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注释

之前的红原鸡（Gallus Gallus）基因组组装，版本为Gallus_Gallus-4.0，通过各种测序技术进行测序和组装，包括Sanger、Illumina和454。认识到序列组装改进的必要性，我们对其进行了排序...DNA参考源是一种雌性，名为“RJF#256”，来自太平洋生物科学RSII仪器上的一个近交系（UCD001），约为基因组覆盖率的70倍（P4和P5化学读数相对相等），并使用MHAP/PbCR算法组装所有读数。新染色体序列的创建以类似于原始版本所述的方式进行（国际鸡基因组测序联盟，Nature 2004），但受益于更长的读取长度、改进的组装方法和额外物理图谱的可用性（见署名）。为了避免从Gallus_ Gallus-4.0到Gallus_ Gallus-5.0的转换过程中的序列丢失，我们使用图形一致方法将每个集合合并为一个集合（Yao等人，2011年。生物信息学）。此外，在适当的情况下，将完成的RJF BAC克隆并入最终的染色体序列中，取代潜在的WGS连接。这个新的草图组装（Gallus_Gallus-5.0）是作为美国农业部批准的序列组装改进计划的一部分生成的，该计划适用于所有主要基因组浏览器上提供的现有草图组装（Gallus_Gallus-4.0）。麦克唐纳基因组研究所（McDonnell Genome Institute）正在进行的序列改进工作将继续在Gallus_Gallus-5.0版本上进行，以备将来更新。有关Gallus_Gallus-5.0组装的问题，请访问我们现有的鸡基因组网页，并联系鸡的指定人员。美国农业部、美国国家人类基因组研究所（NHGRI）、美国国家卫生研究院（NIH）和科布·范特斯（Cobb Vantresh）为鸡基因组序列表征提供了资金。1.21 Gb基因组Gallus_Gallus-5.0包括分配给常染色体1-28和30-33的序列，一个额外的连锁群，以及性染色体W（已完成的BAC和从头连接的组合）和Z。通过手动组装已测序的BAC创建了一条已完成的Z染色体，只剩下几个空白（见Credits）。剩余的未锚定连续梁已组装到名为“chrUn_Scaffold*”的未放置脚手架中。所有未知间隙大小都已设置为100 bp。总装配N50连接和脚手架长度分别为2.6Mb（n=116）和6.4Mb（n=47）。尽管Gallus_Gallus-5.0中显示了着丝粒位置，但对其确切序列知之甚少。根据先前版本中用于定位这些结构的信息，对18条染色体的着丝粒进行了初步定位，包括使用BAC克隆进行FISH杂交、与物理图中的定位缺口协调位于着丝粒两侧的遗传标记、重复序列内容、，有丝分裂中期染色体收缩的邻近性分析。在没有任何证据表明其真实长度的情况下，大染色体着丝粒大小被任意指定为1.5 Mb，而微染色体的着丝粒长度被指定为0.5 Mb。AGP生成详细信息：为了创建染色体序列，将所有四个图谱（共有遗传图谱、东兰辛遗传图谱、物理图谱和辐射杂交图谱）与WGS装配数据相结合。通过序列比较，将标记序列分配给WGS集合中的连续体（DNA的连续延伸）。基于这些标记分配，根据多数规则（>50%的标记分配给同一染色体）将超级密码（通过读取配对数据链接的有序/定向连接字集）分配给染色体。超克隆最初是根据其中间标记位置沿染色体定位的，最初是根据超克隆上的相对标记顺序定位的。物理图还通过使用BAC末端序列链接和在组装的电子摘要中链接到序列组装，以创建“超连续”有序/定向的“超连续序列”列表。在这些初始放置之后，尽可能使用WGS组件读取配对数据来帮助定位和确认顺序。人工审查了各种地图之间的所有差异，并在核对所有四张地图的数据的基础上建立了超级/超控制组合顺序。在可能的情况下，还使用了与所有可用Gallus Gallus mRNA的比对来定义顺序和方向。完成的五倍子RJF克隆的序列也被纳入最终的AGP文件中。还检查了与人类基因组的比对，并将其用作定位的辅助手段，特别是当可用的鸡标记数据不确定时。信用：测序-圣路易斯华盛顿大学医学院麦克唐纳基因组研究所。装配、装配/地图集成、黄金大道创建——拉迪娜·希利尔、查德·汤姆林森、帕特·明克斯、韦斯利·瓦 更多

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