过去的研究小组
本节概述了自2012年以来离开马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所（MPI-IE）的研究小组及其各自的科学重点。
与马克斯·普朗克（Max Planck）董事相比，研究小组领导人的学术职位在一定年限内是有限的，之后，前马克斯·普兰克（Max Plack）小组领导人将在世界各地的学术界担任新的职位。学院教员的定期更替是通过新想法和产生主题多样性来保持我们科学成功的关键。同时，MPI-IE通过提供支持、职业指导和强大的协作网络，为任何学术生涯奠定了良好的基础。
MPI-IE为其校友的成功感到骄傲，他们中的许多人现在在世界各地杰出的研究机构担任领导学术职务。
前MPI-IE研究小组组长
下面的列表是MPI-IE前研究小组负责人的目录，按照他们离开的顺序排列。
教授博士。多米尼克·格伦
当前隶属机构：瓦茨堡朱利叶斯·马西米利安大学系统免疫学研究所（Institute of Systems Immunology at the Julius-Maximilians-Universität of Würzburg）
系统免疫学Würzburg
我们的实验室研究对发展多细胞生物和维持器官组织至关重要的细胞命运决定。通过随机过程，我们研究了细胞如何整合来自其微环境的信号来做出这些决定，无论是在正常条件下还是在疾病或组织损伤时。该方法涉及探索造血生态位和肝上皮细胞等系统中细胞的动态分化。因此，我们使用先进的单细胞实验方法，如单细胞RNA-seq和ATAC-seq，以及计算机器学习和数学建模。这些技术使我们能够剖析单个细胞，推断细胞状态和谱系树，重建空间组织结构，并了解分子相互作用。我们的目标包括揭示细胞分化的分子机制和开发新的治疗方法。该研究侧重于组织发育、器官组织周转和对扰动的反应等领域，以阐明细胞命运决定的控制机制。
博士。Eirini Trompouki（2013-2021）
目前所属单位：法国尼斯癌症与衰老研究所
尼斯IRCAN研究所
该实验室研究了在发育、成人造血再生和血液疾病期间控制造血干细胞形成的机制。我们主要关注这些过程的机械交叉。特别是，我们目前对重复/转座元件与通过RNA传感器介导的先天免疫信号之间的相互作用以及这些信号如何整合到调节造血中感兴趣。我们认为，重复性元素通过其RNA转录物发出信号，并作为顺调控元素发挥作用，在发育和成人造血中发挥着基本作用。造血干细胞是在发育过程中形成的，在那里它们积极增殖，形成成人造血干细胞池。我们正致力于调节这一过程的信号，最近我们发现，在发育信号中通过RIG-I样受体表达的重复性元素可以诱导炎症信号，从而促进造血干细胞的形成。重复元素在成人造血中也会被诱导，尤其是在化疗等应激情况下。我们的目标是进一步阐明重复元素和炎症在生理和病理造血中的作用。
博士。Ritwick Sawarkar（2014-2021年）
当前附属机构：英国剑桥大学
剑桥大学
细胞对环境压力和毒素的反应是通过建立适应性压力反应，以便在压力条件下生存。转录控制是决定细胞应激反应强度、持续时间和持久性的主要调控层。转录因子、染色质修饰和非编码RNA影响对环境胁迫的转录反应。染色质控制应激反应的分子机制是该单元计划的主要重点。我们的目标是解决以下问题：（i）哪些细胞路径感知环境压力/毒素并向基因组发出信号？（ii）染色质如何解释有关细胞健康和毒性暴露的信息，从而决定应激的转录反应？（iii）转录反应如何适应细胞表型以生存压力？我们与制药公司合作，在细胞暴露于环境压力以及小分子疗法的背景下研究这三个问题。我们的方法包括基因组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、染色质生物化学以及全基因组筛选，以确定应激反应途径的新成分。体外重组实验和小鼠遗传模型进一步验证了哺乳动物细胞中发现驱动的全局方法。我们的目的是获得对应激和毒素的转录反应的新见解和机制理解。
