总管氧化还原酶/氧化还原酶抑制剂21-DEC-18 6NGE人神经一氧化氮合酶R354A/G357D突变体的标题结构标题2与6-(2,3-二氟-5-(3-(甲氨基)丙基-1复合物中的血红素结构域-标题3 YN-1-YL)苯酚)-4-甲基吡啶-2-胺压缩机模具ID:1;化合物2分子:一氧化氮合酶,脑;压缩机3链条:A、B;化合物4碎片:UNP残留物302-722;COMPND 5同义词:组成型NOS,NC-NOS,NOSⅠ型,神经元NOS,NNOS,化合物6肽基半胱氨酸S-亚硝化酶NOS1,BNOS;压缩机7 EC:1.14.13.39;压缩机8工程:是;COMPND 9突变:是源MOL_ID:1;来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS;来源3有机物常见:人类;来源4 ORGANISM_TAXID:9606;来源5器官:脑;来源6基因:NOS1;来源7表达_系统:大肠杆菌BL21(DE3);来源8 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:469008;来源9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE:血浆;来源10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID:PCWORIKEYWDS一氧化氮合酶、抑制剂复合物、血红素酶、,KEYWDS 2氧化还原酶-氧化还原酶抑制剂复合物EXPDTA X射线衍射作者H.LI,T.L.POULOS修订版4 2013年10月11日第1次备注修订版3 2019年12月4日第1次备注修订版2 2019年3月27日NGE 1 JRNL修订版1 2016年3月13日第0版JRNL AUTH H.T.DO、H.LI、G.CHREIFI、T.L.POULOS、R.B.SILVERMAN有势血脑屏障渗透性的JRNL优化JRNL TITL 2与选择性人神经一氧化氮合酶具有2-氨基吡啶支架的JRNL TITL 3抑制剂。JRNL参考医学化学杂志。V.62 2690 2019年JRNL参考ISSN 1520-4804JRNL PMID 30802056JRNL DOI 10.1021/ACS。jmed方案8B02032备注2备注2决议。2.10愤怒。备注3备注3精炼。备注3程序:PHENIX(1.11.1-2575_1496:??)备注3作者:保罗·亚当斯(PAUL ADAMS)、帕夫尔·阿福宁(PAVEL AFONINE)、陈文森特(VINCENT CHEN)、伊恩(IAN)备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、,备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、,备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、,备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、,备注3:大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、,备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3精炼目标:空备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高(安):2.10备注3分辨率范围低(安):68.01备注3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS):0.180备注3范围完整性(%):99.7备注3反射次数:61570备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值(工作+测试集):0.174备注3 R值(工作集):0.172备注3自由R值:0.217备注3自由R值测试集大小(%):4.880备注3自由R值测试集计数:5706备注3备注3:符合炼油厂使用的数据(在箱子中)。备注3 BIN分辨率范围COMPL。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 68.0449-6.5303 1.00 3734 161 0.1528 0.1766备注3 2 6.5303-5.1839 1.00 3749 186 0.1440 0.1651备注3 3 5.1839-4.5288 1.00 3736 192 0.1168 0.1466备注3 4 4.5288-4.1148 1.00 3710 179 0.1234 0.1431备注3 5 4.1148-3.8199 1.00 3705 202 0.1287 0.2086备注3 6 3.8199-3.5947 1.00 3720 217 0.1385 0.1734备注3 7 3.5947-3.4146 1.00 3723 196 0.1498 0.1980备注3 8 3.4146-3.2660 1.00 3666 191 0.1529 0.1894备注3 9 3.2660-3.1403 1.00 3738 180 0.1634 0.2272备注3 10 3.1403-3.0319 1.00 3788 185 0.1740 0.2613备注3 11 3.0319-2.9371 1.00 3701 189 0.1722 0.2324备注3 12 2.9371-2.8532 1.00 3746 185 0.1789 0.2135备注3 13 2.8532-2.7780 1.00 3721 177 0.1812 0.2181备注3 14 2.7780-2.7103 1.00 3754 159 0.1867 0.2300备注3 15 2.7103-2.6487 1.00 3729 197 0.1989 0.2553备注3 16 2.6487-2.5923 1.00 3684 205 0.1965 0.2644备注3 17 2.5923-2.5404 1.00 3695 192 0.1973 0.2718备注3 18 2.5404-2.4925 1.00 3674 194 0.2067 0.2416备注3 19 2.4925-2.4480 1.00 3749 229 0.2066 0.2523备注3 20 2.4480-2.4065 1.00 3701 199 0.2166 0.2623备注3 21 2.4065-2.3677 1.00 3664 200 