总管氧化还原酶2015年8月20日5ADI人类NNOS R354A G357D突变体血红素结构域的标题结构标题2 7-(((5-((甲基氨基)甲基)吡啶-3-YL)氧基)配合物标题3甲基)喹啉-2-胺压缩机模具ID:1;化合物2分子:一氧化氮合酶,脑;COMPND 3链:A,B;化合物4碎片:UNP残留物302-721;合成5同义词:构成型NOS、NC-NOS、NOS类型I、神经型NOS,N-NOS,化合物6 NNOS、肽基半胱氨酸S-亚硝基化酶NOS1、BNOS、神经硝酸化合物7氧化物合成酶;压缩机8工程:是;COMPND 9突变:是源MOL_ID:1;来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS;来源3有机物常见:人类;来源4 ORGANISM_TAXID:9606;来源5表达_系统:大肠杆菌;来源6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:469008;来源7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN:BL21(DE3);来源8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE:血浆;源9表达式系统向量:PCWORIKEYWDS氧化还原酶,一氧化氮合酶EXPDTA X射线衍射作者H.LI,T.L.POULOS修订版2 2015年11月25日5ADI 1 JRNL修订日期:2015年10月28日0时5分JRNL授权M.A.CINELLI、H.LI、A.V.PENSA、S.KANG、L.J.ROMAN、P.MARTASEK,JRNL AUTH 2 T.L.POULOS,R.B.SILVERMAN公司JRNL TITL含2-氨基喹啉的苯基醚和苯胺JRNL TITL 2神经性一氧化氮的电势和选择性抑制剂JRNL TITL 3合成。JRNL参考J.MED.CHEM。V.58 8694 2015年JRNL参考ISSN 0022-2623JRNL项目编号26469213JRNL DOI 10.1021/ACS。JMEDCHEM.5B01330公司备注2备注2决议。2.20安氏硬度。备注3备注3精炼。备注3计划:PHENIX(PHENIX.REFINE)备注3作者:保罗•亚当斯、帕维尔•阿芬妮、陈维辛、伊恩备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、,备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、,备注3:AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL MORIARTY,备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、,备注3:大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、,备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3细化目标:ML备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高(安):2.200备注3分辨率范围低(安):68.309备注3分钟(FOBS/SIGMA_FOBS):0.00备注3范围(%)的完整性:99.85备注3反射次数:54597备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值(工作+测试集):0.1872备注3 R值(工作集):0.1846备注3自由R值:0.2368备注3自由R值测试集大小(%):4.9备注3自由R值测试集计数:5063备注3备注3:符合炼油厂使用的数据(在箱子中)。备注3箱子分辨率范围复杂。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 68.3418-6.8338 1.00 3305 135 0.1606 0.2004备注3 2 6.8338-5.4249 1.00 3299 164 0.1575 0.2057备注3 3 5.4249-4.7393 1.00 3241 163 0.1341 0.1888备注3 4 4.7393-4.3061 1.00 3302 173 0.1199 0.1563备注3 5 4.3061-3.9975 1.00 3300 167 0.1265 0.2005备注3 6 3.9975-3.7618 1.00 3276 179 0.1332 0.1854备注3 7 3.7618-3.5734 1.00 3300 185 0.1372 0.1934备注3 8 3.5734-3.4179 1.00 3236 179 0.1498 0.1938备注3 9 3.4179-3.2863 1.00 3281 170 0.1698 0.2283备注3 10 3.2863-3.1729 1.00 3310 165 0.1746 0.2341备注3 11 3.1729-3.0737 1.00 3268 149 0.1783 0.2398备注3 12 3.0737-2.9858 1.00 3309 164 0.1867 0.2198备注3 13 2.9858-2.9072 1.00 3255 178 0.1932 0.2574备注3 14 2.9072-2.8363 1.00 3326 152 0.2103 0.2826备注3 15 2.8363-2.7718 1.00 3285 155 0.2263 0.2935备注3 16 2.7718-2.7128 1.00 3354 140 0.2291 0.3071备注3 17 2.7128-2.6586 0.99 3240 174 0.2444 0.2854备注3 18 2.6586-2.6084 1.00 3201 199 0.2456 0.3057备注3 19 2.6084-2.5618 1.00 3340 158 0.2381 0.3128备注3 20 2.5618-2.5184 1.00 3300 169 0.2535 0.2676备注3 21 2.5184-2.4778 1.00 3221 181 0.2619 0.3238备注3 22 2.4778-2.4396 1.00 3309 191 0.2843 0.3566备注3 23 2.4396-2.4038 1.00 3253 174 0.2871 0.3229备注3 24 2.4038-2.3699 1.00 3223 197 0.2881 0.3590备注3 25 2.3699-2.3379 1.00 3302 188 0.2994 0.3215备注3 26 2.3379-2.3075 1.00 3286 155 0.3083 0.3433备注3 27 2.3075-2.2787 1.00 3253 176 0.3371 0.3644备注3 28 2.2787-2.2512 1.00 3328 144 0.3441 0.4035备注3 29 2.2512-2.2250 0.99 3269 178 0.3626 0.4194备注3 30 2.2250-2.2000 1.00 3303 161 0.3507 0.4121备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法:扁平散装溶剂模型备注3溶剂半径:1.11备注3收缩半径:0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL:空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差(基于最大似然法):0.31备注3相位误差(度,基于最大似然):26.72备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3:36.98备注3平均B值(总体,A**2):空备注3总体各向异性B值。