什么是基因本体注释?
基因本体注释是一个手动或自动分配的文本文件,包含以下信息:
- 基因名称、符号
- 基因本体术语
- 已发布的参考
- 证据代码
- 注释的日期
- 可选信息(限定符,如“NOT”、“contributes_to”、“colocalizes_with”;带有自由文本和受控词汇信息的注释)
什么是手动注释?
科学馆长使用已发表的文献,根据支持注释的证据代码指定GO术语。另请参见GO证据代码指南在基因本体联盟网站上。
什么是证据代码?
MGI使用以下证据代码:
- 手动分配:
- EXP-根据实验推断
- IAS-根据祖先序列推断
- IBA-从祖先的生物学角度推断
- IBD-从后代的生物学角度推断
- IC-馆长推断
- IDA-根据直接分析推断
- IEP-从表达式模式推断
- IGI-根据遗传相互作用推断
- IKR-根据关键残基推断
- IMP-根据突变表型推断
- IMR-根据缺失残留物推断
- IPI-从物理交互推断
- IRD-根据快速散度推断
- ISA-根据序列比对推断
- ISM-从序列模型推断
- ISO-从序列正畸学推断
- ISS-根据序列和结构相似性推断
- ND-未确定
- TAS-可追踪作者声明
- 自动分配:
- IEA——根据电子注释推断
- HDA-通过高通量直接分析推断
- HEP-根据高通量表达模式推断
- HGI-从高通量遗传相互作用中推断
- HMP-从高通量突变表型推断
- RCA-已审核的计算分析
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