Web服务

概述

本页描述了我们的REST web服务，这些服务旨在提供对《药物学指南》中数据的计算访问。web服务目前提供JSON文件，但我们将在未来扩展选项范围。您可以检索家族、目标、基因、配体、交互作用和文本注释。

GtoPdb web服务的基本URL(基本url)是https://www.guidetopharmacology.org/services网站/并指向web服务API的当前版本。API将按照正常的数据库发布周期进行更新，以根据需要适应新的数据类型。

可以通过附加下表中给出的URL的正确部分来访问特定服务。可以通过添加问号来包含可选参数(?)到服务名称的末尾，并用与号分隔参数(&)，例如。https://www.guidetopharmacology.org/services/targets/290/interactions？affinityType=pKi&species=Human。用户可以在GtoPdb Web服务输出描述文件

《药理学指南》数据库根据开放数据共享开放数据库许可证（ODbL）其内容根据Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0国际许可.

更多信息可通过以下方式获得给我们发电子邮件。我们特别希望听到使用web服务的人们的反馈。

2.0版

我们的web服务的第二个版本发布于2017年3月23日并包含新交互web服务，返回可按目标/配体类型、亲和力等筛选的目标-配体对列表，以及参考web服务，可以通过id或完整的交互引用集检索引用。对访问特定靶点和配体相互作用的方式也有一些小的改变，新的过滤选项和结果的简化使得只返回一个相互作用列表，而不是将相同类型的相互作用组合在一起。我们还改进了访问许多web服务的速度（尽管需要注意的是，检索数千个结果的大列表确实需要几秒钟以上的时间）。我们还引入了一种基本的匿名跟踪机制来统计点击次数，以便更好地监控使用情况并通知未来的发展（这不会记录任何有关客户端的信息）。

Python包装器

皮戈托普为web服务提供了Python接口，该接口在上可用github。提供完整的文档在这里。Python包装器是作为另一个项目的一部分创建的，没有得到积极维护，但是请给我们发电子邮件如果您有任何问题或错误报告，我们将尽力提供帮助。

