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雷诺_5.0

生物体名称:
褐家鼠(挪威鼠)
具体名称:
菌株:BN/SsNHsdMCW
生物样品:
SAMN02808218号
生物项目:
PRJNA10629项目
提交人:
大鼠基因组测序联盟
日期:
2012/03/16
同义词:
第5轮
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
GenBank组件加入:
GCA_ 000001895.3(替换)
RefSeq程序集加入:
GCF_ 000001895.4(抑制)请参阅此物种的最新RefSeq程序集
RefSeq组件和GenBank组件相同:
没有(隐藏详细信息)
  • 仅在RefSeq:染色体MT中
  • 为GenBank版本显示的数据
WGS项目:
AABR06型
装配方法:
Newbler v.2.0.0-PreRelease-01162009与Phrap v.0。桑格阅读990329;用于Solid读取的CLC bio
基因组覆盖率:
3倍BAC;6倍WGS ABI Sanger读数
测序技术:
桑格;SOLiD公司

标识:382928【UID】363128[基因银行]382928[参考序列]

请参见基因组有关的信息褐家鼠

这个有机体有14个组件

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历史(显示修订历史)

注释

全球统计

序列总长度2,909,682,625
总未映射长度2,573,083,111
脚手架之间的间隙8109年
脚手架数量10,847
脚手架N502,178,346
脚手架L50387
连续数132,130
康蒂格N5052,491
轮廓L5013,663
染色体和质粒总数21
组件序列数(WGS或克隆)112,651

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装配单元名称
主要组件
装配单元:初级装配(GCA_000000225.3)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM000072.4号=NC_005100.3号81
染色体2厘米000073.4=NC_005101.3号123
染色体3CM000074.4号机组=NC_005102.3号65
4号染色体CM000075.4号=NC_005103.3号78
染色体5CM000076.4号=NC_005104.3号78
染色体6厘米000077.4=NC_005105.3号40
7号染色体CM000078.4号=NC_005106.3号99
第8号染色体CM000079.4=NC_005107.3号50
9号染色体CM000080.4号=网络中心_005108.336
第10号染色体CM000081.4号=NC_005109.3号47
11号染色体CM000082.4号=NC_005110.3号54
12号染色体CM000083.4号=NC_005111.3号35
13号染色体CM000084.4号=NC_005112.3号50
14号染色体CM000085.4号=NC_005113.3号41
第15号染色体CM000086.4号=NC_005114.3号82
16号染色体CM000087.4=NC_005115.3号43
17号染色体CM000088.4号=NC_005116.3号45
18号染色体CM000089.4=NC_005117.3号34
第19号染色体CM000090.4号=NC_005118.3号22
20号染色体CM000091.4号=NC_005119.3号34
X染色体CM000092.4号=NC_005120.3号141
未放置的不适用不适用不适用1,439

程序集统计

分子序列角色总计
长度
脚手架
计数
无间隙
长度
脚手架
50新元
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
全部组装分子2,909,682,62510847个2,573,083,1112,178,346121,2838,109
染色体1全部组装分子未定位脚手架290,468,227290,094,216374011美元1,1181,03781267,414,887267,129,575285,3122,129,2952,129,29513,89012,21912,190291,0361,0360
染色体2全部组装分子未定位脚手架285,436,618285,068,071368,547867744123244,774,589244,473,769300,8201,955,9001,955,9003,53911,27011,238327437430
染色体3全部组装分子未定位脚手架184,002,104183,740,530261574个57150665167,146,593166,986,328160,2652,587,7972,587,7975,5457,4557,424315055050
4号染色体全部组装分子未定位脚手架248,824,638248343840个480,79853846078172,578,916172,169,357409,5592,395,7322,395,73243051个6,8246,798264594590
染色体5全部组装分子未定位脚手架177,410,427177,180,328230,09953045278160,413,757160,245,979167,7782,219,9722,219,9723,0707,7217,701204514510
染色体6全部组装分子未定位脚手架156,992,134156,897,50894,62642238240137,219,528137,126,42593,1031,885,7841,885,7842868个6,1206,11373813810
7号染色体全部组装分子未定位脚手架143,779,861143,501,887277,97458748899133,232,926133,012,475220,4511,944,2171944217年3,5476,6416,609324874870
第8号染色体全部组装分子未定位脚手架132,623,603132,457,389166,21441836850125174931个125,053,345121,5862,088,5802,088,5804,1665,6265,597293673670
9号染色体全部组装分子未定位脚手架121,697,944121,549,591148,35334330736113,528,456113,435,03893,4182,793,4432,793,4434,0425,1625,15573063060
第10号染色体全部组装分子未定位脚手架112,338,145112,200,500137,64533028347107,253,206107148992104,2143,022,7133,249,5353,3375,0865,061252822820
11号染色体全部组装分子未定位脚手架93,624,63693,518,069106567个2812275484,594,29784,496,45097,8472,043,1222,043,1222,5793,3573,35072262260
12号染色体全部组装分子未定位脚手架54,533,54754450796个82,7512992643548,034,22147,964,07970,1422,286,2722,286,2723,0673,5023,49482632630
13号染色体全部组装分子未定位脚手架118,865,235118,718,031147,20434529550105,321,025105,200,166120,8592,316,0232,316,0233,4284,7644,75682942940
14号染色体全部组装分子未定位脚手架115,265,452115,151,701113,75135531441106549070美元106,456,45392,6172,515,6812,515,6813,2605,0385,028103133130
第15号染色体全部组装分子未定位脚手架114,763,217114,627,140136,07739731582102848745个102,717,001131,7441,889,6441,889,6442,5774,8294,82273143140
16号染色体全部组装分子未定位脚手架邮编:9015511490,051,983103,1313232804383,332,32283,248,03484,2882,327,5792,327,5792,9713,9803,966142792790
17号染色体全部组装分子未定位脚手架92,654,00492,503,511150,4933042594584,162,48084,034,418128,0622,127,2742,127,2743,7374,1184,104142582580
18号染色体全部组装分子未定位脚手架87,368,73887,229,863138875个2742403481,579,93081,501,21678,7142,266,4462,266,44611,2793,4073,392152392390
第19号染色体全部组装分子未定位脚手架73,001,19972,914,58786612个2001782257,948,39557,902,03346,3623,014,0923,014,0929,2123,3113,300111771770
20号染色体全部组装分子未定位脚手架57,866,20657,791,88274,3242091753452,114,47652,044,64269,8341,626,8371,626,8372,7582,9452,93691741740
X染色体全部组装分子未定位脚手架155,074,119154,597,545476,574697556141136,224,019135,956,459267,5601,551,4041,551,40410,0737,5047,440645555550
未放置的组装分子2937457个1,4391,636,3426,4864040