- 单细胞RNA测序数据的计算双重预测
实现计算双重预测的方法:基于共表达(cxds)、基于二进制分类(bcd)和混合。
相关出版物:
scds:单细胞RNA测序数据中双链的计算注释。AS Bais和D Kostka生物信息学,(已接受)2019.(国防部)
- 反调节元素数据库-creDB
反调节成分的软件包和数据库。
相关出版物:
全基因组增强子图谱在基因组分布、进化和功能方面存在显著差异。ML Benton、SC Talipineni、D Kostka、JA CapraBMC基因组学 2019.(国防部)
- 从scRNA-seq数据中识别细胞间的相似性-RAFSIL
使用特征构建和基于随机森林的相似性学习对单细胞RNA测序数据执行两步程序。
相关出版物:
基于随机森林的单细胞RNA测序数据相似性学习。M Baranpouyan和D Kostka生物信息学,34(13):i79-i882018.(国防部)
- 检测血统特异性加速替代率-linACC
利用嵌套进化模型的层次结构来检测不同物种/分支中代换率的谱系特定加速。
相关出版物:
发育位点包含类人猿谱系中独立进化的加速区域簇。D Kostka,AK Holloway,KS Pollard分子生物学与进化,35(8):2034-20452018.(国防部)
- 表观遗传学的谱系动力学-lyne
在细胞谱系树上实现表观遗传标记(如DNA甲基化)的连续时间马尔可夫模型的软件包。
相关出版物:
用系统发育学方法模拟DNA甲基化动力学。JA Capra和D Kostka生物信息学 2014,30 (17),i408-i414。(国防部)
- 序列对之间的基序分歧-基序分歧
基于转录因子结合位点基序实现调控差异统计模型的软件包。
相关出版物:
模体差异:评估两个DNA序列之间基因调控模体差异的统计意义的模型。D Kostka、T Friedrich、AK Holloway、KS PollardStat接口 2015,8(4): 463–476.
(国防部)