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GRCg6a类

描述:
基因组参考联盟鸡构建6a
生物体名称:
五倍子(鸡)
具体名称:
品种:红丛林鸡
隔离:
RJF#256型
性别:
女性的
生物样品:
SAMN02981218号
生物项目:
项目编号13342
提交人:
基因组参考联盟
日期:
2018/03/27
同义词:
镀锌6
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
从RefSeq中排除:
  • 被更新的物种集合所取代
GenBank组件加入:
GCA_ 000002315.5(最新)
RefSeq程序集加入:
GCF_ 000002315.5(抑制)请参阅此物种的最新RefSeq程序集
RefSeq组件和GenBank组件相同:
没有(隐藏详细信息)
  • 仅在参考序列中:染色体MT
  • 为GenBank版本显示的数据
WGS项目:
澳大利亚DN05
装配方法:
FALCON整合v.1.7.5
基因组覆盖率:
82倍
测序技术:
太平洋生物科学RSII(P6-C4和P5-C3化学)

标识:1668981【UID】6347868[基因银行]6367748[参考序号]

请参见基因组有关的信息五倍子

这个有机体有39个组合体

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历史(显示修订历史)

注释

目前的红原鸡(Gallus Gallus)基因组组合GRCg6a是用单分子实时(SMRT)测序技术测序和组装的,测序深度约为80倍。同一个DNA参考源,一个名为“RJF#256”的女性...在Pacific Biosciences RSII仪器上对一个近交系(UCD 001)进行测序(P6和P5化学读数的相对等分),所有读数都用FALCON汇编程序进行组装。为了认识到需要改进染色体的组装邻接性和表达,我们生成了一个高染色质接近图,以帮助组装序列的顺序和方向。改进后的染色体序列的创建过程与Gallus_Gallus-5.0版本的创建过程类似。为了避免在从Gallus_Gallus-5.0到GRCg6a的转换过程中丢失序列,将在前一组中发现的完成的RJF BAC克隆并入最终染色体序列中,在适当的情况下替换潜在的WGS连接。有关详细信息,请参阅:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/chicken。美国农业部、美国国家人类基因组研究所(NHGRI)、美国国家卫生研究院(NIH)和科布·范特斯(Cobb Vantresh)为鸡基因组序列表征提供了资金。GRCg6a与早期GRCg6版本的不同之处在于消除了四个冗余的未缩放脚手架。 更多

全球统计数据

序列总长度1,065,348,650
总未映射长度1,055,564,190
脚手架之间的间隙68
脚手架数量524
脚手架N5020,785,086
脚手架L5012
连续数1,402
康蒂格N5017,655,422
轮廓L5019
染色体和质粒总数34
组件序列数(WGS或克隆)2,243

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装配单元名称
主要组件
装配单元:初级装配(GCA_000000185.5)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM000093.5号=网络中心_006088.57
染色体2CM000094.5号=NC_006089.5号0
染色体3CM000095.5号=NC_006090.5号4
染色体4CM000096.5号=NC_006091.5号0
染色体5CM000097.5号=NC_006092.5号0
染色体6CM000098.5号=NC_006093.5号6
7号染色体厘米000099.5=NC_006094.5号0
第8号染色体CM000100.5元=NC_006095.5号0
9号染色体CM000101.5号=NC_006096.5型1
10号染色体CM000102.5号=NC_006097.5号0
11号染色体CM000103.5号=NC_006098.5号0
12号染色体CM000104.5型=NC_006099.5号0
13号染色体CM000105.5型=NC_006100.5号1
第14号染色体CM000106.5型=NC_006101.5号1
第15号染色体CM000107.5号=NC_006102.5号1
16号染色体CM000108.5号=NC_006103.5号1
17号染色体CM000109.5型=NC_006104.5号0
18号染色体CM000110.5号=NC_006105.5号0
第19号染色体CM000111.5号=NC_006106.5号1
20号染色体CM000112.5号=网络中心_006107.50
21号染色体CM000113.5号=NC_006108.5号0
22号染色体CM000114.5号=NC_006109.5号1
23号染色体CM000115.5号=NC_006110.5号6
24号染色体CM000116.5号=NC_006111.5号0
25号染色体CM000124.5号=NC_006112.4号1
26号染色体CM000117.5号=NC_006113.5号0
第27号染色体CM000118.5号=NC_006114.5号0
第28号染色体CM000119.5号=网络中心_006115.51
染色体30CM003637.2型=NC_028739.2号0
31号染色体CM003638.2号=NC_028740.2号
32号染色体CM000120.4号=NC_006119.4号0
33号染色体CM000123.5号=NC_008465.4号1
染色体W厘米000121.5=NC_006126.5号52
染色体ZCM000122.5号=NC_006127.5号1
未放置的不适用不适用不适用340

