海量数据访问、API和与MGI的链接
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批处理查询
批量查询
输入ID或基因符号列表,检索其他数据库ID和基因属性(例如表型、GO、表达数据)。
基因表达批量搜索
输入ID或基因符号列表并检索相关的基因表达分析数据。搜索结果包括一个组织-基因矩阵视图,用于比较基因之间的表达模式。
鼠标地雷
在InterMine的支持下,MouseMine提供了灵活的查询、大量预定义的查询模板、结果的迭代优化以及与其他模型生物Mine的链接。鼠标地雷:
  • 提供了许多有用的“屏蔽”查询,以及点击式查询编辑
  • 支持上传和操作对象列表
  • 允许下载任何查询结果(文本、xml、json)或转发到Galaxy
创建到MGI的Web链接
  • MGI支持使用访问ID到我们的Web界面的外部链接。
  • 请参见创建到MGI的Web链接以获取说明和示例。
  • 每周生成的公共报告可用于获取访问ID。请参见MGI数据和统计报告获取可用报告的索引。
用于下载的数据文件
通过FTP发布公共报告
  • 每周生成65多个数据文件,可供下载。
  • 请参见MGI数据和统计报告获取报告列表及其字段说明。
通过FTP转储数据库
  • 数据库备份可从我们的ftp站点获得,网址为:http://www.informatics.jax.org/downloads/database_backups/
    • MySQL 5.0.67和PostgreSQL 9.3.5提供了备份。
    • 这些备份假定您安装了兼容版本的MySQL或PostgreSQL,您已经创建了数据库,并且您有足够的用户权限加载该数据库。
    • 备份在美国东部时间星期一上午12:30到1:30之间更新,因此请避免在这段时间下载文件,否则您的文件可能无法成功下载。
  • 要加载MySQL备份,请执行以下操作:
    • 首先,解压缩它:gunzip mgd.mysql.dump.gz
    • 然后加载它:mysql-e“mgd.mysql.dump”数据库名称
  • 要加载PostgreSQL备份,请执行以下操作:
    • 加载它:pg_restore-c-d数据库名称-j jobCount-O-h host-U用户mgd.postgres.dump-Fc
    • jobCount应该是一个整数,表示子流程的数量。如果您有一台多处理器计算机,使用介于2和4之间的jobCount可能会大大加快恢复速度。
Web界面的制表符分隔输出
  • 参考、基因和SNP数据的用户定义结果以制表符分隔格式提供。
  • 您可以从中修改查询表单上的输出格式网状物制表符分隔.
  • 快速搜索以及这些查询表单提供了以制表符分隔的输出:
来自Web界面的FASTA输出
  • FASTA格式可用于返回特定基因序列或查询序列的报告。
  • 单击每个序列旁边的复选框,选择它进行FASTA下载,然后单击GO。
  • 从基因详细信息页面,FASTA可用于:
    • 代表性基因组、转录物和多肽序列
    • 所有鼠标序列
    • 人类、大鼠和斑马鱼同源物的RefSeq转录序列
    • 人类、大鼠和斑马鱼同源物的蛋白质序列。
MGI Web服务
直接SQL帐户
  • MGI Public Ad Hoc SQL Server可用于针对MGI数据库运行自定义SQL查询。
  • MGI使用PostgreSQL关系数据库存储信息。
  • 为了查询数据库,必须安装可以连接到PostgreSQL服务器的客户端软件。您可以使用免费客户端,如JDBC(Java)、ODBC(Windows)或SQuirreL SQL(https://squirrel-sql.sourceforge.io网址).
  • 请参阅我们的示例JDBC客户端。您也可以使用它来验证您的SQL帐户是否处于活动状态。
架构浏览器
  • 为了编写自己的自定义SQL查询,您必须熟悉SQL和MGI数据库模式。
  • 有关数据库架构的帮助,请使用架构浏览器在Web界面中可用。
登录和配置 来自MGI的自定义SQL报告

贡献项目:
小鼠基因组数据库(MGD)、基因表达数据库(GXD)、人类癌症小鼠模型数据库(MMHCdb)(前身为小鼠肿瘤生物学(MTB))、基因本体(GO)
引用这些资源
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04/09/2024
MGI 6.23标准
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