备注3 B11(A**2):空备注3 B22(A**2):空备注3 B33(A**2):空备注3 B12(A**2):空备注3 B13(A**2):空备注3 B23(A**2):空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数:空备注3运算符:空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3保函:0.007 7114备注3角度:1.135 9684备注3手性:0.071 996备注3平面度:0.005 1221备注3 DIHEDRAL:15.163 2581备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数量:2备注3 TLS组:1备注3选择:(链A和树脂302:721)备注3组来源(A):117.2316 250.4667 359.1951备注3 T张力备注3 T11:0.1502 T22:0.2179备注3 T33:0.2341 T12:-0.0170备注3 T13:0.0451 T23:0.0448备注3 L张力备注3 L11:0.5137 L22:0.9329备注3 L33:1.7748 L12:-0.1669备注3 L13:0.1256 L23:0.2398备注3张力备注3 S11:0.0100 S12:0.0088 S13:0.0250备注3 S21:-0.0604 S22:-0.0526 S23:-0.0531备注3 S31:0.0656 S32:0.1709 S33:0.0376备注3 TLS组:2备注3选择:(链B和树脂302:721)备注3组(A)的来源:115.7749 249.3145 322.0441备注3 T张力备注3 T11:0.1992 T22:0.2468备注3 T33:0.2594 T12:-0.0196备注3 T13:0.0382 T23:-0.0322备注3 L张力备注3 L11:0.3943 L22:0.7664备注3 L33:2.8998 L12:-0.2758备注3 L13:-0.0172 L23:0.0347备注3张力备注3 S11:0.0055 S12:0.0498 S13:-0.0227备注3 S21:0.0166 S22:-0.0744 S23:0.0896备注3 S31:0.0400 S32:-0.0692 S33:0.0655备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数:空备注3备注3其他精炼备注:在链A中标记3个残留物344至351,在链B中标记344至35.3备注3有误备注4备注4 5ADI符合格式V.3.30,2011年7月13日备注100备注100本条目已于2015年8月21日由PDBE处理。备注100 PDBE ID代码为EBI-64746。备注200备注200实验细节备注200实验类型:X射线衍射备注200数据收集日期:2014年11月9日备注200温度(开尔文):100备注200 PH:6.2备注200使用的晶体数量:1备注200备注200同步加速器(Y/N):Y备注200辐射源:ALS备注200梁线:8.2.1备注200 X射线发生器型号:空备注200单色或LAUE(M/L):M备注200波长或范围(A):1.000备注200单色仪:石墨备注200光学:镜子备注200备注200探测器类型:CCD(Q315R)备注200探测器制造商:ADSC备注200强度集成软件:MOSFLM备注200数据缩放软件:无人机备注200备注200独特反射次数:54717备注200分辨率范围高(A):2.20备注200分辨率范围低(A):50.00备注200拒绝标准(SIGMA(I)):-3.0备注200总体评论200。备注200范围(%)的完整性:100.0备注200数据冗余:4.9备注200 R合并(I):0.13备注200 R SYM(I):空备注200对于数据集:8.10备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳,范围高(A):2.20备注200最高分辨率外壳,范围低(A):2.30备注200壳体完整性(%):100.0在外壳中备注200数据冗余:5.0备注200 R壳体合并(I):1.50壳体注释200 R SYM(I):空备注200壳体:0.90备注200备注200衍射协议:单波长remark200用于确定结构的方法:分子置换备注200使用的软件:REFMAC备注200启动模型:空备注200备注200备注:总RMERGE 0.132 RPIM 0.099 CC一半0.989备注200最高分辨率外壳RMERGE 1.695 RPIM 1.298 CC ONE备注200一半0.301备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS(%):54备注280马修斯系数,VM(角度**3/DA):2.69备注280备注280结晶条件:8-9%PED3350 40MM柠檬酸备注280 60MM双环戊烷10%甘油5MM TCEP备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子:P 21 21 21备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X+1/2,-Y,Z+1/2备注290 3555-X,Y+1/2,-Z+1/2备注290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z备注290备注290,其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录,以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 26.10500备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.00000082.20000备注290平方米1-10000000.