使用基因本体(GO)的功能注释
MGI的GO项目使用基因本体为小鼠基因产品提供功能注释。
Access数据
浏览MGI中的基因本体和鼠标注释。
GO浏览器
使用GO术语和其他基因属性搜索基因。
基因和标记查询
获取用于GO工具的MGI ID集。
批量查询
使用GO注释来发现您的基因集可能具有的共同点:
鼠标地雷-使用MouseMine的定制和迭代查询、丰富分析和编程访问来搜索和分析基因本体结果。
VLAD(VLAD)-基因列表分析和可视化。
常见问题解答
我怎么。。。
..下载所有鼠标GO注释?常见问题解答
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更多常见问题
功能注释(GO)数据包括
使用基因本体(GO)的MGI-Mouse功能注释:关于GO-使用基因本体的功能注释:
小鼠基因组信息学小组是基因本体联盟的创始成员(www.geneontology.org). MGI完全合并数据库中的GO并提供GO浏览器。

什么是基因本体注释?

基因本体注释是一个手动或自动分配的文本文件,包含以下信息:

  • 基因名称、符号
  • 基因本体术语
  • 已发布的参考
  • 证据代码
  • 注释的日期
  • 可选信息(限定符,如“NOT”、“contributes_to”、“colocalizes_with”;带有自由文本和受控词汇信息的注释)

什么是手动注释?

科学馆长使用已发表的文献,根据支持注释的证据代码指定GO术语。另请参见GO证据代码指南在基因本体联盟网站上。

什么是证据代码?

MGI使用以下证据代码:

  • 手动分配:
    • EXP-根据实验推断
    • IAS-根据祖先序列推断
    • IBA-从祖先的生物学角度推断
    • IBD-从后代的生物学角度推断
    • IC-馆长推断
    • IDA-根据直接分析推断
    • IEP-从表达式模式推断
    • IGI-根据遗传相互作用推断
    • IKR-根据关键残基推断
    • IMP-根据突变表型推断
    • IMR-根据缺失残留物推断
    • IPI-从物理交互推断
    • IRD-根据快速散度推断
    • ISA-根据序列比对推断
    • ISM-从序列模型推断
    • ISO-从序列正畸学推断
    • ISS-根据序列和结构相似性推断
    • ND-未确定
    • TAS-可追踪作者声明
  • 自动分配:
    • IEA——根据电子注释推断
    • HDA-通过高通量直接分析推断
    • HEP-根据高通量表达模式推断
    • HGI-从高通量遗传相互作用中推断
    • HMP-从高通量突变表型推断
    • RCA-已审核的计算分析


贡献项目:
小鼠基因组数据库(MGD)、基因表达数据库(GXD)、人类癌症小鼠模型数据库(MMHCdb)(前身为小鼠肿瘤生物学(MTB))、基因本体(GO)
引用这些资源
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04/16/2024
MGI 6.23标准
杰克逊实验室