博士。爱德华·皮尔斯（2015-2020）
现任附属机构：美国巴尔的摩约翰霍普金斯大学彭博社特聘教授
约翰霍普金斯大学
该实验室强调两个重叠的研究领域：首先，该实验室专注于细胞代谢在感染和癌症期间免疫细胞功能和命运中的作用。因此，它阐明了免疫细胞代谢重编程的相关机制，以及为什么不同类型的代谢对支持这些细胞的不同激活状态至关重要的潜在原因。它特别感兴趣的是确定抑制或促进代谢途径以操纵免疫反应的方法。其次，实验室对蠕虫寄生虫诱导的2型免疫反应感兴趣，并询问2型免疫是如何启动和维持的，并研究介导这些类型免疫反应的下游后遗症的机制，这些免疫反应既有益，如对蠕虫虫的免疫，也有害，比如组织纤维化和癌症进展。此外，该实验室侧重于2型免疫环境中巨噬细胞的生物学，特别是从免疫代谢的角度。
博士。J.Andrew Pospisilik（2010-2019）
目前所属单位：美国Van Andel研究所表观遗传学中心主任和教授
Pospisilik实验室
表型变异和疾病的表观遗传控制：我们的实验室旨在回答这个问题，“我可能是谁？”。我们挑战理解疾病和进化机制的教条。目前的估计表明，全世界糖尿病、神经变性、癌症和肥胖的发病率超过10亿人。这些是当今世界面临的主要经济和卫生保健挑战。虽然研究已经为我们目前对这些复杂疾病的理解建立了良好的遗传框架，但许多关键调控层的作用，尤其是发育和表观遗传调控，仍然缺乏了解。我们的实验室有兴趣了解导致表型变异从而导致疾病易感性的表观遗传调控系统。除其他外，这些范式包括组蛋白翻译后修饰的代谢和信号介导的变化、非编码RNA和染色质稳定性修饰物，如Polycomb-Trithorax群。目前清楚的是，这些表观遗传效应器在定义整个功能基因集的定点方面起着关键作用；我们感兴趣的一个悬而未决的基本问题是，这些表观遗传学线索如何影响人类疾病的易感性和发展。
教授、博士。迈克尔·雷思（1989-2017）
当前附属机构：弗莱堡大学生物研究所/生物科学研究所-外部科学成员MPG
实验室Michael Reth
分子免疫学系的研究旨在更好地了解正常和疾病淋巴细胞中受体和细胞内信号通路的组织和调节。我们的研究主要集中在B淋巴细胞的发育和功能上。我们提出了B细胞抗原受体（BCR）的结构和活化的新模型，并在活化的B细胞中发现了新的信号成分。我们还开发了技术，用于更深入地研究休眠和激活B细胞的信号机制。我们的一些发现有助于更好地了解白血病和自身免疫等人类疾病。此外，我们是最早采用合成生物学方法研究哺乳动物细胞信号的公司之一。
博士。安娜·伊兹库（2009年至2015年）
目前所属单位：德国亚琛Uniklinik RWTH亚琛分子医学研究所
AG伊兹库伊
免疫系统已经进化为在抵抗病原体的同时仍然能够耐受自身和无害的抗原。同时免疫警惕和耐受的必要性在肠道中尤为明显，肠道不仅面临来自病原体的抗原，还面临来自食物和无害共生体的抗原。由于肠道是人体与外界接触的最大屏障，它需要能够对潜在的病原体产生快速有效的免疫反应。然而，大多数肠道抗原来自食物和共生菌群，需要耐受。因此，肠道免疫系统将大量炎性细胞与强大的免疫调节因子结合在一起，防止对无害抗原的有害反应。炎症和耐受之间的平衡是如何实现的，目前尚不清楚。该小组专注于诱导和维持免疫耐受，尤其是通过产生和控制CD4+Foxp3+调节性T细胞（Treg）。Treg产生于胸腺或外周，可防止免疫反应的误导。它们是避免对共生菌群产生自身免疫和炎症反应的关键。我们想剖析控制抗原特异性Treg活性的因素，我们对肠上皮细胞与免疫系统的相互作用特别感兴趣。
