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原核基因组注释示例

图1:FASTA格式序列样本

>contig001[生物体=大肠杆菌][菌株=HTE831]tagagcaaaaatagacattaatggcgcatacatacaaggaataataactgacatggatactacatcatcatgctattctactccatctctcttctactacatactatatcc[等]

图2:要素表格式

要素表文件的模拟示例包括:

请注意,文件中特征的相对顺序无关紧要,misc_feature和repeat_region特征没有对应的基因特征,因此没有locus_tag。

请参阅中此文件的平面文件视图图3.

>特征contig00163574 65173基因位置标记Ngs_1713163574 65173信用违约互换产品假想蛋白质蛋白质_id gnl|ncbi|Ngs_17131推断类似于DNA序列:INSD:AY123455.2102492 101261基因位置标签Ngs_3038基因ftsW102492 101261信用违约互换产品翻转酶蛋白质_id gnl|ncbi|Ngs_3038112616>113646基因位置_标签Ngs_2945112616>112646信用违约互换产物双功能亚甲基四氢叶酸脱氢酶/亚甲基四氢叶酸环水解酶EC编号1.5.1.5EC_编号3.5.4.9实验Western印迹蛋白质_id gnl|ncbi|Ngs_2945101 180基因位置标签Ngs_1011基因trnL101 180 tRNA产品Leu45111 45190基因位置标签Ngs_1011245111 45190 tRNA产品Xxx2103 400基因位置标记Ngs_112322103 400 rRNA产品16S核糖体RNA60101 60567错误特性与ABC运输车类似的注释43027 43136重复区域移动元素转座子:Tn22

图3:GenBank平面文件

这是从.fsa文件生成的.sqn文件的平面文件视图的一部分(图1)和.tbl文件(图2).

来源1..116100/有机体=“大肠杆菌”/mol_type=“基因组DNA”/应变=“HTE831”/db_xref=“分类单元:562”基因101..180/基因=“trnL”/locus_tag=“Ngs_1011”tRNA 101..180/基因=“trnL”/locus_tag=“Ngs_1011”/product=“tRNA-Leu”基因补体(400..2103)/locus_tag=“Ngs_11232”rRNA补体(400..2103)/locus_tag=“Ngs_11232”/product=“16S核糖体RNA”重复区域43027..43136/mobile_element=“转座子:Tn22”基因45111..45190/locus_tag=“Ngs_10112”/伪tRNA 45111..45190/locus_tag=“Ngs_10112”/product=“tRNA-OTHER”/伪重复区域56408..56558/mobile_element=“转座子:Tn22”错误特性60101..60567/注=“类似于ABC运输公司”基因63574..65173/locus_tag=“Ngs_17131”CDS 63574..65173/locus_tag=“Ngs_17131”/推断=“类似于DNA序列:INSD:AY123455.2”/codon_start=1/产品=“假设蛋白质”/translation=“MQSTQSKSKSDRSMHRGPLLLCAVMVVLVTLPEQINARMAFEKLTDFDFPGNTYYSVKNLSLYECQGWCREEADCQAAFSFVVNPLSPSQETHCQLQNDSSA公司ANPSAAPQRS ANMYYMIKLQLRSENVCHRPWSFERVPNKVIRGLDNALIYTSTKEACL公司SACLNERRFVCRSVEYDYNNMKCVLSDSDRDRSSGQFQLVDAQGTDYFENLCLKPAQA公司cknnrsfgnsqkmgvseekvaqyvvglhyytdkelqvtsesaclaceieseflcrsfl公司ALAVTCALMILLYISTLFCYYMKWMQPHKIVA“基因补体(101261..102492)/基因=“ftsW”/locus_tag=“Ngs_3038”CDS补体(101261..102492)/基因=“tpnI”/locus_tag=“Ngs_3038”/codon_start=1/product=“翻转酶”/translation=“MRMRGRRLLPIILSLLLIVLLSLCYFSNHLRDSSQSQSRKNGFLLHLPLETKRNPSNPNPNTPLSNLTDFHYLLASNVCRKAKRELLAVLIVSYAGHDALRS公司AHRQAIPQSKLEEMGLRRRVFLLAALPSREHFISQDQLASEQNRFGDLLQGNFIEDYRN公司LSYKHVMGLKWVSEECKKQAKFIIKLDDIIYDVFHLRRYLETLEVREPGLATSTLL公司SGYVLDAKPPIRLRANKWYVSKKEYPGALYPAYLSGWLYVTNVPTAERIVAEAEARMSF公司FWIDDTWLTGVVRTRGLIPLERHNDWFSANAEFIDCCVRDLKHKHNYECEYSVGPNGGD公司DRLLVEFLHNVEKCYFDECVKRPVGKSLKETCLAAAKSRPPKHGFPEIKALRLR“基因112616..113646/locus_tag=“Ngs_2945”CDS 112616..113646/locus_tag=“Ngs_2945”/EC_number=“3.5.4.9”/EC_number=“1.5.1.5”/实验=“Western blot”/密码启动=1/product=“双功能亚甲基四氢叶酸脱氢酶/亚甲基四氢叶酸环水解酶”/translation=“MESITFGVLTISDTCWQEPEKDTSGPILRQLIGETFANTQVIGNIVPDEKDIIQELRKWIDREELRVILTTGFAPRDVTPEATRQLLEKECPQLSMYI公司TLESIKQTQYAALSRGLCGIAGNTLILNLPGSEKAVKECFQTISALLPHAVHLIGDV公司SLVRKTHAEVQGSAQKSHICPHKTGTGTDDSDRNSPYPMLPVQEVLSIIIFNTVQKTANL公司NKILLEMNAPVNIPPFRASIKDGYAMKSTGSGTKRVLGCIAAGDSPNSLPLAEDECY公司启动应用程序RIFPALDPSPVVVKSLLASVGNRLILSKPKVAIVSTGSELCSPRNQLTPGKIFDSNTT公司MLTELLVYFGFNCMCHTCVLSDSFQRTKESLLELFEVVDFVICSGGVSMGDKDFVKSVL公司EDLQFRIHCGRVNIKPGKPMTFASRKDKYFFGLPGNPVSAFVTFHLFALPAIRFAAGW公司DRCKCSLSVLNVKLNLNDFSLDSRPREFVRASVISKSGELYASVNGNQISSRLQSIVGAD图纸VLINLPARTSDRPLAKAGEIFFASVLRFDFISKYE“起源1 tagagcaaaatagacatt ttaatggcc taatcataca aggagaat aataacatg61加拿大海关总署[等]

上次更新时间:2019-01-22T22:40:35Z