读取的读取,这些读取尚未从池克隆数组中进行反褶积。关键字对阶段0、1和2 HTGS记录有效,但对阶段3无效。克隆名称必须存在于/clone限定符中,用分号分隔。
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HTGS_POOLED_克隆
该程序集由一个特定BAC克隆的读取组成,这些读取是从集合克隆数组中反褶积而来的;如果与HTGS_ENRICHED一起使用,则包含来自WGS序列的重叠读取。
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HTGS_取消
克隆的排序已停止,此克隆将无法完成。
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HTGS_LIMITED_订单
一种克隆,其中一些重叠群的顺序和方向是已知的,但不是所有的重叠群。这可以用于阶段1克隆。
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间隙_闭合
用于非HTG记录,其序列闭合HTG记录中的间隙
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PCR_校正
用于非HTG记录,即基因组DNA的PCR序列,用于纠正HTG或基因组组装的其他序列中的小错误。
我在哪里发送HTG更新?
HTG提交系统的现有用户可以继续通过HTG系统更新其记录,直至2021年1月。之后,应按照这些说明发送所有更新https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/update网站/.
所有其他用户也应遵循https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/update网站/.