目标web服务

服务统一资源定位地址参数
目标列表｛base_url｝/目标
类型（可选）：目标类别缩写，即“GPCR”、“NHR”、“LGIC”、“VGIC”、“OtherIC”、”酶“、”催化受体“、”转运蛋白“、”其他蛋白质“、”辅助蛋白质“
名称（可选）：按名称搜索目标
基因符号（可选）：人类、小鼠或大鼠基因符号
ec编号（可选）：酶委员会（EC）编号
加入，加入（可选）：外部数据库登录号或Id
数据库（可选）：与登录号相关的数据库的名称*（默认值=UniProt）
免疫的（可选）：根据目标是否在GtoImmuPdb中标记来筛选目标（true或false）
疟疾（可选）：根据配体在GtoMPdb中是否被标记来筛选配体（true或false）
单个目标{base_url}/targets/{targetId}
目标ID：GtoPdb目标Id
目标系列列表{base_url}/目标/系列
类型（可选）：上述目标类缩写
名称（可选）：按名称搜索族
单身家庭{base_url}/targets/families/{familyId}
家庭Id：GtoPdb系列Id
组成亚单位｛base_url｝/targets/｛targetId｝/子单元
复合物{base_url}/targets/{targetId}/复合体
同义词{base_url}/targets/{targetId}/同义词
基因和蛋白质信息{base_url}/targets/{targetId}/geneProtein信息
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
数据库链接{base_url}/targets/{targetId}/databaseLinks
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
数据库（可选）：要检索链接的数据库的名称*
天然/内源性配体{base_url}/targets/{targetId}/自然配体
互动{base_url}/targets/{targetId}/交互
类型（可选）：配体作用的类型，即“激活剂”、“激动剂”、“变构调节剂”、“拮抗剂”、“抗体”、“通道阻断剂”、“门控抑制剂”、“抑制剂”、“亚单位特异性”
亲和力参数（可选）：“pA2”、“pEC50”、“pIC50”、《pKB》、“pKd”、“p Ki”之一
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
密切关系（可选）：返回的结果必须具有大于此值的相关性，例如7.5。
配体类型（可选）：配体类别，“合成有机”、“代谢物”、“天然产物”、“内源性肽”、“肽类”、“抗体”、“无机”、“标记”、“INN”之一
已批准（可选）：布尔值，表示相互作用是否仅针对批准的药物
主要目标（可选）：布尔值，指示结果是否只应包括目标标记为主要目标的交互
配体和其他活化剂的排序表｛base_url｝/targets/｛targetId｝/rankOrder
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
这些列表可以包含底物、内源性配体和其他非化学活化剂（pH、热量等）的详细信息。描述字段描述列表，属性字段列出配体
功能{base_url}/targets/{targetId}/function
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
组织分布{base_url}/targets/{targetId}/tissueDistribution（基本url）
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
功能测定{base_url}/targets/{targetId}/functionalAssay
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
基因表达与病理生理学{base_url}/targets/{targetId}/geneExpression病理生理学
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“老鼠”等。
改变基因表达的生理后果{base_url}/targets/{targetId}/alteredExpression
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
影响基因表达的异种生物{base_url}/targets/{targetId}/xenobiocsGeneExpression
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
临床相关突变和病理生理学{base_url}/targets/{targetId}/病理生理学
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
疾病{base_url}/targets/{targetId}/疾病
变体{base_url}/targets/{targetId}/变体
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
PDB结构{base_url}/targets/{targetId}/pdb结构
相关蛋白{base_url}/targets/{targetId}/相关蛋白质
离子选择性{base_url}/targets/{targetId}/ionSelectivity
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
离子电导{base_url}/targets/{targetId}/ion电导
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
离子通道电压依赖性{base_url}/targets/{targetId}/voltageDependency（基础url）
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“老鼠”等。
GPCR转导机制{base_url}/targets/{targetId}/转导
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
NHR约束合作伙伴{base_url}/targets/{targetId}/bindingPartners
NHR联合监管机构{base_url}/targets/{targetId}/coregulators
NHR靶基因{base_url}/targets/{targetId}/target基因
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
NHR DNA结合序列{base_url}/targets/{targetId}/dna绑定
酶反应{base_url}/targets/{targetId}/反应
基板{base_url}/targets/{targetId}/subscripts
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
产品{base_url}/targets/{targetId}/products
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
辅因子{base_url}/targets/{targetId}/辅因子
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
目标评论{base_url}/targets/{targetId}/comments
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
数据库（可选）：要检索链接的数据库的名称*
免疫学过程｛base_url｝/targets/｛targetId｝/免疫过程
免疫细胞类型{base_url}/targets/{targetId}/免疫细胞类型
目标贡献作者{base_url}/targets/{targetId}/贡献者
家庭贡献作者{base_url}/targets/families/{familyId}/contributors
家庭NC-IUPHAR小组委员会{base_url}/targets/families/{familyId}/子委员会
系列概述{base_url}/targets/families/{familyId}/overview
家庭意见｛base_url｝/targets/家族/｛familyId｝/注释
家庭介绍{base_url}/targets/families/{familyId}/introduction
引言贡献作者{base_url}/targets/families/{familyId}/introduction/contributors