0.2197 0.2892备注3 22 2.3677-2.3312 1.00 3773 218 0.2297 0.2479备注3 23 2.3312-2.2969 1.00 3704 184 0.2310 0.2934备注3 24 2.2969-2.2646 1.00 3712 192 0.2398 0.3592备注3 25 2.2646-2.2340 1.00 3754 176 0.2536 0.2535备注3 26 2.2340-2.2050 1.00 3701 182 0.2596 0.3398备注3 27 2.2050-2.1774 1.00 3724 185 0.2572 0.2938备注3 28 2.1774-2.1512 1.00 3746 168 0.2789 0.3244备注3 29 2.1512-2.1261 1.00 3707 176 0.3176 0.3895备注3 30 2.1261-2.1023 0.93 3420 210 0.3201 0.3654备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法:空备注3溶剂半径:1.11备注3收缩半径:0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL:空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差(基于最大似然):0.250备注3相位误差(基于最大似然度):25.320备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3(A**2):空备注3平均B值(总体,A**2):空备注3总体各向异性B值。备注3 B11(A**2):空备注3 B22(A**2):空备注3 B33(A**2):空备注3 B12(A**2):空备注3 B13(A**2):空备注3 B23(A**2):空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数:空备注3运算符:空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3保函:0.006 7120备注3角度:0.943 9691备注3手性:0.050 1000备注3平面度:0.005 1223备注3 DIHEDRAL:18.176 4156备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数量:2备注3 TLS组:1备注3选择:(链A和树脂302:722)备注3组(A)的来源:117.4364 247.0099 359.4390备注3 T张力备注3 T11:0.1418 T22:0.2022备注3 T33:0.2064 T12:-0.0067备注3 T13:0.0318 T23:0.0384备注3L张量备注3 L11:0.7459 L22:0.8673备注3 L33:2.0444 L12:-0.2064备注3 L13:0.0142 L23:0.2263备注3张力备注3 S11:0.0034 S12:-0.0220 S13:0.0204备注3 S21:-0.0365 S22:-0.0477 S23:-0.0214备注3 S31:0.1185 S32:0.1210 S33:0.0450备注3 TLS组:2备注3选择:(链B和树脂304:722)备注3组起源(A):116.0237 245.7396 322.2134备注3 T张量备注3 T11:0.2138 T22:0.2857备注3 T33:0.2457 T12:0.0149备注3 T13:0.0237 T23:-0.0309备注3 L张力备注3 L11:0.6006 L22:0.8243备注3 L33:3.2755 L12:-0.1645备注3 L13:-0.1886 L23:0.2774备注3张力备注3 S11:0.0546 S12:0.0827 S13:-0.0130备注3 S21:-0.0492 S22:-0.0554 S23:0.0663备注3 S31:-0.0204 S32:-0.2219 S33:-0.0004备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数:空备注3备注3其他精炼备注:空备注4备注4 6NGE符合格式V.3.30,2011年7月13日备注100备注100本条目已由RCSB于19年1月3日处理。备注100存款ID为D_1000236905。备注200备注200实验细节备注200实验类型:X射线衍射备注200数据收集日期:2017年11月4日备注200温度(开尔文):100备注200 PH:7.2备注200使用的晶体数量:1备注200备注200同步器(是/否):是备注200辐射源:ALS备注200光束线:8.2.2备注200 X射线发生器型号:空备注200单色或LAUE(M/L):M备注200波长或范围(A):1.000备注200单色仪:双晶体SI(111)备注200光学:镜子备注200备注200探测器类型:CCD备注200探测器制造商:ADSC QUANTUM 315R备注200强度集成软件:MOSFLM备注200数据缩放软件:无人机备注200备注200独特反射次数:61687备注200分辨率范围高(A):2.102备注200分辨率范围低(A):69.000备注200拒绝标准(SIGMA(I)):-3.000备注200总体评论200。备注200范围(%)的完整性:99.7备注200数据冗余:10.50备注200 R合并(I):0.25400备注200 R SYM(I):0.25400备注200对于数据集:7.2000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳,范围高(A):2.10备注200最高分辨率外壳,范围低(A):2.19备注200壳体完整性(%):96.4在外壳中备注200数据冗余:6.60备注200 R壳体合并(I):2.63900壳体(I)备注200 R SYM:2.63900备注200外壳:0.700备注200备注200衍射协议:单波长备注200用于确定结构的方法:福利尔合成备注200使用的软件:REFMAC备注200起始型号:PDB条目5AD7备注200备注200备注:板材备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS(%):55.20备注280马修斯系数,VM(埃**3/DA):2.74备注280备注280结晶条件:8%PEG3350,35 MM柠檬酸,65 MM备注280双三异丙烷、10%甘油、5 MM TCEP、PH7.2、蒸汽备注280扩散,坐滴,温度277K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子:P 21 21 21备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X+1/2,-Y,Z+1/2备注290 3555-X,Y+1/2,-Z+1/2备注290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z备注290备注290,其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录,以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 26.17000备注290平方米2 0.000000-1.