博士。Patrick Heun（2005-2014）
目前的附属机构：英国爱丁堡Wellcome细胞生物学信托中心
实验室Patrick Heun
所有不由DNA序列本身编码的可遗传染色体条件都被称为表观遗传，包括基因表达，对于大多数真核生物来说，着丝粒和端粒身份也是如此。这些状态通过多代细胞的表观遗传传递与适当的基因组调控高度相关，当受到干扰时，可能导致基因组不稳定和细胞功能失常。在有丝分裂过程中，着丝粒位于染色体的初级收缩处，在细胞分裂之前，它们保持连接。这种结构对于子细胞的等效染色体分离至关重要。以果蝇为模型生物，我的实验室对着丝粒身份的表观遗传学调控特别感兴趣，重点关注苍蝇和人类组织培养中新着丝粒的形成。我们对着丝粒的核组织更感兴趣。
博士。西蒙娜·萨卡尼（2005-2014）
目前隶属：法国尼斯癌症与衰老研究所
Simona Saccani实验室
我们的研究小组以NF-kB转录因子家族为模型系统，研究调节基因表达的分子机制。重点是了解转录因子的活性如何以启动子特异性和细胞类型特异性的方式进行控制。
转录因子NF-kB家族对于参与细胞生存、增殖、分化和炎症的多个基因的表达至关重要。NF-kB途径在多种细胞类型中广泛活跃，但许多NF-kB靶基因表现出严格调控的表达模式，刺激依赖性激活仅限于特定的生物环境。为了研究其分子机制，我们将重点放在目标启动子和增强子染色质结构的差异，以及可以调节NF-kB在特定细胞类型中的募集和活性的协同因子上。
教授、博士。Hassan Jumaa（2001-2013）
现隶属：德国乌尔姆大学医学中心免疫学研究所
哈桑·朱马实验室
我们研究小组的目标是全面了解调节B细胞增殖和分化的信号通路。B细胞在适应性免疫反应中发挥关键作用，使身体能够高效持久地攻击病原体。它们在B细胞抗原受体（BCR）结合致病物质。BCR或其前体（前BCR）发出的信号导致基因表达的改变，并决定发育中B细胞的命运。B细胞信号转导的缺陷会导致免疫缺陷、自身免疫或白血病。研究B细胞发育中的信号转导可以与基础科学和临床研究小组进行多种交互作用和跨学科合作。
博士。Taro Fukao（2008-2013）
目前隶属关系：日本东京
我们研究小组的目的是了解造血-免疫系统中功能性RNA的生物学。我们正在关注microRNA在哺乳动物造血-免疫系统中的作用。微RNA是一类与互补mRNA结合并调节其表达的非编码RNA。它们存在于动物、植物和病毒中，其序列即使在相对较远的物种中也保持不变。各种报告表明，microRNA参与了广泛的生理事件，如发育、分化、增殖、形态发生、凋亡和代谢。研究免疫系统中microRNA的生物学特性有助于理解免疫系统完整性的分子机制。此外，microRNA在免疫学中的知识将为阐明感染和免疫疾病（如自身免疫性疾病和炎症性疾病）的分子发病机制提供线索。
博士。马林努斯·拉默斯（1984-2013）
退休 了
通常，免疫系统的主要功能是防御病原微生物。现在，据推测，免疫系统与环境保持着持续的对话，即与处于防御生物和外部世界边界层的微生物世界及其产品进行对话。这种对话对于维持一个生态系统是必要的，这个生态系统允许有益微生物生存，但有害微生物被处置。有益和有害之间的差异很可能不是绝对的，而是滑动的，因此，宿主的识别策略不仅仅针对病原体。虽然免疫系统很可能是在内外界进化而来的，但这一界的免疫过程仍然是免疫系统中研究不充分的一部分。为了理解免疫系统，它实际上可能是最重要的。