配体web服务

服务统一资源定位地址参数
配体列表{base_url}/配体
类型（可选）：配体类型，“合成有机”、“代谢物”、“天然产物”、“内源性肽”、“肽”、”抗体“、”无机“、”批准“、”撤回“、”标记“、”INN“之一
名称（可选）：按名称搜索配体
基因符号（可选）：人类、小鼠或大鼠基因符号
加入，加入（可选）：外部数据库登录号或Id
数据库（可选）：与登录号相关的数据库的名称*（默认值=PubChemCID）
英奇基（可选）：配体的InChIKey或主干匹配（其他异构体）只提供主干部分（前14个字符）
lipinskyGt和lipinsky Lt（可选）：Lipinsky规则被打破次数的上下切割
logpGt和logpLt（可选）：LogP的下部和上部切口
摩尔重量Gt和摩尔重量Lt（可选）：分子量的上下切口
hBondAcceptorsGt和hBondAcceptorsLt（可选）：氢键受体数量的上下切割
hBondDonorsGt和hBondDonorsLt（可选）：氢键供体数量的下限和上限截止值
可旋转债券Gt和可旋转债券Lt（可选）：可旋转键数量的上下切口
tpsaGt和tpsaLt（可选）：拓扑极曲面区域的上下切割
免疫的（可选）：根据配体在GtoImmuPdb中是否被标记来筛选配体（true或false）
疟疾（可选）：根据配体在GtoMPdb中是否被标记来筛选配体（true或false）
抗菌的（可选）：根据配体是否标记为抗菌（对或错）过滤配体
精确匹配结构搜索{base_url}/配体/精确
微笑：要搜索的SMILES字符串
下部结构搜索{base_url}/配体/子结构
微笑：要搜索的SMILES字符串
lipinskyGt和lipinsky Lt（可选）：Lipinsky规则被打破次数的上下切割
logpGt和logpLt（可选）：LogP的下部和上部切口
摩尔重量Gt和摩尔重量Lt（可选）：分子量的上下切口
hBondAcceptorsGt和hBondAcceptorsLt（可选）：氢键受体数量的上下切割
hBondDonorsGt和hBondDonorsLt（可选）：氢键供体数量的下限和上限截止值
旋转键Gt和旋转键Lt（可选）：可旋转键数量的上下切口
tpsaGt和tpsaLt（可选）：拓扑极曲面区域的上下切割

结构相似性搜索		{base_url}/配体/相似性
微笑：要搜索的SMILES字符串
相似性Gt（可选）：相似性百分比的下限（使用小数，即80%=0.8）
lipinskyGt和lipinsky Lt（可选）：Lipinsky规则被打破次数的上下切割
logpGt和logpLt（可选）：LogP的下部和上部切口
摩尔重量Gt和摩尔重量Lt（可选）：分子量的上下切口
hBond接受方Gt和hBond接受方Lt（可选）：氢键受体数量的上下切割
hBondDonorsGt和hBondDonorsLt（可选）：氢键供体数量的下限和上限截止值
旋转键Gt和旋转键Lt（可选）：可旋转键数量的上下切口
tpsaGt和tpsaLt（可选）：拓扑极曲面区域的上下切割
配体家族/基团列表{base_url}/配体/家族
名称（可选）：按名称搜索族/组
单一配体｛base_url｝/配体/｛ligandId｝
配体Id：GtoPdb配体Id
图像文件的路径{base_url}/ligands/{ligandId}/image
配体结构{base_url}/ligands/{ligandId}/structure
组成亚单位{base_url}/配体/{ligandId}/亚单位
复合物{base_url}/ligands/{ligandId}/复合物
前体（内源性肽）{base_url}/配体/{ligandId}/前体
分子特性（非肽）{base_url}/配体/{ligandId}/分子属性
同义词{base_url}/ligands/{ligandId}/同义词
数据库链接{base_url}/ligands/{ligandId}/databaseLinks
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
数据库（可选）：要检索链接的数据库的名称*
互动{base_url}/ligands/{ligandId}/交互
类型（可选）：交互作用的类型，即“激活剂”、“激动剂”、‘变构调节剂’、‘拮抗剂’、“抗体”、“通道阻滞剂”、'门控抑制剂'、“抑制剂”、“亚单位特异性”
亲和力参数（可选）：“pA2”、“pEC50”、“pIC50”、《pKB》、“pKd”、“p Ki”之一
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
密切关系（可选）：返回的结果必须具有大于此值的相关性，例如7.5。
作为目标（可选）：布尔值，指示此配体Id是否应被视为其他配体（例如抗体）的相互作用目标（默认值=true）
作为配体（可选）：布尔值，指示是否应将此配体Id视为与其他目标相互作用的配体（默认值=true）
目标类型（可选）：目标类别的名称，即“GPCR”、“NHR”、“LGIC”、“VGIC”、“OtherIC”、”酶“、”催化受体“、”转运蛋白“、”其他蛋白质“
主要目标（可选）：布尔值，指示结果是否只应包括标记为主要目标的交互
目标配体的秩序列表{base_url}/ligands/{ligandId}/rankOrder
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
配药意见和临床使用信息｛base_url｝/配体/｛ligandId｝/注释