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.00000082.21250备注290 SMTRY1 3-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 60.52250备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 82.21250备注290平方米1 4 1.000000 0.000000 0.000000 26.17000备注290 SMTRY2 4 0.000000-1.000000.00000 60.52250备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注:空备注300备注300生物分子:1备注300有关作者提供的和/或程序,请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注:给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子:1备注350作者确定的生物单位:DIMERIC备注350软件确定的四元结构:DIMERIC备注350使用的软件:PISA备注350总埋地面积:9580安**2备注复合体的350表面积:33630安**2备注350无溶剂能量变化:-85.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条:A、B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物未位于备注465实验。(M=型号;RES=剩余名称;C=链条备注465标识符;SSSEQ=序列号;I=插入代码。)备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 GLN A 345备注465 HIS A 346备注465 ALA 347备注465参数A 348备注465 ARG A 349备注465 PRO A 350备注465 GLU A 351备注465 CYS B 302备注465 PRO B 303备注465 GLN B 345备注465 HIS B 346备注465 ALA B 347备注465 ARG B 348备注465 ARG B 349备注465 PRO B 350备注465 GLU B 351备注465 ASP B 352备注465 VAL B 353备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题:同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 O HOH A 1190 O HOH A1219 2.06备注500 OE2 GLU A 312 O HOH A 901 2.16备注500 O HOH A 1164 O HOH A1230 2.16备注500 O HOH B 1088 O HOH B1104 2.17备注500备注500备注:空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题:扭转角备注500备注预期RAMACHANDRAN区域外的500个扭转角:备注500(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注500 SSEQ=序列号;I=插入代码)。备注500备注500标准表:备注500格式:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)备注500备注500个预期值:GJ KLEYWEGT和TA JONES(1996)。PHI/PSI-记下500首合唱:拉马钱德朗重审。结构4,1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 GLU A 314-1.60 70.40备注500 PRO A 343-156.87-72.20备注500 SER A 397 14.59 59.80注释500 THR A 471-87.84-113.65备注500 CYS A 587 59.30-145.27备注500 ARG A 608-132.35-118.47注释500 THR B 326-23.57-140.11备注500 ARG B 376 39.96-141.16注释500 THR B 471-74.72-112.34备注500 ASP B 494 6.57-69.14备注500 ARG B 608-128.39-116.98备注500备注500备注:空备注525备注525溶剂备注525备注525溶剂分子的链标识符备注525表示聚合物链,其中聚合物链最多备注525密切相关。