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注释示例

mRNA序列

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编码蛋白质的mRNA(cDNA)序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息以确保您的序列得到最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

智人脯氨酸酶(PEPD)mRNA,完整cds。来源1..1888/有机体=“智人”/染色体=“19”/map=“19q12-q13.2”/cell_type=“成纤维细胞”基因1..1888/基因=“PEPD”CDS 17..1498号/基因=“PEPD”/EC_number=“3.4.13.9”/注=“亚胺基二肽酶”/product=“脯氨酸酶”

原核基因

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编码蛋白质的原核基因组序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

大肠杆菌RecA蛋白(RecA)基因,完整cds。来源1..3300/有机体=“大肠杆菌”/应变=“K-12”基因783…1961/基因=“recA”CDS 783..1961/基因=“recA”/function=“DNA修复蛋白”/product=“RecA蛋白质”

真核基因

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编码蛋白质的真核基因组序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

秀丽隐杆线虫酪氨酸激酶PTK-2(PTK-2)基因,完整cds。源1..3180/有机体=“秀丽隐杆线虫”基因211..3011/基因=“ptk-2”mRNA连接(211.288533.703763.890940..1024,1084..1380,1838..1962,2018..2099,2301..3011)/基因=“ptk-2”/product=“蛋白激酶PTK-2”CDS加入(250.288533..703763..890940..1024,1084..1380,1838..1962,2018..2099,2301..2456)/基因=“ptk-2”/product=“蛋白激酶PTK-2”

启动子区域

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启动子、基因组5'侧翼序列或基因组3'侧翼顺序的相关特征信息:
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例子:

智人增强子结合蛋白2(EBP2)基因、启动子区和部分cds。源1..3061/有机体=“智人”/染色体=“15”/map=“15q13”/cell_line=“H441”/tissue_type=“肺部”基因1.>3061/基因=“EBP2”启动子1..2947/基因=“EBP2”TATA_信号2918..2923/基因=“EBP2”mRNA 2948..>3061/基因=“EBP2”/product=“增强子结合蛋白2”5’UTR 2948..3010/基因=“EBP2”CDS 3011...>3061/基因=“EBP2”/product=“增强子结合蛋白2”

病毒序列

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病毒序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

人腺病毒3株RKI-4263/07己糖(H)基因,部分cds。来源1..1520/有机体=“人类腺病毒3”/mol_type=“基因组DNA”/应变=“RKI-4263/07”/血清型=“3”/host=“智人”/db_xref=“分类单元:45659”/country=“德国”/collection_date=“2007年4月”基因<1..>1520/基因=“H”CDS<1..>1520/注=“主要衣壳蛋白”/codon_start=1/乘积=“hexon”

艾滋病病毒1型

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HIV-1序列的相关特征信息:

我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

美国HIV-1分离株X克隆5601,全基因组。来源1..9720/有机体=“人类免疫缺陷病毒1型”/克隆=“5601”/隔离=“X”/country=“美国”重复区域1..634/rpt_type=长终端重复基因789..2291/基因=“gag”CDS 789..2291/基因=“gag”/product=“gag蛋白”基因2084..5095/基因=“pol”CDS 2084..5095/基因=“pol”/产品=“pol蛋白质”基因5040..5618/基因=“vif”CDS 5040..5618/基因=“vif”/product=“vif蛋白质”基因5558..5848/基因=“vpr”CDS 5558..5848/基因=“vpr”/product=“vpr蛋白”基因5829..8476/基因=“tat”CDS连接(5829..60438386..8476)/基因=“tat”/product=“tat蛋白质”基因5968..8660/基因=“rev”CDS加入(5968.60438386..8660)/基因=“rev”/产品=“rev蛋白质”基因6060..6305/基因=“vpu”CDS 6060..6305/基因=“vpu”/product=“vpu蛋白”基因6223..8802/基因=“env”/伪基因8804..9070/基因=“nef”CDS 8804..9070/基因=“nef”/product=“nef蛋白质”重复区域9086..9719/rpt_type=长终止重复多A信号9612…9617

转座子或插入序列

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转座子或插入序列的相关特征信息: 可选:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息以确保您的序列得到最完整的注释。如果不知道这些信息,请通知我们。

例子:

枯草芽孢杆菌菌株RS2转座子BLT转座酶(tnpA)基因,完整cds来源1..1221/有机体=“枯草芽孢杆菌”/应变=“RS2”重复区域21..1127/rpt_type=“分散”/mobile_element=“转座子:BLT”重复区域21..61/rpt_type=反转基因128..1034/基因=“tnpA”CDS 128..1034/基因=“tnpA”/product=“转座子酶”重复区域1085..1127/rpt_type=反转

微卫星序列

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微卫星序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息以确保您的序列得到最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

示例#1:

平行脊索虫克隆IIB-G5微卫星序列。源1..288/有机体=“平行Chothippus parallelus”/mol_type=“基因组DNA”/db_xref=“分类单元:37639”/克隆=“IIB-G5”重复区域1..288/rpt_type=串联/satellite=“微卫星”

