正如2013年介绍的那样,我们为用户提供了一系列从文献中提取的属性化目标列表,作为补充数据或从各种数据库下载。虽然我们注意到这些已经看到了一些过去的用户流量,但我们决定不定期更新它们(就像我们对自己数据库的每个版本所做的那样)。这主要是因为越来越多的集合使得很难跟上新版本。任何对以下内容的更新特别感兴趣但可能对就地下载,欢迎联系我们。
列入这些清单的标准是人类蛋白质的药物靶点覆盖率。然而,正如下面的元数据所解释的那样,列表之间的确切定义有所不同。这包括不同的术语(例如“成功”、“批准”或“已证实”)。主要靶点(约1:1药物:蛋白质)与次要或亚单位映射(1:多)也存在差异。
有许多实用程序可以探索,但您可能会考虑以下两个:a)遵循数据库链接,b)比较它们的交叉点(蛋白质ID的共同点)和差异点(特定列表或子集特有的蛋白质ID)。这显然延伸到与您在自己或其他已发表的工作过程中生成的列表(例如,表达数据或疾病关联基因候选)的比较。我们很有兴趣听取您的意见:a)您认为哪些其他实用程序有价值;b)您建议包含的其他最近发布的目标列表。如果您有一个未发表但公开出处的新列表(例如无花果),我们很乐意考虑这一点。显然,我们最终可能需要限制我们的主机数量,但新的主机可能会取代旧的列表。
我们的元数据描述是最少的,因为上下文是在相应数据库的参考和/或下载描述中提供的。这些列表是UniProtKB、HGNC和ChEMBL实时链接的Excel表。您应该能够从这三个入口点访问大多数其他来源。此外,如果将UniProtKB列表粘贴到ID映射界面中,则可以通过布尔选择或查询后显示选项选择不同的相交。
首先将非UniProtKB登录列表归一化为这些列表(例如,人类基因命名委员会(HGNC)符号或Entrez基因ID(EGID)到UniProt知识库的映射)。然后将它们过滤到人和瑞士Prot(即删除任何TrEMBL条目),并过滤到批准的药物靶点(如果这是原始列表中的一个选项)。在这种情况下,我们托管的列表因此成为主要来源的转换,而不是直接传真。鉴于这种ID交叉映射并不完美;我们不能保证它们绝对正确。然而,我们的版本是真诚提供的,在任何情况下都可以获得原件。如果您需要任何特定列表的交叉映射详细信息,欢迎访问联系我们.
如果您不熟悉蛋白质列表“切片和切丁”,我们建议您:
Excel工作表的属性和简要说明:
- 当前的列表UniProtKB中的药物学交叉引用指南。请注意,这些是2017与~9800种配体(包括批准的药物、研究化合物以及内源性配体)有定量相互作用的蛋白质(来自人类、小鼠和大鼠三个物种),映射到GtoPdb目标标识符。这不包括来自屏幕的数据。下载列表[选项卡分隔的文件].
或者,单击此处获取GtoPdb中所有3个物种的目标的完整列表,其中包含注释的UniProtKB/SwissProt登录。
- 补充数据来自“可药基因组:临床试验中药物靶点的评估表明分子类别和适应症发生了重大变化”(2013)[PMID:24016212]. 综合清单包括461批准药物的靶点。下载列表
- 论文中的三方共识列表“比较ChEMBL、DrugBank、人类代谢组数据库和治疗靶点数据库的化学结构和蛋白质含量”(2013年)[摘要]. 这个352是三个药物数据库中常见的蛋白质。下载列表
- 这个治疗靶点数据库(2013年10月18日4.3.02版)成功靶点的蛋白质ID(下载自在这里). 网页上有388条,但减少到345人类Swiss-Prot材料。下载列表
- ChEMBL公司(2013年8月17日发布)包括一个下载选项药物靶点。此已转换为251人类Swiss Prot材料,但注意到这并不包括来自目标群体的额外蛋白质ID。下载列表
- 补充数据来自“制药行业目标领域的新颖性”(2013)[PMID:23903214]. 已证明的目标列表转换为248人类Swiss-Prot材料。下载列表
- 补充数据来自“从药物发现文献和专利中提取的体外生物活性数据分析:通过分析化合物和分子支架对1654个人类蛋白靶点进行排名”(2011年)[PMID:21569515]. 由于包含了复合计数,因此原始下载内容将作为工作表包含在内。在这种情况下,Entrez基因ID被映射到1651人类Swiss-Prot材料,但这包括批准和研究目标。下载列表
- DrugBank 3.0版下载与已知药理作用药物的作用机制直接相关的蛋白质ID。发布日期是2011年,但2013年的下载产生了621人工Swiss-Prot接入(2013年12月,4.0版下载可用时,此功能将被取代)。下载列表
- 补充数据来自“开发新药物靶点的趋势”(2011)[PMID:21804595]. 清单包括438人类Swiss Prot材料,但请注意,这项研究已在PMID:24016212中更新(列表1)。下载列表