乔纳森·库珀
博士 乔纳森 库珀
研究员
研究讲师
离开日期:2016年11月4日利益
我对软件工程在计算生物学中的应用感兴趣——很好地利用技术实现更好的科学。特别是,我研究了使用特定领域的语言来描述生物数学模型,以及使这些模型对研究人员有用所需的工具。我的博士学位以及随后的一些工作,着眼于使用CellML手机语言(我曾是该语言的当选编辑)。我曾参与过几个欧盟项目虚拟生理人(VPH)倡议,重点是基于标准的互操作性和建模工具的开发。
我目前的研究兴趣在于发展“功能性策展”,它通过协议语言支持实验规范,允许在一系列替代模型上运行湿式实验室实验的电子版,并对结果进行比较。这有可能改变我们的建模方法,将集成在严格的基础上建立模型和数据,并促进模型开发过程。
在计算生物学组我严重参与了贞洁项目,用于心脏和基于细胞的应用程序。我开发了对CellML使用的支持,贡献了C++、Python和软件设计方面的专业知识,并主要负责开发项目基础设施。
此外,我还讲授XML课程对于软件工程兼职硕士课程,自2014年9月起担任生命科学界面和系统生物学博士培训中心。
传记
2001-2004年间,我在牛津大学攻读数学与计算机科学学士学位。以一等荣誉毕业后,我加入了生命科学接口博士培训中心接受DPhil综合生物学我于2008年完成的项目。
2008年6月,我开始担任博士后研究职位虚拟生理人类卓越网络(VPH NoE)项目,位于计算机科学系。我的角色是帮助领导“VPH工具包“开发团队,协调全球开发的用于模拟人类生理学不同方面的工具的集成,重点是基于标准的互操作性。在接下来的3年里,我还参与了虚拟生理人主动权:预诊断CT研究预测药物的心脏毒性,以及肿瘤,致力于跨大西洋癌症模型的整合。在所有这些项目中,我个人的研究贡献主要涉及使用标记语言来表示模型。
我目前担任计算科学研究员2020科学该项目于2011年7月开始。在这种背景下,我主要开发上述功能性治疗的概念。
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