示例#2:

毒蜥KU 40271微卫星Noex254序列。来源1..556/有机体=“流亡Noturus exilis”/mol_type=“基因组DNA”/specimen_voucher=“KU 40271”/db_xref=“分类单元:61323”/clone=“Noex_02_03_H06”/PCR_primers=“fwd_seq:catgtttgcacaagggaaa,版本号:atgtggatgcagattgga“重复区域77..100/rpt_type=串联/rpt_unit_range=77..100/rpt_unit_seq=“ca”/satellite=“微卫星:Noex254”

重复区域

顶部
包含重复区域的序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息以确保您的序列得到最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

智人重复区域来源1..2050/有机体=“智人”/染色体=“6”/map=“6q25”重复区域8..126/rpt_type=分散/rpt_family=“B2”重复区域197..344/rpt_type=“直接”/rpt_unit=“197..220”重复区域389.673/rpt_family=“AluSx”/rpt_type=分散重复区域847..876/rpt_type=“串联”/rpt_unit=“ca”/satellite=“微卫星:BT21”重复区域2000..2050/rpt_type=长终端重复

假基因

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伪基因序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

例子:

小家鼠DNA甲基转移酶(Dmt1)假基因,完整序列。源1..2131/有机体=“小家鼠”/应变=“SvJ/129”基因123..1444/基因=“Dmt1”/注=“DNA甲基转移酶1”/伪

转运和/或融合蛋白

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染色体易位引起的序列的相关特征信息: 如果移位导致融合蛋白,请包括:
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例子:

智人SYT/SSX4融合蛋白mRNA,完整cds。来源1..2935/有机体=“智人”/tissue_type=“肉瘤”/map=“t(18;X)(q11.2;p11.2)”源1..1242/有机体=“智人”/染色体=“18”/map=“18q11.2”CDS 1..1479/product=“SYT/SSX4融合蛋白”来源1243..2935/有机体=“智人”/染色体=“X”/map=“Xp11.2”3’UTR 1480..2935

克隆载体

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克隆载体的相关特征信息 可选:
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例子:

克隆载体pRB223,完整序列来源1..4361/有机体=“克隆载体pRB223”基因86..1276/基因=“tet”CDS 86..1276/基因=“tet”/product=“四环素抵抗蛋白”苏格兰皇家银行1905..1909/注=“Shine-Dalgarno序列”rep_origin代表2535基因补体(3293..4194)/基因=“bla”CDS补体(3293..4153)/基因=“bla”/产品=“β-内酰胺酶”错误功能4069.4125/注意=“多克隆站点”RBS补码(4161.4165)/基因=“bla”/注=“Shine-Dalgarno序列”启动子补体(4188..4194)/基因=“bla”

间隙序列

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间隙序列包括已知的直接测序数据和未知数据。序列的未知部分由字符串表示已知、直接排序的连续数据之间的“nnn”。所有零件间隙序列必须来自同一个源并且位于同一个中方向和顺序正确。

间隙序列的相关特征信息:
我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果不知道这些信息,请通知我们。

例子:

智人MHCⅠ类抗原(HLA-B)基因、HLA-B_458_01445等位基因、外显子2、3和部分cds。来源1..788/有机体=“智人”/mol_type=“基因组DNA”/db_xref=“分类单元:9606”基因<1..>788/基因=“HLA-B”/等位基因=“HLA-B_458_01445”mRNA连接(<1..270513.>788)/基因=“HLA-B”/等位基因=“HLA-B_458_01445”/product=“MHC I类抗原”CDS加入(<1..270513..>788)/基因=“HLA-B”/等位基因=“HLA-B_458_01445”/codon_start=3/product=“MHC I类抗原”/protein_id=“ACR38915.1”/db_xref=“GI:238055051”/translation=“SHSMRYFDTAMSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIFKTNTQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQSMYGCDV公司GPDGRLLRGHDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAARVAEQDRAYLE公司GTCVEWLRRYLENGKDTLERA“外显子1..270/基因=“HLA-B”/等位基因=“HLA-B_458_01445”/数字=2间隙271..512/估计长度=242外显子513..788/基因=“HLA-B”/等位基因=“HLA-B_458_01445”/数字=3

系统发育或种群集

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种群或系统发育研究的相关特征信息:

一组由一组代表相同基因或位点的序列组成在不同的有机体中或在不同的分离物、菌株或克隆中相同的生物体。例如,一组可以是系统发育(不同有机体)、种群(相同有机体)或环境(未分类或未知有机体)。


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EST提交

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请直接提交给数据库EST:GenBank的EST部门。

GSS提交

顶部
请直接提交给数据库GSS:GenBank的GSS部门。

STS提交

顶部
STS提交的相关功能信息:

我们强烈建议您提供尽可能多的上述信息尽可能确保对序列进行最完整的注释。如果有任何信息未知,请通知我们。

HTGS提交

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HTG提交要求:

FLIC提交

顶部
FLIC提交的相关功能信息: 可选:
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