交互web服务

服务统一资源定位地址参数
互动列表{base_url}/交互
类型（可选）：配体作用的类型，即“激活剂”、“激动剂”、”变构调节剂“、”拮抗剂“、“抗体”、“通道阻滞剂”、‘门控抑制剂’、“抑制剂”、“亚单位特异性”
亲和力参数（可选）：“pA2”、“pEC50”、“pIC50”、《pKB》、“pKd”、“p Ki”之一
物种（可选）：物种通用名称，例如“人类”、“老鼠”、“鼠”等。
疟原虫种类（可选）：物种简称，例如For恶性疟原虫使用“Pf”；对于间日疟原虫使用“Pv”；对于诺氏疟原虫使用“Pk”；对于P.berghei博士使用“Pb”；对于食蟹猴使用“Pc”；对于约埃利P使用“Py”
密切关系（可选）：返回的结果必须具有大于此值的相关性，例如7.5。
配体类型（可选）：配体类别，“合成有机”、“代谢物”、“天然产物”、“内源性肽”、“肽类”、“抗体”、“无机”、“标记”、“INN”之一
已批准（可选）：布尔值，表示相互作用是否仅针对批准的药物
主要目标（可选）：布尔值，指示是否只应将目标标记为主要目标
目标类型（可选）：目标类别的名称，即“GPCR”、“NHR”、“LGIC”、“VGIC”、“OtherIC”、”酶“、”催化受体“、”转运蛋白“、”其他蛋白质“
结构搜索类型（可选）：执行基于配体结构的搜索，“相似性”（如果提供了SMILES，则为默认值）、“子结构”或“精确”之一
微笑（可选）：要搜索的SMILES字符串
相似性Gt（可选）：相似性百分比的下限（默认值=0.85）
英奇基（可选）：使用InChIKey执行配体结构搜索，或者对于主干匹配（其他异构体），只提供主干部分（前14个字符）
注意：结果被格式化为目标和交互对摘要，这些摘要链接到各个交互。
单一交互{base_url}/interactions/{interactionsId}
交互ID：GtoPdb交互Id

疾病web服务

服务统一资源定位地址参数
疾病清单{base_url}/疾病
名称（可选）：按名称搜索疾病
同义词（可选）：专门搜索疾病同义词
数据库（可选）：与登录号相关的数据库的名称*（默认值=OMIM）
加入，加入（可选）：外部数据库登录ID或编号注意，这应该与数据库参数结合使用。
单一疾病｛base_url｝/疾病/｛疾病ID｝
疾病ID：GtoPdb疾病Id
与疾病相关的目标{base_url}/diseases/{diseaseId}/disease目标
疾病ID：GtoPdb疾病Id
与疾病相关的配体{base_url}/diseases/{diseaseId}/disease配体
疾病ID：GtoPdb疾病Id
已批准（可选）：设置为“true”以限制为仅批准的配体。注意，省略此选项或设置为false将返回所有配体

参考web服务

服务统一资源定位地址参数
参考文献列表{base_url}/refs
滤波器（可选）：引用列表的过滤器，当前支持“interactions”，它返回与target-ligand交互关联的所有引用的列表
警告：完整的参考列表（>30000个参考）加载速度非常慢。
单一参考{base_url}/refs/{referenceId}
参考ID：GtoPdb引用Id

