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Sscrofa11.1系列

描述：
来自WTSI_X_Y_pig V2的带有Y序列的Sscrofa11
生物体名称：
Sus scrofa（猪）
具体名称：
品种：杜洛克
隔离：
TJ塔巴斯科
性别：
女性的
生物样品：
SAMN02953785号
生物项目：
项目编号13421
提交人：
猪基因组测序协会（SGSC）
日期：
2017/02/07
同义词：
susScr11
装配级别：
染色体
基因组表示：
满的
RefSeq类别：
代表性基因组
GenBank组件加入：
GCA_ 000003025.6（最新）
RefSeq程序集加入：
GCF_ 000003025.6（最新）
RefSeq组件和GenBank组件相同：
没有(隐藏详细信息)
  • 仅在RefSeq:染色体MT中
  • 为RefSeq版本显示的数据
WGS项目：
AEMK02型
装配方法：
Falcon诉2015年10月
预期最终版本：
对
基因组覆盖率：
65.0倍
测序技术：
PacBio公司

标识：1004191【UID】4121818[基因银行]4192498[参考序列]

请参见基因组有关的信息苏斯克罗法

病原体检测资源

这个有机体有34个组件

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历史（显示修订历史）

注释

该猪基因组序列（Sscrofa11）由国际猪基因组测序协会根据多伦多声明（Nature 2009，461:168）的条款发布。该联盟正在协调全基因组分析、注释和出版。序列数据来自...该组装体主要由全基因组鸟枪式（WGS）太平洋生物科学公司（Pacific Biosciences RSII，P6/C4化学）的65倍基因组覆盖率组成。Illumina HiSeq2500 WGS配对-end和配对读取用于使用PILON进行最终错误纠正。使用来自几个CHORI-242 BAC克隆的Sanger和Oxford Nanopore序列数据来填补空白。所有WGS数据均来自一只杜洛克雌性（TJ Tabasco，也称为杜洛克2-14），这也是CHORI-BAC文库的DNA来源。Sscrofa11取代了之前的组装，即Sscrofa10.2，该组装基本上是从相同的杜洛克2-14 DNA来源建立的。 更多

全球统计

具有替代位点或斑块的区域数2
序列总长度2,501,912,388
总未映射长度2,472,047,747
脚手架之间的间隙93
脚手架数量706
脚手架N5088,231,837
脚手架L509
连续数1,118
康蒂格N5048,231,277
连续L5015
染色体和质粒总数21
组件序列数（WGS或克隆）1,308

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装配单元名称
主要组件
非核武器

区域

姓名位置
标准十： 1029482-6405430
标准Y： 200470-4791971年
装配单元：初级装配（GCF_000000215.6）
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM000812.5型=NC_010443.5号0
染色体2厘米000813.5=NC_010444.4号0
3号染色体CM000814.5型=NC_010445.4号0
染色体4CM000815.5号=NC_010446.5号0
染色体5CM000816.5型=NC_010447.5号0
染色体6CM000817.5号=NC_010448.4号0
7号染色体CM000818.5型=新代码_010449.50
第8号染色体CM000819.5号=NC_010450.4号0
9号染色体CM000820.5型=NC_010451.4号0
第10号染色体厘米000821.5=NC_010452.4号0
11号染色体CM000822.5型=NC_010453.5号0
12号染色体CM000823.5型=NC_010454.4号0
13号染色体CM000824.5型=NC_010455.5号0
第14号染色体CM000825.5号=NC_010456.5号0
第15号染色体CM000826.5型=NC_010457.5号0
16号染色体CM000827.5号=NC_010458.4号0
17号染色体CM000828.5号机组=NC_010459.5号0
18号染色体CM000829.5号=NC_010460.4号0
X染色体CM000830.5号=NC_010461.5号0
染色体YLT634572.1号=NC_010462.3号9
未放置的不适用不适用不适用583

程序集统计

分子序列角色总计
长度		脚手架
计数		无间隙
长度		脚手架
50新元		跨越（Spanned）
差距		未平移
差距
全部组装分子2,501,895,7757052,472,031,13488,231,83741393
染色体1组装分子274,330,5321274,330,132274,330,53240
染色体2组装分子151,935,994三151,800,67010139361842
3号染色体组装分子132,848,9135132,648,51389,221,08344
染色体4组装分子130,910,9151130,870,669130,910,915三0
染色体5组装分子104,526,0074104,375,10764,647,4449三
6号染色体组装分子170,843,5874170,419,461107,611,6447三
7号染色体组装分子121,844,099三121743199年74,672,20292
第8号染色体组装分子138,966,237三138,865,93784,310,843三2
9号染色体组装分子139,512,0831139,511,883139,512,08320
第10号染色体组装分子69,359,45326925733344,332,88921
11号染色体组装分子79,169,978279,119,67843,299,273三1
12号染色体组装分子61,602,749161,500,12861,602,749三0
13号染色体组装分子208,334,5901208,234,567208334590个100
第14号染色体组装分子141,755,4461141,755,246141,755,44620
第15号染色体组装分子140412725个2140,362,52588,231,83721
16号染色体组装分子79,944,280179,944,28079,944,28000
17号染色体组装分子63,494,081463,343,68148,466,2814三
18号染色体组装分子55,982,97115598297155,982,97100
X染色体组装分子125,939,595三125,778,90165,063,12082
染色体Y全部组装分子未定位脚手架45,127,33043,547,8281,579,5027970917,132,04315,568,3411,563,70212044924个12,044,924438,7693343231169690
未放置的组装分子65,054,21058365,054,210250,08100
分子总计
长度
线粒体MT16613年
地区
姓名		位置脚手架
计数		总计
长度		无间隙
长度		脚手架
50新元		跨越（Spanned）
差距