程序集统计

分子序列角色总计
长度
脚手架
计数
无间隙
长度
脚手架
50新元
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
全部组装分子1,065,348,6505241,055,564,19020,785,08687868
染色体1全部组装分子未定位脚手架197,677,740197,608,38669,35424177197,166,990197,097,63669,35426,445,46126,445,4612015年106106016160
染色体2组装分子149,682,049149,178,23977,922,350382
染色体3全部组装分子未定位脚手架110,854,228110,838,41815,810844110,352,808110,336,99815,81088,985,37088,985,3706272个141400
染色体4组装分子91,315,245290,814,34572,053,44191
染色体5组装分子5980909859,308,18842,721,69692
染色体6全部组装分子未定位脚手架36,428,95736,374,70154,25682635,925,74735,871,49154,25620,451,86220,451,86210,92832320220
7号染色体组装分子36,742,308236241908年28,910,77541
第8号染色体组装分子30,219,446229,717,14620,392,703231
9号染色体全部组装分子未定位脚手架24,181,04924,153,08627,9632123,680,53923652576个27,96323,063,78123,063,78127,963550220
10号染色体组装分子21,119,840120618240年20,619,840161
11号染色体组装分子20,200,042219,699,34216,969,29871
12号染色体组装分子20,387,278120,385,97820,387,278130
13号染色体全部组装分子未定位脚手架19,168,87119,166,7142,15721118,666,07118663914年2,15718,666,71418,666,7142,15728280110
第14号染色体全部组装分子未定位脚手架16,220,07316,219,3087652115,718,57315,717,80876515,478,99815,478,99876515150110
第15号染色体全部组装分子未定位支架13,064,21813,062,1842,03421113,062,51813,060,4842,03413062184个13,062,1842,03417170000
16号染色体全部组装分子未定位脚手架2,994,1042,844,601149,503412,491,6842,342,281149,4031,519,6991,519,699149,503242310
17号染色体组装分子10762512人110,262,41210,262,51211
18号染色体组装分子11,373,140111,371,44011,373,140170
第19号染色体全部组装分子未定位脚手架10,324,34310,323,2121,13121110,323,24310322112个1,13110,323,21210,323,2121,13111110000
20号染色体组装分子13,897,287113,897,28713897287个00
21号染色体组装分子6,844,97916,844,9796,844,97900
22号染色体全部组装分子未定位脚手架5,460,3805,459,462918414,959,4704,958,5529183,070,9963,070,996918990220
23号染色体全部组装分子未定位支架6,202,9106,149,58053,3307166,201,8106,148,48053,3306,149,5806,149,58016,15711110000
24号染色体组装分子6,491,22216,490,922第6491222页0
25号染色体全部组装分子未定位脚手架3,982,4943,980,6101,8849813478634个3,476,7501,884576,389576,3891,88438380770
26号染色体组装分子6,055,71015,555,3105,555,71041
第27号染色体组装分子8,080,43228,076,2228,008,924421
第28号染色体全部组装分子未定位脚手架5,118,4015,116,8821519年2115,118,2015,116,6821519年5,116,8825,116,8821519年220000
染色体30组装分子1,818,52551,815,385379,495314
31号染色体全部组装分子未定位脚手架6,185,1606,153,03432,126416,178,1606,146,03432126个6,153,0346,153,03411,30570700000
32号染色体组装分子725,831725,311408,42352
33号染色体全部组装分子未定位脚手架7,821,8487,821,6661826517,815,2087,815,0261821,769,4461769446年18266660440
染色体W全部组装分子未定位脚手架7,488,0536,813,114674,939531527,246,5206,571,581674,9396,813,1146,813,11416,32024240000
染色体Z全部组装分子未定位脚手架82,545,50882,529,92115,5871110182,087,99182,072,40415587个11,090,20511,090,20515,587440990
未放置的组装分子14,105,36934014,087,3691,222,1951800