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雷诺_6.0

生物体名称:
褐家鼠(挪威鼠)
具体名称:
菌株:混合
性别:
男女混血
生物样品:
SAMN02808228号
生物项目:
PRJNA10629项目
提交人:
大鼠基因组测序联盟
日期:
2014/07/01
同义词:
rn6型
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
从RefSeq中排除:
  • 被新的物种组装所取代
GenBank组件加入:
GCA_ 000001895.4(最新)
RefSeq程序集加入:
GCF_ 000001895.5(抑制)请参阅此物种的最新RefSeq程序集
RefSeq组件和GenBank组件相同:
WGS项目:
AABR07型
装配方法:
Atlas Assembly套件v.2.0;CLCbio v.1.0;天鹅绒1.0版;PBjell v.2.0版
基因组覆盖率:
3倍BAC;6倍WGS ABI Sanger读数;10.0倍PacBio
测序技术:
桑格;SOLiD公司;PacBio公司

标识:191871【UID】1156538[GenBank]1174938[参考序列]

请参见基因组有关的信息褐家鼠

这个有机体有14个组件

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历史(显示修订历史)

注释

全球统计

序列总长度2,870,184,193
总未映射长度2,729,985,504
脚手架之间的间隙440
脚手架数量1,395
脚手架N5014,986,627
脚手架L5065
连续数75697
康蒂格N50100,461
轮廓L507,356
染色体和质粒总数23
组件序列数(WGS或克隆)75,996

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装配单元名称
主要组件
非核武器
装配单元:初级装配(GCA_000000225.4)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM000072.5号=NC_005100.4号29
染色体2CM000073.5号=NC_005101.4号23
染色体3CM000074.5=NC_005102.4号24
4号染色体厘米000075.5=NC_005103.4号16
染色体5CM000076.5号=NC_005104.4号19
染色体6CM000077.5=NC_005105.4号11
7号染色体CM000078.5号=NC_005106.4号24
第8号染色体CM000079.5=网络中心_005107.411
9号染色体CM000080.5号=NC_005108.4号7
第10号染色体CM000081.5号=NC_005109.4号14
11号染色体CM000082.5号=NC_005110.4号16
12号染色体CM000083.5号=NC_005111.4号12
13号染色体厘米000084.5=NC_005112.4号12
第14号染色体CM000085.5号=NC_005113.4号10
第15号染色体CM000086.5号=NC_005114.4号14
16号染色体CM000087.5号=NC_005115.4号12
17号染色体CM000088.5=NC_005116.4号14
18号染色体CM000089.5=NC_005117.4号10
第19号染色体CM000090.5号=NC_005118.4号
20号染色体CM000091.5号=NC_005119.4号10
X染色体CM000092.5号=NC_005120.4号35
Y染色体CM002824.1号=新冠_024475.128
未放置的不适用不适用不适用578

程序集统计

分子序列角色总计
长度
脚手架
计数
无间隙
长度
脚手架
50新元
有跨度的
差距
未平移
差距
全部组装分子2,870,167,8801,3942,729,969,19114,986,62774,302440
染色体1全部组装分子未定位脚手架283,162,565282763074399,491875829268,374,195268,062,321311,87412,804,86812,804,86828,7067,795第7723页7257570
染色体2全部组装分子未定位脚手架266,967,186266,435,125532,061694623252,584,942252,237,699347,24316,349,51616,349,51634,4587,2147,09312145450
染色体3全部组装分子未定位脚手架178,056,123177,699,992356,131674324170,584,107170,398,833185,27415,033,30115,033,30133,2614,1434,0727142420
4号染色体全部组装分子未定位脚手架184892634人184,226,339666,295442816177,472,550177,004,499468,05115,975,40715,975,40766,1943965个3,8877827270
染色体5全部组装分子未定位脚手架174,080,562173,707,219373,343452619166,268,739166,064,745203,99413,416,65013416650个40,6514,2904,2197125250
染色体6全部组装分子未定位脚手架148,151,510147,991,367160,143352411141,941,931141,825,688116,24315,961,31315,961,31316,3183,4803,4512923230
7号染色体全部组装分子未定位脚手架146,118,970145,729,302389,668411724139,044,652138,795,176249,47614154600人14,154,60026,3214,1834,0849916160
第8号染色体全部组装分子未定位脚手架133,521,117133,307,652213,465372611128,671,332128,533,652137680个15,957,00815,957,00836,7893,1923,1276525250
9号染色体全部组装分子未定位脚手架122,305,777122,095,297210,48026197116,900,579116788919111,66014,689,58414,689,58448,6382,9922,9583418180
第10号染色体全部组装分子未定位脚手架112,836,900112,626,471210,429311714109,710,852109,586,475124,37714,881,23814,881,23826,0632,5642,5224216160
11号染色体全部组装分子未定位脚手架90,703,39990,463,843239,5562591687335734个87,217,074118,66018,269,90518,269,90524,5371,9791,94138880
12号染色体全部组装分子未定位脚手架52,832,33752,716,770115,56725131249899045美元49,824,53174,51410,800,63210,800,63214,8851,9601,9293112120
13号染色体全部组装分子未定位脚手架114,277,773114,033,958243815352312108,781,963108,637,471144,49217,229,95317,229,95323,8642699个2,6564322220
第14号染色体全部组装分子未定位脚手架115,679,675115,493,446186,229281810109,595,253109,479,132116,12117,423,68717,423,68731,4513,0332,9963717170
第15号染色体全部组装分子未定位脚手架111,505,721111246239个259,482241014106,223,762106,067,129156,63327,786,61927,786,61928,4412,9702897个73990
16号染色体全部组装分子未定位脚手架9087735590,668,790208,56527151286,268,16186,167,080101,0818,759,3378,759,33733,2992423年2,3843914140
17号染色体全部组装分子未定位脚手架91,017,53890,843,779173,75924101487,123,39086,981,899141,49122,490,03122,490,03123,8482,2672,22641990
18号染色体全部组装分子未定位脚手架88,349,65188,201,929147,7221771084,637,98084,542,32995,65152,752,07752,752,07745,6221,9841951年33660
第19号染色体全部组装分子未定位脚手架62,413,49962,275,575137,92411859,946,09159,891,57654,51514,277,24414,277,24453245个1,7851,75629770
20号染色体全部组装分子未定位脚手架56,326,88656,205,956120,93023131054,136,67654,058,25378,42321,848,13521848135人29,2661,5651,5372812120
X染色体全部组装分子未定位脚手架160,644,916159,970,021674,895663135146,791,476146,479,700311,77611,448,66711,448,66740,5706,1455,98615930300
Y染色体全部组装分子未定位脚手架72,397,7103,310,45869,087,2522912870,106,0103,189,458669165525,447,8793,310,4586,483,517371225000
未放置的组装分子13,048,0765787,569,77181,6531,6370
分子总计
长度
线粒体MT16,313