备注列出了所有溶剂请记住525个分子,它们与备注525最近的聚合物链(M=型号;备注525 RES=剩余名称;C=链标识符;SSEQ=序列备注525编号;I=插入代码):备注525备注525 M RES CSSEGI备注525如何A1251距离=5.84安备注620备注620金属协调备注620(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注620 SSEQ=序列号;I=插入代码):备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 ZN B 801 ZN备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 331 SG备注620 2 CYS A 336 SG 112.9备注620 3 CYS B 331 SG 124.1 100.8备注620 4 CYS B 336 SG 102.8 102.2 112.3备注620 N 1 2 3备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620下摆A 801 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 420 SG备注620 2 HEM A 801 NA 98.9备注620 3下摆A 801 NB 101.7 85.7备注620 4 HEM A 801 NC 99.4 161.6 91.6备注620 5 HEM A 801 ND 99.4 90.3 158.9 85.7备注620 N 1 2 3 4备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 HEM B 802 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS B 420 SG备注620 2 HEM B 802 NA 97.6备注620 3下摆B 802 NB 99.7 84.2备注620 4 HEM B 802 NC 97.8 164.5 92.1备注620 5折边B 802 ND 100.0 92.7 160.4 85.7备注620 N 1 2 3 4备注800备注800站点备注800站点标识符:AC1备注800证据_代码:软件备注800位点_描述:残基HEM A 801的结合位点备注800备注800站点标识符:AC2备注800证据_代码:软件备注800位点_描述:残基H4B A 802的结合位点备注800备注800站点标识符:AC3备注800证据_代码:软件备注800位点_描述:残余KMV A 803的结合位点备注800备注800站点标识符:AC4备注800证据_代码:软件备注800位点_描述:残基GOL A 804的结合位点备注800备注800站点标识符:AC5备注800证据_代码:软件备注800位置_描述:残余物ZN B 801的结合位置备注800备注800站点标识符:AC6备注800证据_代码:软件备注800位置_描述:残余HEM B 802的结合位置备注800备注800站点标识符:AC7备注800证据_代码:软件备注800位置_描述:残基H4B B 803的结合位置备注800备注800站点标识符:AC8备注800证据代码:软件备注800位点_描述:残余KMV B 804的结合位点DBREF 6NGE A 302 722 UNP P29475 NOS1_HUMAN 302 721号文件DBREF 6NGE B 302 722 UNP P29475 NOS1_HUMAN 302 721号文件SEQADV 6NGE ALA A 354 UNP P29475 ARG 354工程突变SEQADV 6NGE ASP A 357 UNP P29475 GLY 357工程突变SEQADV 6NGE ALA B 354 UNP P29475 ARG 354工程突变SEQADV 6NGE ASP B 357 UNP P29475 GLY 357基因工程突变序列1 A 421 CYS PRO ARG PHE LEU LYS VAL LYS ASN TRP GLU THR GLU序列2 421 VAL VAL LEU THR ASP THR LEU HIS LEU LYS SER THR LEU序列3 A 421 GLU THR GLY CYS THR GLU TYR ILE CYS MET GLY SER ILESEQRES 4 A 421遇到了他的职业选手GLN他的ALA ARG ARG职业选手GLU ASP-VAL序列5 A 421 ALA THR LYS ASP GLN LEU PHE PRO LEU ALA LYS GLU PHE序列6 A 421 ILE ASP GLN TYR TYR SER ILE LYS ARG PHE GLY SER序列7 421 LYS ALA HIS MET GLU ARG LEU GLU VAL ASN LYS GLU序列8 A 421 ILE ASP THR SER THR TYR GLN LEU LYS ASP TH GLU序列9 421 LEU ILE TYR GLY ALA LYS HIS ALA TRP ARG ASN ALA SER序列10 A 421 ARG CYS VAL GLY ARG ILE GLN TRP SER LYS LEU GLN VAL序列11 A 421 PHE ASP ALA ARG ASP CYS THR ALA HIS GLY MET PHE第12集421名ASN TYR ILE CYS ASN HIS VAL LYS TYR ALA THR ASN LYS序列13 A 421 GLY ASN LEU ARG SER ALA ILE THRILE PHE PRO GLN ARG序列14 A 421 THR ASP GLY LYS HIS ASP PHE ARG VAL TRP ASN SER GLN序列15 A 421 LEU ILE ARG ALA GLY TYR LYS GLN PRO ASP GLY SER序列16 A 421 THR LEU GLY ASP PRO ALA ASN VAL GLN PHE THR GLU ILE序列17 A 421 CYS ILE GLN GLN GLY TRP LYS PRO ARG GLY ARG PHE序列18 A 421 ASP VAL LEU PRO LEU LEU GLN ALA ASN GLY ASN ASP序列19 A 421 PRO GLU LEU PHE GLN ILE PRO GLU LEU VAL LEU GLU序列20 A 421 VAL PRO ILE ARG HIS PRO LYS PHE GLU TRP PHE LYS ASP序列21 A 421 LEU GLY LEU LYS TRP TYR GLY LEO PRO ALA VAL SER ASN序列22 A 421 MET LEU LEU GLU ILE GLY GLY LEU PHE SER ALA CYS序列23 A 421 PRO PHE SER GLY TRP TYR MET GLY THR GLU ILE GLY VAL序列24 A 421 ARG ASP TYR CYS ASP ASN SER ARG TYR ASN 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