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 61.40000备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 82.20000备注290 SMTRY14 1.0000000.000000 0.000000 26.10500备注290 SMTRY2 4 0.000000-1.000000 0.000000 61.40000备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注:空备注300备注300生物分子:1备注300有关作者提供的和/或程序,请参阅备注350备注300为中的结构生成了装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注:给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子:1备注350作者确定的生物单位:DIMERIC备注350软件确定的四元结构:DIMERIC备注350使用的软件:PISA备注350总埋表面积:9320埃**2备注复合体的350表面积:33550安**2备注350无溶剂能量变化:-85.5 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条:A、B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。(M=型号;RES=残留物名称;C=链备注465标识符;SSSEQ=序列号;I=插入代码。)备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 sera 344备注465 GLN A 345备注465 HIS A 346备注465 ALA 347备注465 ARG A 348备注465 ARG A 349备注465赞成350备注465 GLU A 351备注465 CYS B 302备注465 PRO B 303备注465 SER B 344备注465 GLN B 345备注465 HIS B 346备注465 ALA B 347备注465 ARG B 348备注465 ARG B 349备注465 PRO B 350备注465 GLU B 351备注465 ASP B 352备注465 VAL B 353备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子(M=型号;REMARK 470 RES=残留物名称;C=链标识符;SSEQ=序列号;备注470 I=插入代码):备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 LYS B 722 CA C O CB CG CD CE NZ备注500注释500几何与立体化学备注500子主题:同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 OH TYR B 711 O1D HEM B 750 2.15备注500 O HOH A 2039 O HOH A2073 2.09备注500备注500备注:空备注500注释500几何与立体化学备注500主题:扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角:备注500(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注500 SSEQ=序列号;I=插入代码)。备注500备注500标准表:备注500格式:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)备注500备注500预期值:GJ KLEYWEGT和TA JONES(1996)。PHI/PSI-记下500首合唱:拉马钱德朗重温。结构4,1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 GLU A 314-3.27 66.50注释500 THR A 471-86.80-113.74备注500 CYS A 587 56.92-152.50备注500 ARG A 608-125.42-120.10备注500 CYS A 677 94.36-163.05备注500 ARG B 376 31.96-142.31注释500 THR B 471-79.42-108.62备注500 ASP B 494 20.38-71.70备注500 ARG B 608-138.63-123.21备注500备注500备注:空备注620备注620金属协调备注620(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注620 SSEQ=序列号;I=插入代码):备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620下摆A 750 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 420 SG备注620 2下摆A 750 NB 98.6备注620 3下摆750 NC 96.2 86.3备注620 4 HEM A 750 NA 101.3 89.7 162.4备注620 5 HEM A 750 ND 101.1 160.2 90.4 87.5备注620 N 1 2 3 4备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 HEM B 750 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1下摆B 750 NB备注620 2 HEM B 750 NA 84.0备注620 3 CYS B 420 SG 98.1 100.7备注620 4 HEM B 750 ND 160.3 91.4 101.7备注620 5 HEM B 750 NC 89.6 163.2 95.6 89.5备注620 N 1 2 3 4备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 ZN A 900 ZN备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 336 SG备注620 2 CYS B 336 SG 102.0备注620 3 CYS A 331 SG 114.1 102.2备注620 4 CYS B 331 SG 104.4 113.9 119.2备注620 N 1 2 3备注800备注800站点备注800站点标识符:AC1备注800证据_代码:软件备注800位置_说明:残余边A 750的粘合位置备注800备注800站点标识符:AC2备注800证据_代码:软件备注800场地_说明:剩余H4B A 760的结合场地备注800备注800站点标识符:AC3备注800证据_代码:软件备注800场地_描述:剩余时间A 800的绑定场地备注800备注800站点标识符:AC4备注800证据_代码:软件备注800场地_描述:渣土粘结场地ZN A 900备注800备注800站点标识符:AC5备注800证据_代码:软件备注800位置_说明:残余边B 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