示例

这些是web服务的几个示例用例。

  1. 使用Ensembl基因Id ENSG0000097007检索目标：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/targets？accession=ENSG0000097007&database=EnsembGene
  2. 检索由HGNC基因符号CATSPER4编码的目标：
    https://www.guidetopharmacolology.org/services/targets？geneSymbol=CATSPER4（网址：http://www.guidetopharmacolology.org/services/targets？geneSymbol=CATSPER4）
  3. 搜索名为HER3的目标：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/targets？name=HER3
  4. 找出5-HT的亚单位三AB（目标Id 378）：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/targets/378/subunits网站
  5. 用p寻找GPER激动剂（靶点Id 221）K（K）我>= 7:
    https://www.guidetopharmacology.org/services/targets/221/interactions？type=Agonist&affinityType=pKi&affinity=7
  6. 检索所有批准的药物：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/ligands？type=Approved
  7. 查找他莫昔芬（配体Id 1016）的同义词：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/ligands/1016/synonyms网站
  8. 找到与结构CC（CN（C）C）CN1c2ccccc2Sc2ccccc12至少80%相似的配体：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/ligands/similarity？smiles=CC（CN（C）C）CN1c2cccc2Sc2cccc12和相似性Gt=0.8
  9. 找到具有子结构Nc1cnc（Cl）c（N）n1的配体，并计算0到2之间的LogP：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/ligands/substructure？smiles=Nc1cnc（Cl）c（N）n1&logpGt=0&logpLt=2
  10. 找到所有pK（K）我GPCR上批准药物的相互作用数据：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/interactions？affinityType=pki&approved=true&targetType=GPCR
  11. 使用映射的OMIM数据库ID检索所有疾病：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/diseases？database=OMIM
  12. 检索映射到疾病本体ID 6688（自身免疫淋巴增殖综合征）的所有疾病：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/diseases？database=DOID&accession=6688
  13. 检索数据库中标记的与免疫药理学相关的所有靶标（GtoImmuPdb）：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/targets？immuno=true
  14. 检索数据库中标记的与免疫药理学相关的所有配体（GtoImmuPdb）：
    https://www.guidetopharmacology.org/services/ligands？type=immunoma
  15. 检索疟原虫物种的所有交互数据间日疟原虫:
    https://www.guidetopharmacology.org/services/interactions？species=Pv

数据库

*这是按登录号搜索目标或配体时要使用的数据库名称列表。有关这些数据库的更多信息，请参阅帮助页.

数据库GtoPdb中的数据库名称靶或配体
绑定亲和力的BindingDB数据库绑定数据库配体
BitterDB苦味化合物数据库比特数据库目标
BRENDA酶反应数据库布伦达配体
CAS注册号中国科学院配体
生物感兴趣的化学实体（ChEBI）中国电子商务研究院配体
ChEMBL药物化学数据库ChEMBL公司目标配体（&L）
NCBI短基因变异数据库（dbSNP）数据库SNP目标
疾病本体论美国国防部疾病
药物数据库药物数据库目标配体（&L）
集合基因EnsemblGene公司目标配体（&L）
集合蛋白质集合蛋白目标
合奏成绩单合奏成绩单目标
NCBI Entrez基因EntrezGene公司目标配体（&L）
GPCRDB公司GPCRDB公司目标
人类代谢组数据库（HMDB）HMDB公司配体
人类基因名称HGNC数据库HGNC公司目标
治疗性单克隆抗体IMGT/mAb-DB数据库IMGT公司配体
LIPID MAPS脂质体网关脂质图配体
MEROPS肽酶数据库MEROPS公司目标
小鼠基因组信息学管理信息目标
核受体信号图谱南非国家大学目标配体（&L）
人类孟德尔在线遗传（OMIM）OMIM公司靶点、配体和疾病
罕见疾病孤儿数据库孤儿目标和疾病
NCBI蛋白质数据库GI编号蛋白质GI目标配体（&L）
蛋白质数据库（PDB）偏微分方程配体
PubChem化合物Id（CID）公共化学CID配体
NCBI RefSeq核苷酸RefSeq核苷酸目标配体（&L）
NCBI RefSeq蛋白RefSeq蛋白质目标配体（&L）
大鼠基因组数据库RGD公司目标
UniProtKB蛋白质资源UniProtKB目标配体（&L）
UniProtKB变体数据库UniProtVariant公司目标

HTTP响应代码

这是GtoPdb web服务可以返回的特定HTTP响应错误代码及其含义的列表。

HTTP响应代码含义描述
204没有内容空页面和204无内容响应通常意味着给定URL没有可显示的结果（即请求的数据库表中没有数据）。
303参见其他重定向到请求数据的另一个位置（例如，配体图像的路径）。
404找不到找不到具有该地址的资源或具有给定标识符的实体（如配体）。