教授、博士。罗伯特·施耐德（2004-2012）
目前隶属单位：慕尼黑亥姆霍兹中心功能表观遗传学研究所
实验室Robert Schneider
后基因组生物学的主要目标之一是了解共价蛋白质修饰的分子基础和生理作用。我们使用组蛋白和“组蛋白代码”作为模型来研究多位点蛋白质修饰。我们的目的是识别新的修饰，破译这些修饰是如何表观遗传的，以及它们如何调节基因表达和染色质结构。目前研究得最好的多位点蛋白质修饰实例是组蛋白。组蛋白（和其他染色质相关）修饰的复杂性和多样性在很大程度上增加了基因组存储和处理信息的能力。我们目前才刚刚开始了解这种表观遗传信息对生物学和疾病的许多影响。虽然组蛋白修饰是否形成真正的“密码”仍在讨论中，但现已确定，组蛋白修饰和与特定修饰结合的蛋白质复合体的变化涉及真核细胞中大多数（如果不是全部）基因的调控。因此，研究染色质修饰的意义远远超出了染色质研究领域，因为修饰模式的变化可能会影响所有生物过程。
教授、博士。蒂尔曼·博格列夫（2005-2012）
目前隶属关系：德国吉森Justus Liebig大学
蒂尔曼·博格列夫实验室
血细胞发育的转录调控。启动基因转录的决定是在发育过程中调节其表达并对生理和环境刺激作出反应的关键控制点。了解基因表达的机制对理解发育、细胞转化和许多其他细胞过程具有重要意义。我实验室的重点是研究小鼠血细胞发育（造血）的转录调控。特别是，我们希望进一步了解辅激活物和辅抑制物复合物的生理意义和功能。
em.教授Dr。玛丽娜·弗洛伊登伯格（1981-2012）
退休 了
实验室的主要兴趣是阐明细菌内毒素（LPS）和其他细菌成分的生物活性的机制，这些成分在先天免疫系统微生物识别中的作用，以及这些成分的活性可以改变的条件。特别令人感兴趣的是感染诱导的LPS超敏反应及其在先天免疫反应和防御入侵病原体中的作用。对脂多糖的敏感性由小鼠4号染色体上的一个位点决定，该位点被命名为脂多糖基因。该基因的突变导致对脂多糖的致死和其他生物效应无反应。1998年底，在我们小组的参与下，lps基因及其产物被鉴定为toll样受体4（TLR4），这将内毒素研究和微生物产物领域的突破带入了一个新时代。自从发现TLR4以来，已经鉴定出十种不同的TLR作为微生物成分的信号受体。这使得进一步研究与先天免疫系统细胞激活有关的信号通路成为可能。
教授、博士。沃尔夫冈·沙梅尔（2002-2012）
现任附属机构：弗莱堡大学生物学院生物III
沃尔夫冈·沙梅尔实验室
我们的兴趣是病原体激活T淋巴细胞的分子机制。我们开发了新的生化技术，用于大规模鉴定和分析多蛋白复合物（定量蛋白质组学、系统生物学）。这些方法用于定义抗原TCR信号级联中随时间和空间变化的蛋白质复合物。我们通过显示不同大小的配合物共存于细胞膜上，确定了TCR化学计量比。有趣的是，它们在T细胞激活中起着不同的作用。我们已经检测到配体结合诱导的TCR构象变化，这与TCR聚集是T细胞激活所必需的。我们新的TCR触发的“允许几何模型”将迄今为止不可调和的发现统一为TCR亚基的晶体学数据、配体（MHC肽）的几何结构研究细胞表面多聚体TCR的存在以及自身肽MHC在T细胞激活中的作用。阻断构象变化的效应器，使我们能够抑制T细胞的激活。因此，这种机制可以治疗自身免疫性疾病。最后，我们研究人类CD3gamma-缺陷。我们已经开发出了一种人源化CD3gamma缺陷小鼠菌株，它显示出与人类患者相同的缺陷，现在用于详细研究这种疾病。
